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- PDB-5wh9: Structure of BH1999 gentisyl-coenzyme A thioesterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wh9
タイトルStructure of BH1999 gentisyl-coenzyme A thioesterase
要素4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
キーワードHYDROLASE / Gentisyl CoA Thioesterase / Hotdog Fold
機能・相同性Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC/YbaW family / thiolester hydrolase activity / : / Thioesterase-like superfamily / Thioesterase superfamily / HotDog domain superfamily / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
機能・相同性情報
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Finci, L.I. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of BH1999 gentisyl-coenzyme A thioesterase
著者: Finci, L.I. / Allen, K.N.
履歴
登録2017年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
B: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
C: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
D: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0534
ポリマ－63,0534
非ポリマー00
水2,918162
1
A: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
B: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase

A: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
B: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0534
ポリマ－63,0534
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area6570 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area21230 Å2
手法PISA
2
C: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
D: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase

C: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
D: 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0534
ポリマ－63,0534
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
Buried area7240 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area21410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.656, 80.758, 120.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質
4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase


分子量: 15763.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: BH1999 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KBC9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MOPS buffer with 200 mM NaCl and an equal volume of 0.24 M malonate pH 5.8, 18% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→38.3 Å / Num. obs: 21470 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.46 % / Net I/σ(I): 13.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SAINTデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BVQ

1bvq


解像度: 2.3→38.28 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 1090 5.08 %
Rwork0.2206 --
obs0.2227 21469 89.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4008 0 0 163 4171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0194132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9655582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9951468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011699
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.40470.37061000.30012058X-RAY DIFFRACTION73
2.4047-2.53140.31451110.28252209X-RAY DIFFRACTION79
2.5314-2.690.31941370.26362341X-RAY DIFFRACTION84
2.69-2.89760.32031220.2532560X-RAY DIFFRACTION92
2.8976-3.18910.27981490.24262731X-RAY DIFFRACTION97
3.1891-3.65030.24491740.19962765X-RAY DIFFRACTION98
3.6503-4.59770.21711540.18122814X-RAY DIFFRACTION98
4.5977-38.28490.24781430.20652901X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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