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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wgi | ||||||
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タイトル | Ultrahigh resolution crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 in complex with TSA | ||||||
![]() | Hdac6 protein | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / histone deacetylase / hydrolase inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / angiogenesis / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Porter, N.J. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Unusual zinc-binding mode of HDAC6-selective hydroxamate inhibitors. 著者: Porter, N.J. / Mahendran, A. / Breslow, R. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 204 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 911.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 913.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 40285.484 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain 2 (UNP residues 288-646) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 446分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/TSN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
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![](data/chem/img/K.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-TSN / | ||||||||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MG / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.54 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: magnesium chloride, Bis-Tris, pH 6.5, PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月7日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→47.04 Å / Num. obs: 138710 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.05 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 5EEM 解像度: 1.05→47.038 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.34
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.05→47.038 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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