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- PDB-5wfy: Crystal structure of DNA-binding domain of the bacteriophage T4 ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wfy
タイトルCrystal structure of DNA-binding domain of the bacteriophage T4 ligase
要素DNA ligase
キーワードLIGASE / LIGASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: T4 DNA ligase structure reveals a prototypical ATP-dependent ligase with a unique mode of sliding clamp interaction.
著者: Shi, K. / Bohl, T.E. / Park, J. / Zasada, A. / Malik, S. / Banerjee, S. / Tran, V. / Li, N. / Yin, Z. / Kurniawan, F. / Orellana, K. / Aihara, H.
履歴
登録2017年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年11月14日Group: Atomic model / Data collection / Database references / カテゴリ: atom_site / citation
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9502
ポリマ－15,8581
非ポリマー921
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.811, 40.801, 51.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA ligase / Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP]


分子量: 15857.651 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain (UNP residues 1-129) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00970, DNA ligase (ATP)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→51.03 Å / Num. obs: 23239 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.346 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3313 / Rsym value: 1.346 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→51.029 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1815 2308 5.1 %Random
Rwork0.1423 ---
obs0.1443 23228 98.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→51.029 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1055 0 6 128 1189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8621458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.805418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4002-1.43060.33221600.30322626X-RAY DIFFRACTION97
1.4306-1.46390.39511300.26212643X-RAY DIFFRACTION97
1.4639-1.50050.30121280.24582729X-RAY DIFFRACTION98
1.5005-1.54110.24891560.21272602X-RAY DIFFRACTION98
1.5411-1.58640.22281610.19882623X-RAY DIFFRACTION98
1.5864-1.63760.23931310.18872714X-RAY DIFFRACTION98
1.6376-1.69620.24211240.17062712X-RAY DIFFRACTION99
1.6962-1.76410.19531390.14762697X-RAY DIFFRACTION99
1.7641-1.84440.19451610.13412675X-RAY DIFFRACTION99
1.8444-1.94160.1851330.11132672X-RAY DIFFRACTION99
1.9416-2.06330.17411500.10732717X-RAY DIFFRACTION100
2.0633-2.22260.1851340.10672707X-RAY DIFFRACTION100
2.2226-2.44620.1491510.10812688X-RAY DIFFRACTION100
2.4462-2.80020.17931320.1232713X-RAY DIFFRACTION100
2.8002-3.52780.1411660.12932705X-RAY DIFFRACTION100
3.5278-51.06290.14531520.14552689X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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