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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wg9 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the influenza virus PA endonuclease (E119D mutant) in complex with inhibitor 9b (SRI-30101) | ||||||||||||
![]() | Polymerase acidic protein | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Virus / Nuclease / Transcription / Cap-snatching / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kumar, G. / White, S.W. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Protein-Structure Assisted Optimization of 4,5-Dihydroxypyrimidine-6-Carboxamide Inhibitors of Influenza Virus Endonuclease. 著者: Beylkin, D. / Kumar, G. / Zhou, W. / Park, J. / Jeevan, T. / Lagisetti, C. / Harfoot, R. / Webby, R.J. / White, S.W. / Webb, T.R. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 854.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 855.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5w3iC ![]() 5w44C ![]() 5w73C ![]() 5w7uC ![]() 5w92C ![]() 5w9gC ![]() 5wa6C ![]() 5wa7C ![]() 5wapC ![]() 5wb3C ![]() 5wcsC ![]() 5wctC ![]() 5wdcC ![]() 5wdnC ![]() 5wdwC ![]() 5we9C ![]() 5webC ![]() 5wefC ![]() 5weiC ![]() 5wf3C ![]() 5wfmC ![]() 5wfwC ![]() 5wfzC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23134.316 Da / 分子数: 1 変異: E119D, Loop 51-72 is replaced with a GGS linker, N-Terminal has His-tag residues 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-KU4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 1 M Ammonium sulfate, CAPSO pH 9.4, 50 mM MnCl2, 50 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 12715 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 53.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.136 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 110842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.91 Å2 / Biso mean: 75.4293 Å2 / Biso min: 41.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→32.036 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 491.3003 Å / Origin y: 202.3685 Å / Origin z: 553.1279 Å
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精密化 TLSグループ |
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