PDB-5wd9: Crystal structure of Legionella pneumophila effector lpg2328

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wd9

タイトル

Crystal structure of Legionella pneumophila effector lpg2328

要素

Lem22

キーワード

PROTEIN BINDING / bacterial effector / Legionella / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Wong, K. / Gehring, K. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the Legionella effector Lem22.
著者: Kozlov, G. / Wong, K. / Gehring, K.

履歴

登録	2017年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity / entity_name_com Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wd9.cif.gz	52 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wd9.ent.gz	36.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wd9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wd9_validation.pdf.gz	418.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wd9_full_validation.pdf.gz	419.4 KB	表示
XML形式データ	5wd9_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	5wd9_validation.cif.gz	8.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/5wd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/5wd9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wd8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jge-2 6dyj-1 3nmj-4 2lzu-d 3g74-5 6izs-d 5yo6-d 3pdg-d 3nmk-4 4do2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lem22

10.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.505, 24.852, 41.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.58, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Lem22 / lpg2328 分子量: 10529.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア) 遺伝子: lp12_2320 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: G8UTY6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9779 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→22.44 Å / Num. obs: 15317 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.8 % / R_sym value: 0.102 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique obs: 1522 / R_sym value: 0.403 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1000228600

解像度: 1.4→22.44 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2029	761	4.97 %
R_work	0.1636	-	-
obs	0.1656	15317	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→22.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	699	0	0	113	812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	739
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.759	996
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	1.657	473
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	114
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	126

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4005-1.4505	0.188	159	0.1546	2888	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4505-1.5086	0.1815	147	0.1447	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5086-1.5772	0.203	142	0.1674	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5772-1.6604	0.225	160	0.1569	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6604-1.7643	0.1986	153	0.1743	2887	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6391	0.2057	0.4619	0.6253	0.2533	0.6061	-0.0516	0.1357	0.0518	0.0145	0.0629	-0.0427	-0.0198	0.2651	0.0026	0.0574	-0.0117	-0.0047	0.0706	-0.0033	0.0584	12.4177	4.5899	12.0265
2	0.0655	-0.1404	-0.1029	0.2817	0.2306	0.1998	0.0951	0.4078	-0.2753	-0.0981	-0.0845	-0.0102	0.339	-0.0615	0.1558	0.0848	0.0284	0.0044	0.1454	-0.0415	0.0943	11.5337	-4.6929	2.277
3	0.018	0.07	0.0281	0.779	-0.2896	0.3893	0.023	-0.158	0.1475	0.3991	0.0191	0.4142	-0.1103	-0.3547	0.0268	0.1052	0.0096	0.0209	0.087	-0.0072	0.0955	2.0242	0.5944	15.4847
4	0.0455	-0.0285	0.1512	0.0187	-0.0971	0.5284	0.0083	-0.2115	-0.3082	0.2816	-0.1847	0.6725	0.3555	-0.2321	-0.1771	0.2104	-0.0401	0.062	0.1618	-0.0269	0.287	-1.4858	12.1968	22.0275
5	0.1371	0.0255	-0.1946	0.5623	0.5275	0.8502	-0.003	0.0583	0.063	-0.0546	-0.08	0.2142	-0.0932	-0.3178	-0.0072	0.0655	0.0016	-0.0141	0.0583	-0.0062	0.0627	3.8699	11.6341	11.4071
6	0.1583	-0.0831	-0.1838	0.3686	0.0378	0.5558	0.1632	0.221	-0.1056	-0.1139	-0.0501	-0.0277	-0.0784	0.2249	0.1227	0.0898	0.0097	-0.0092	0.1007	-0.0259	0.0728	5.4213	0.8772	-2.1331
7	0.1234	0.0392	0.0181	0.325	-0.2297	0.1836	0.0981	0.2284	-0.1232	-0.3971	-0.1661	-0.1194	0.1643	0.021	-0.0151	0.2209	0.0352	0.0141	0.2604	-0.0852	0.1971	7.4556	-7.6325	-10.7333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 45 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 65 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 66 through 78 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 79 through 89 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 90 through 94 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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