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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5we1 | ||||||
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タイトル | Structural Basis for Shelterin Bridge Assembly | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Telomere (テロメア) / Shelterin / Cooperativity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 telomere-telomerase complex assembly / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / テロメア / telomere capping / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance via telomerase ...telomere-telomerase complex assembly / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / テロメア / telomere capping / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance via telomerase / telomere organization / telomere maintenance / DNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.202 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J.-K. / Liu, J. / Hu, X. / Yu, C. / Roskamp, K. / Sankaran, B. / Huang, L. / Komives, E.-A. / Qiao, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017 タイトル: Structural Basis for Shelterin Bridge Assembly. 著者: Kim, J.K. / Liu, J. / Hu, X. / Yu, C. / Roskamp, K. / Sankaran, B. / Huang, L. / Komives, E.A. / Qiao, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5we1.cif.gz | 101.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5we1.ent.gz | 76.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5we1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5we1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5we1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25314.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母), (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: poz1, SPAC19G12.13c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13852 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3964.574 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 476-508 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tpz1, mug169, SPAC6F6.16c, SPAC6F6.18c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14246 #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 4% Reagent Alcohol, 0.3 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977408 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→57.25 Å / Num. obs: 9911 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WE2 解像度: 3.202→51.917 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 40.96
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.202→51.917 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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