[日本語] English
万見
- PDB-5wht: Crystal structure of 3'SL bound PltB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wht
タイトルCrystal structure of 3'SL bound PltB
要素Putative pertussis-like toxin subunit
キーワードTOXIN / bacterial toxin / glycan
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-alpha-lactose / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Pertussis-like toxin subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.932 Å
データ登録者Gao, X. / Galan, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI079022 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Evolution of host adaptation in the Salmonella typhoid toxin.
著者: Gao, X. / Deng, L. / Stack, G. / Yu, H. / Chen, X. / Naito-Matsui, Y. / Varki, A. / Galan, J.E.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative pertussis-like toxin subunit
B: Putative pertussis-like toxin subunit
C: Putative pertussis-like toxin subunit
D: Putative pertussis-like toxin subunit
E: Putative pertussis-like toxin subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,46322
ポリマ－76,7375
非ポリマー2,72617
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15070 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.379, 95.682, 117.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Putative pertussis-like toxin subunit


分子量: 15347.406 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: STY1891, t1107 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Z6A3

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / 3'-sialyl-alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-alpha-lactose
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 491分子

#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 51433 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 14.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RHR

4rhr


解像度: 1.932→23.437 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 2466 4.85 %
Rwork0.1602 --
obs0.1627 50838 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.932→23.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4440 0 184 478 5102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.086474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7741616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9318-1.96890.27671220.20142659X-RAY DIFFRACTION98
1.9689-2.00910.26031590.19342651X-RAY DIFFRACTION99
2.0091-2.05280.21721280.16872682X-RAY DIFFRACTION100
2.0528-2.10050.28021310.18092685X-RAY DIFFRACTION99
2.1005-2.1530.23431310.17362685X-RAY DIFFRACTION99
2.153-2.21120.24421490.16732648X-RAY DIFFRACTION99
2.2112-2.27620.22231160.17242710X-RAY DIFFRACTION99
2.2762-2.34960.25531420.17372658X-RAY DIFFRACTION98
2.3496-2.43350.22911350.19482643X-RAY DIFFRACTION98
2.4335-2.53080.28611360.18352657X-RAY DIFFRACTION98
2.5308-2.64580.19081280.18072628X-RAY DIFFRACTION97
2.6458-2.78510.30271390.18532619X-RAY DIFFRACTION97
2.7851-2.95930.21811370.18972629X-RAY DIFFRACTION96
2.9593-3.18730.21561270.17532718X-RAY DIFFRACTION98
3.1873-3.50710.22361530.15082728X-RAY DIFFRACTION100
3.5071-4.01230.15451410.13822761X-RAY DIFFRACTION99
4.0123-5.04680.16561320.11632749X-RAY DIFFRACTION99
5.0468-23.43880.18531600.15452862X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4863-5.5885-4.49414.76283.64713.0326-0.4351-0.28950.07540.23340.3932-0.12640.19350.18080.02250.2720.0217-0.01070.2420.03530.2031-3.529717.63287.2199
25.72173.1127-4.62673.6457-3.84786.74110.0669-0.16870.09130.1749-0.08120.0422-0.24210.21020.00420.1885-0.0042-0.01910.1733-0.0130.1201-10.157431.2463-0.1875
36.9153-5.6479-4.93675.22314.37883.73010.08720.45330.5212-0.1855-0.0699-0.41070.0846-0.0565-0.16540.1529-0.0198-0.01660.2090.02140.1621-0.551129.2856-2.8043
42.2201-0.71830.68660.4571-0.65231.3895-0.02390.6208-0.1017-0.07730.0240.06760.0949-0.0584-0.01990.206-0.00950.00620.21630.0050.18-8.46622.9581-6.877
53.87962.7393-0.21655.9432-0.99631.9010.0255-0.118-0.0350.4085-0.05-0.3418-0.2390.21270.02970.2310.0116-0.01070.2521-0.00880.1266-4.368628.55762.9458
65.04822.8964-3.18257.0309-0.13667.41170.5969-1.1534-0.44941.3133-0.15220.4772-0.4437-0.972-0.39170.3891-0.03420.03890.39650.09060.3304-14.452612.16695.958
72.00011.999822.00021.99991.99993.87724.7313-0.8589-4.86250.36118.8558-2.6317-6.228-4.26340.66050.5591-0.01310.49970.42930.9734-4.188213.142212.2595
83.6008-5.0521.72727.8999-0.89895.2889-0.0042-0.19320.58840.4813-0.0525-0.3686-0.87110.25180.08270.341-0.0750.01080.2298-0.00070.1974-5.97946.3434-7.1469
97.2288-1.1685-6.03870.11080.91825.01420.06730.309-0.03610.0061-0.08990.077-0.1873-0.4321-0.05050.24310.0240.02150.21220.0440.2398-12.919540.5682-22.8151
104.83990.711-1.48161.7536-0.19932.75320.06380.09830.05020.0796-00.0156-0.0226-0.1417-0.0520.22170.009-0.00260.17090.04620.1203-11.181239.0356-15.4848
112.04961.3964-0.96794.5223-4.3378.13860.03820.09620.28830.1338-0.1314-0.0595-0.58140.34870.0810.20570.00180.03420.15280.0330.2227-7.167446.8494-21.5259
124.2444.2082-3.83494.548-4.75966.36740.8703-0.78421.04870.8193-0.3530.1275-0.80140.1017-0.48050.3242-0.06150.05020.2881-0.05820.32-14.514541.8461-0.1777
138.5479-2.2664-7.02353.21871.17837.5155-0.26680.1112-0.62930.17670.02870.19070.5949-0.03310.270.2631-0.0075-0.00930.1687-0.0450.2377-9.9642-4.7427-14.9054
148.71166.70092.87845.95452.92371.56490.1117-0.1607-0.1580.0048-0.1722-0.12940.0507-0.06060.06260.19230.0130.00840.17170.03950.1498-9.77399.9148-4.4916
155.59980.1537-0.4782.84760.57222.9127-0.03390.0272-0.0175-0.02830.0428-0.08970.1099-0.0698-0.01030.1732-0.0079-0.00720.1308-0.02640.0937-11.69866.6488-10.9461
164.40021.05673.37172.02651.3375.60170.0008-0.2446-0.16110.2488-0.0144-0.09340.13640.04110.03080.22650.01410.01420.19250.02720.216-5.04692.8175-3.3541
178.7961-0.6011-2.26796.008-0.5276.10570.33470.5304-1.18820.2419-0.65380.99851.1968-1.56040.35770.4686-0.1575-0.02020.55-0.18630.5044-21.4741-2.8068-19.1913
188.2454-0.7906-3.00775.63221.22315.59020.03741.0081-0.3888-0.48330.00450.20380.9391-0.0674-0.02380.4776-0.0132-0.03550.3857-0.05710.2567-10.845911.3788-44.7087
193.7977-1.10010.7781.8722-1.45952.0614-0.0404-0.1521-0.0223-0.19750.17260.16650.1787-0.2354-0.15790.2617-0.0258-0.00060.2231-0.06760.2139-16.24965.5807-28.231
207.5107-0.9921-2.31952.6431-1.2592.1739-0.31890.3938-0.2895-0.29410.29040.34690.2201-0.10330.04340.2502-0.0272-0.03690.1605-0.03580.211-16.28054.3528-31.3519
214.417-0.132-1.8821.0583-0.70462.726-0.15790.2350.0869-0.06450.08340.0125-0.0609-0.10840.07630.25940.002-0.02610.1931-0.03870.1716-13.415814.7374-28.0136
222.298-1.69620.01023.1445-0.41191.2494-0.04940.1542-0.1282-0.280.09120.10070.164-0.0158-0.02810.2803-0.0431-0.01470.2556-0.05810.2361-13.63213.9362-33.2205
238.64942.4857-4.23647.36311.60375.73950.50550.6398-0.5079-0.72290.04290.4159-0.1785-0.9518-0.44580.3881-0.0138-0.12220.50690.04490.4112-25.623817.264-41.1261
245.47712.8033-1.31111.4289-0.57483.35670.01910.35340.6508-0.35240.10870.2319-0.2957-0.0595-0.07050.35930.0055-0.02170.22020.06890.2771-13.707341.6552-37.9376
256.7711-4.9332-0.85363.87130.55520.54370.22050.46140.1327-0.4839-0.2037-0.0908-0.0196-0.0684-0.04720.28170.0036-0.00130.28130.02420.2224-16.753323.9541-36.8541
266.9595-0.8283-2.55014.30321.20052.58210.11610.425-0.2692-0.4652-0.0920.2648-0.0979-0.2359-0.02440.3111-0.0075-0.02760.22380.04580.1462-15.520230.4125-39.314
274.13292.5618-3.21752.6356-1.4443.0797-0.3185-0.7365-0.45970.25660.0331-0.26280.02070.20260.24250.26830.02380.00750.1980.04330.2122-14.748127.8854-27.8614
283.9321-0.0469-0.81893.3831-1.30121.9121-0.04890.616-0.0309-0.4601-0.0121-0.02420.0159-0.14540.06540.2743-0.0302-0.0540.2558-0.01250.1634-15.080732.8614-39.8013
298.4574-1.1033-4.53124.671-3.9757.0203-0.19430.777-0.7284-1.3080.32270.16140.0936-0.2694-0.11670.5386-0.0019-0.01490.395-0.04940.2265-14.767223.694-47.0945
305.6189-0.6024-3.72757.46243.37798.3008-0.09040.0120.1081-0.3682-0.18571.101-0.3613-0.27020.22790.24520.0019-0.0660.220.02350.2976-19.621540.9713-30.7788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 66 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 76 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 77 through 95 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 96 through 127 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 128 through 137 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 138 through 138 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 24 through 36 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 37 through 59 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 60 through 104 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 105 through 127 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 128 through 138 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 24 through 36 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 37 through 59 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 60 through 104 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 105 through 127 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 128 through 137 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 24 through 31 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 32 through 59 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 60 through 76 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 77 through 95 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 96 through 127 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 128 through 137 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 24 through 36 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 37 through 59 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 60 through 78 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 79 through 95 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 96 through 110 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 111 through 120 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 121 through 137 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る