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万見
- PDB-5wer: Crystal Structure of TAPBPR and H2-Dd complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wer
タイトルCrystal Structure of TAPBPR and H2-Dd complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
  • TAP binding protein related
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antigen presentation / peptide editing / MAJOR HISTOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I / MHC-I / TAPASIN / Peptide Loading Complex / PLC / IMMUNE RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / peptide binding / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...negative regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / peptide binding / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / early endosome membrane / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / Beta-2-microglobulin / Tapasin-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.412 Å
データ登録者Jiang, J.S. / Natarajan, K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a TAPBPR-MHC I complex reveals the mechanism of peptide editing in antigen presentation.
著者: Jiang, J. / Natarajan, K. / Boyd, L.F. / Morozov, G.I. / Mage, M.G. / Margulies, D.H.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.32017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: TAP binding protein related
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: TAP binding protein related
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: TAP binding protein related
J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: TAP binding protein related
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,59119
ポリマ－345,76012
非ポリマー8317
水00
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: TAP binding protein related
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5945
ポリマ－86,4403
非ポリマー1542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: TAP binding protein related
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5945
ポリマ－86,4403
非ポリマー1542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: TAP binding protein related


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4403
ポリマ－86,4403
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: TAP binding protein related
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9636
ポリマ－86,4403
非ポリマー5223
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.050, 169.050, 139.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / H-2D(D)


分子量: 32281.965 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 26-301 / 変異: S73C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: PET21-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質
TAP binding protein related


分子量: 42278.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT_V5_HIS / 発現宿主: Drosophila acanthoptera (ハエ) / 株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: Q9BX59*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 1.0 M ammonium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.8, 0.2 M NaCl, 0.15-0.20 M sodium citrate, 2%-5% PEG 400

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12771
22771
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11.0333
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.0333
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX300-HS1CCD2017年3月30日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2017年3月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI 100SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SISINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03331
21.03331
反射解像度: 3.41→84.55 Å / Num. obs: 60245 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 83 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.425 / Rpim(I) all: 0.138 / Net I/av σ(I): 1.7 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.41→3.53 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.092 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5748 / CC1/2: 0.496 / Rpim(I) all: 0.61 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.412→48.801 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2694 2996 5.08 %RANDOM
Rwork0.2389 ---
obs0.2434 58963 97.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.412→48.801 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20100 0 55 0 20155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00420590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75228085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.09812208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4123-3.47110.35581120.28992169X-RAY DIFFRACTION70
3.4711-3.53420.31171360.27982457X-RAY DIFFRACTION81
3.5342-3.60220.321430.26642789X-RAY DIFFRACTION93
3.6022-3.67570.29931410.27192760X-RAY DIFFRACTION91
3.6757-3.75560.32581500.27532823X-RAY DIFFRACTION93
3.7556-3.84290.31671520.2672873X-RAY DIFFRACTION94
3.8429-3.93890.31651470.26442791X-RAY DIFFRACTION94
3.9389-4.04540.26651500.25222861X-RAY DIFFRACTION95
4.0454-4.16430.26311520.24762891X-RAY DIFFRACTION95
4.1643-4.29870.27931520.23682878X-RAY DIFFRACTION94
4.2987-4.45220.24221510.22632865X-RAY DIFFRACTION95
4.4522-4.63030.24611510.21142862X-RAY DIFFRACTION95
4.6303-4.84080.21851500.20082856X-RAY DIFFRACTION95
4.8408-5.09570.22171520.21492876X-RAY DIFFRACTION95
5.0957-5.41450.24641500.22692859X-RAY DIFFRACTION95
5.4145-5.83190.28761530.24562907X-RAY DIFFRACTION95
5.8319-6.41740.28461510.26382871X-RAY DIFFRACTION95
6.4174-7.34290.28431530.2642889X-RAY DIFFRACTION95
7.3429-9.23930.24951500.21812863X-RAY DIFFRACTION95
9.2393-46.47430.26651520.24332872X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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