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- PDB-5whg: Vms1 mitochondrial localization core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5whg
タイトルVms1 mitochondrial localization core
要素Protein VMS1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ROS signalling / oxidative stress / mitochondrial quality control
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on a tRNA / Cdc48p-Npl4p-Vms1p AAA ATPase complex / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ERAD pathway / RNA endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...catalytic activity, acting on a tRNA / Cdc48p-Npl4p-Vms1p AAA ATPase complex / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ERAD pathway / RNA endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VLRF1/Vms1 / : / Bacteroidetes VLRF1 release factor / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA endonuclease VMS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Fredrickson, E.K. / Schubert, H.L. / Rutter, J. / Hill, C.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM115129 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Sterol Oxidation Mediates Stress-Responsive Vms1 Translocation to Mitochondria.
著者: Nielson, J.R. / Fredrickson, E.K. / Waller, T.C. / Rendon, O.Z. / Schubert, H.L. / Lin, Z. / Hill, C.P. / Rutter, J.
履歴
登録2017年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein VMS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9092
ポリマ－44,8441
非ポリマー651
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.864, 62.864, 154.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Protein VMS1 / VCP/CDC48-associated mitochondrial stress-responsive protein 1


分子量: 44843.703 Da / 分子数: 1 / 変異: delta 38-69 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VMS1, YDR049W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04311
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.08 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 22-24% PEG MME 2000, 100 mM Tris pH 8.5, and 0.2 M TMAO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月3日 / 詳細: Rh coated flat
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 10237 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 88.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.99.30.7630.8160.2620.8071.00766
2.9-3.0210.50.550.9070.1780.5781.062100
3.02-3.1510.60.3750.9570.1210.3941.046100
3.15-3.32100.260.9740.0860.2741.034100
3.32-3.5310.50.1820.9860.0590.1921.025100
3.53-3.810.70.1350.9920.0430.1420.967100
3.8-4.1810.10.1050.9930.0350.111.07999.9
4.18-4.7910.80.0860.9960.0270.091.025100
4.79-6.0310.50.0710.9970.0230.0751.04899.9
6.03-4010.40.0410.9990.0130.0431.01499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→24.062 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.71 / 詳細: Refined against I+,SigI+, I-, SigI-
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1041 10.25 %Random selection
Rwork0.1871 ---
obs0.193 10237 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 206.43 Å2 / Biso mean: 106.4493 Å2 / Biso min: 51.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→24.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 1 29 1766
Biso mean--127.25 96.3 -
残基数----212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9722378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1751068
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6983-2.76570.35891440.305612001344100
2.7657-2.84040.33141340.270811821316100
2.8404-2.92380.2691320.212612071339100
2.9238-3.0180.27091280.187912341362100
3.018-3.12570.22571400.177711881328100
3.1257-3.25050.26281330.201211811314100
3.2505-3.39810.28071380.207212121350100
3.3981-3.57670.26411360.184911981334100
3.5767-3.80.24391440.183712021346100
3.8-4.09210.2041440.158512001344100
4.0921-4.50140.19111400.146612381378100
4.5014-5.14730.20191340.147911911325100
5.1473-6.46410.27581400.207511881328100
6.4641-24.06290.27531330.21511198133199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.7007 Å / Origin y: 17.3242 Å / Origin z: 58.6358 Å
111213212223313233
T0.7968 Å20.1991 Å20.0109 Å2-0.5182 Å2-0.0998 Å2--0.7214 Å2
L2.2558 °2-1.5529 °2-0.1731 °2-5.6072 °2-0.8464 °2--6.959 °2
S-0.0352 Å °-0.2923 Å °0.1191 Å °0.6443 Å °0.3049 Å °-0.0146 Å °-0.6603 Å °-0.0663 Å °-0.2648 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA13 - 1
2X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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