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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wcm | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex between class B3 beta-lactamase BJP-1 and 4-nitrobenzene-sulfonamide - new refinement | |||||||||
要素 | Blr6230 protein | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / ZINC ENZYME / SULFONAMIDE COMPLEX / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Docquier, J.D. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Menciassi, N. / Shabalin, I.G. / Raczynska, J.E. / Wlodawer, A. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Mangani, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2010 タイトル: High-resolution crystal structure of the subclass B3 metallo-beta-lactamase BJP-1: rational basis for substrate specificity and interaction with sulfonamides. 著者: Docquier, J.D. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Stoczko, M. / Menciassi, N. / Rossolini, G.M. / Mangani, S. #1: ジャーナル: Drug Resist. Updat. / 年: 2018 タイトル: A close look onto structural models and primary ligands of metallo-beta-lactamases. 著者: Raczynska, J.E. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Wlodawer, A. / Jaskolski, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wcm.cif.gz | 251.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wcm.ent.gz | 199.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wcm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wcm_validation.pdf.gz | 439.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wcm_full_validation.pdf.gz | 439.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5wcm_validation.xml.gz | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wcm_validation.cif.gz | 45.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28717.814 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 32-294 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110) (根粒菌) 株: JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110 / 遺伝子: blr6230 / プラスミド: PET-9A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89GW5 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30-35% PEG 4000, 5MM ZNCL2, 0.5M SODIUM ACETATE, TRIS-HCL 0.1M, PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 124424 / % possible obs: 82.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.049 / Rsym value: 0.044 / Χ2: 0.818 / Net I/av σ(I): 28.6 / Net I/σ(I): 14.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LVZ 解像度: 1.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.182 / SU ML: 0.024 / SU R Cruickshank DPI: 0.0446 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.043 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 248.99 Å2 / Biso mean: 18.358 Å2 / Biso min: 9.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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