PDB-5weg: Crystal Structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Sugarcane

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5weg

タイトル

Crystal Structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Sugarcane

要素

UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / glycogen metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharum hybrid cultivar SP80-3280 (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cotrim, C.A. / Soares, J.S.M. / Kobe, B. / Menossi, M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Crystal structure and insights into the oligomeric state of UDP-glucose pyrophosphorylase from sugarcane.
著者: Cotrim, C.A. / Soares, J.S.M. / Kobe, B. / Menossi, M.

履歴

登録	2017年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5weg.cif.gz	362.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5weg.ent.gz	297.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5weg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5weg_validation.pdf.gz	451 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5weg_full_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示
XML形式データ	5weg_validation.xml.gz	34.4 KB	表示
CIF形式データ	5weg_validation.cif.gz	49.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5weg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5weg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z90S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2icy-1 2icx-2 2q4j-1 2icx-1 1z90-2 2q4j-2 1z90-1 1s5a-d 2icy-2 4uc1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (5) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Multiangle light scattering confirms the protein is monomeric
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.349, 66.789, 74.785
Angle α, β, γ (deg.)	75.62, 79.00, 77.52
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase 分子量: 52349.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharum hybrid cultivar SP80-3280 (植物) 遺伝子: Ugpase-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A075E2Q1, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES sodium salt, ammonium sulfate, PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.82 Å / Num. obs: 73174 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4425 / CC_1/2: 0.787 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Z90

1z90

解像度: 2→42.734 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	2000	2.73 %
R_work	0.1928	-	-
obs	0.1938	73164	97.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.734 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7065	0	52	353	7470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7228
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	9787
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.662	4390
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1140
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1248

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.2752	139	0.2277	4957	X-RAY DIFFRACTION	95
2.05-2.1055	0.2584	142	0.2189	5066	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1055-2.1674	0.2562	143	0.2143	5064	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1674-2.2374	0.2362	143	0.2091	5082	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2374-2.3173	0.2527	142	0.1995	5045	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3173-2.4101	0.2633	142	0.2024	5072	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4101-2.5198	0.2595	142	0.2033	5077	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5198-2.6526	0.2573	144	0.2034	5118	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6526-2.8188	0.2241	143	0.208	5087	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8188-3.0364	0.2625	145	0.216	5139	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0364-3.3418	0.234	144	0.2099	5121	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3418-3.8251	0.2306	143	0.1894	5102	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8251-4.8182	0.1815	145	0.1501	5143	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8182-42.744	0.1754	143	0.1651	5091	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5986	-0.1287	-0.6128	1.2115	0.2984	1.1333	0.0243	-0.1348	0.1273	0.1249	-0.0356	-0.0536	0.0005	0.1725	-0.0055	0.1608	-0.0019	-0.0432	0.1159	0.0739	0.1069	66.5187	24.8266	23.7155
2	1.1057	0.0138	-0.2977	0.647	-0.0799	0.9844	0.0037	0.0538	0.0944	0.0274	-0.0092	0.0397	-0.0563	-0.0287	0.009	0.1357	0.0215	0.0113	0.1731	0.0309	0.1838	62.2948	25.7938	16.5627
3	1.5955	-1.5237	0.2743	4.5537	-1.0678	0.9848	-0.0622	0.1521	0.2137	0.0573	0.0292	-0.0754	-0.104	0.0752	0.0321	0.1457	0.0218	-0.0127	0.3257	0.0684	0.1784	58.6101	41.1394	-9.6226
4	3.8803	1.5386	-1.0684	4.6826	-0.1938	4.905	0.2709	1.1086	-0.5369	-0.9156	-0.1043	0.1669	0.2622	-0.1313	-0.1397	0.3567	0.0867	-0.0509	0.4341	-0.0807	0.3225	39.8537	61.8121	14.3616
5	3.5917	-0.6881	-0.1927	2.6748	0.3353	1.8507	0.0521	-0.232	0.243	0.0001	-0.0178	-0.3315	-0.1509	0.1171	-0.0568	0.1632	-0.0282	0.0133	0.1542	0.0645	0.1095	58.2	77.213	39.9264
6	1.4709	0.1653	0.1982	0.7694	0.0689	1.8528	0.0206	-0.0472	-0.0744	0.0081	0.0196	0.1305	0.0401	-0.2432	-0.0245	0.1248	0.0374	-0.0037	0.2314	0.0414	0.2261	36.9497	72.1414	36.7092
7	2.8472	-0.4907	-0.2589	1.5805	-1.3191	2.4717	-0.032	-0.1937	-0.2179	0.0413	0.0456	-0.0482	0.1009	-0.1083	-0.0145	0.1275	-0.0031	-0.0104	0.2067	0.0321	0.1579	55.3786	73.454	42.4982
8	2.9119	0.2397	-0.2722	3.5596	1.18	3.6502	-0.0699	0.0153	-0.4991	0.0212	0.0592	-0.1259	0.4326	0.1527	0.0314	0.144	0.0449	-0.0181	0.1614	0.0102	0.2322	63.2524	59.214	31.9338
9	1.4622	0.2937	0.3916	1.45	0.3049	1.9399	0.0481	0.0568	-0.274	-0.0525	-0.0671	0.0756	0.3015	0.0443	0.0308	0.1462	0.0263	0.0088	0.1625	0.0157	0.2466	51.0938	65.622	30.7367
10	0.5449	0.349	-0.468	0.6691	-0.8268	1.4955	-0.0303	-0.1925	-0.1397	-0.0274	-0.0316	0.0277	0.1551	0.0229	0.0664	0.1671	0.0147	0.0199	0.2845	0.071	0.2395	44.6724	57.3529	56.2067

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 94 through 368 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 369 through 476 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 13 through 45 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 46 through 93 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 94 through 227 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 228 through 265 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 266 through 291 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 292 through 336 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 337 through 476 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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