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- PDB-5we1: Structural Basis for Shelterin Bridge Assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5we1
タイトルStructural Basis for Shelterin Bridge Assembly
要素
  • Protection of telomeres protein poz1,Protection of telomeres protein poz1
  • Protection of telomeres protein tpz1
キーワードGENE REGULATION / Telomere / Shelterin / Cooperativity
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere-telomerase complex assembly / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomere maintenance via telomere lengthening / shelterin complex / telomere capping / telomerase holoenzyme complex / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase ...telomere-telomerase complex assembly / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomere maintenance via telomere lengthening / shelterin complex / telomere capping / telomerase holoenzyme complex / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / telomere organization / telomere maintenance / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adrenocortical dysplasia protein / Shelterin complex subunit TPP1/Est3 / Shelterin complex subunit, TPP1/ACD
類似検索 - ドメイン・相同性
Protection of telomeres protein poz1 / Protection of telomeres protein tpz1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.202 Å
データ登録者Kim, J.-K. / Liu, J. / Hu, X. / Yu, C. / Roskamp, K. / Sankaran, B. / Huang, L. / Komives, E.-A. / Qiao, F.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Shelterin Bridge Assembly.
著者: Kim, J.K. / Liu, J. / Hu, X. / Yu, C. / Roskamp, K. / Sankaran, B. / Huang, L. / Komives, E.A. / Qiao, F.
履歴
登録2017年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protection of telomeres protein poz1,Protection of telomeres protein poz1
B: Protection of telomeres protein tpz1
C: Protection of telomeres protein poz1,Protection of telomeres protein poz1
D: Protection of telomeres protein tpz1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6886
ポリマ－58,5584
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area24420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.110, 66.110, 123.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Protection of telomeres protein poz1,Protection of telomeres protein poz1 / Pot1-associated protein poz1


分子量: 25314.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母), (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: poz1, SPAC19G12.13c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13852
#2: タンパク質・ペプチド Protection of telomeres protein tpz1 / Meiotically up-regulated gene 169 protein


分子量: 3964.574 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 476-508 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tpz1, mug169, SPAC6F6.16c, SPAC6F6.18c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14246
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 4% Reagent Alcohol, 0.3 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→57.25 Å / Num. obs: 9911 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Coot0.8モデル構築
PHENIX1.9_1692位相決定
MOSFLM7.2.1data processing
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WE2

5we2


解像度: 3.202→51.917 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 40.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3165 514 5.21 %
Rwork0.2664 --
obs0.2691 9872 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.202→51.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3511 0 2 0 3513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2694798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0871364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2022-3.52440.43761080.33052369X-RAY DIFFRACTION99
3.5244-4.03420.43021420.2962313X-RAY DIFFRACTION99
4.0342-5.08190.25841240.26072366X-RAY DIFFRACTION100
5.0819-51.92420.28281400.23642310X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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