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- PDB-5wb4: Crystal structure of the TarA wall teichoic acid glycosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wb4
タイトルCrystal structure of the TarA wall teichoic acid glycosyltransferase
要素N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / wall teichoic acid enzyme / Beta-N-acetylmannosaminyltransferase
機能・相同性N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase activity / Glycosyl transferase WecG/TagA/CpsF / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / Glycosyl transferase WecG/TagA/CpsF family / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / nucleotide binding / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter italicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kattke, M.D. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2019
タイトル: Structure and mechanism of TagA, a novel membrane-associated glycosyltransferase that produces wall teichoic acids in pathogenic bacteria.
著者: Kattke, M.D. / Gosschalk, J.E. / Martinez, O.E. / Kumar, G. / Gale, R.T. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Philips, M. / Brown, E.D. / Clubb, R.T.
履歴
登録2017年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
B: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
C: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
D: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
E: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
F: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
G: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
H: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,77217
ポリマ－175,9088
非ポリマー8659
水7,332407
1
A: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
E: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1694
ポリマ－43,9772
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
2
B: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
D: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2655
ポリマ－43,9772
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
3
C: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
F: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1694
ポリマ－43,9772
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
4
G: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子

H: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1694
ポリマ－43,9772
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area15270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.030, 107.790, 89.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細dimer by gel filtration

-
要素

#1: タンパク質
N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / N-acetylmannosaminyltransferase / UDP-N-acetylmannosamine transferase / UDP-N-acetylmannosamine:N- ...N-acetylmannosaminyltransferase / UDP-N-acetylmannosamine transferase / UDP-N-acetylmannosamine:N-acetylglucosaminyl pyrophosphorylundecaprenol N-acetylmannosaminyltransferase


分子量: 21988.449 Da / 分子数: 8 / 断片: TarA / 変異: C111A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter italicus (バクテリア)
株: DSM 9252 / Ab9 / 遺伝子: Thit_1850 / プラスミド: pMAPLe4
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D3T4E0, N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% PEG-1000, 100mM phosphate citrate, 200mM lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月4日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→88.51 Å / Num. obs: 189973 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.77 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 1.268 / Net I/σ(I): 7.23 / Num. measured all: 906103 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.054.5310.6182.49132840.8430.69792.8
2.05-2.14.7650.5143.13137620.880.57898.7
2.1-2.174.5520.4293.59132420.9040.48598.1
2.17-2.234.6580.3664.16128960.9320.41297.6
2.23-2.35.0390.3185.01125870.9530.35598.7
2.3-2.395.0110.2785.57122650.9620.31199.1
2.39-2.484.9570.256.09118870.9640.2898.9
2.48-2.584.90.2196.59112900.9710.24598.8
2.58-2.694.7790.1937.21109070.9730.21798.9
2.69-2.824.440.1727.62102160.9750.19597.3
2.82-2.984.9090.1618.6499540.9810.1899.3
2.98-3.164.9940.149.893780.9850.15799.3
3.16-3.374.8920.12310.887970.9860.13899.1
3.37-3.644.7540.11311.7581970.9870.12799.2
3.64-3.994.4630.10512.0874940.9840.11998.3
3.99-4.464.4750.10212.4766920.9860.11596.9
4.46-5.154.8570.10113.1960290.990.11499.3
5.15-6.314.8470.10512.2951050.9890.11799.2
6.31-8.934.4770.09911.9538290.9870.11296.9
8.93-88.515.1360.08714.2921620.9940.09699.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XSCALEデータ削減
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→88.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU R Cruickshank DPI: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.209 / SU Rfree Blow DPI: 0.169 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.174
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 9663 10 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 96634 99.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 95.96 Å2 / Biso mean: 24.96 Å2 / Biso min: 8.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.5349 Å20 Å20.7243 Å2
2--3.5379 Å20 Å2
3---5.997 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→88.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11591 0 45 407 12043
Biso mean--29.35 25.87 -
残基数----1547
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4011SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes307HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1710HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11823HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1604SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14262SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11823HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16040HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.23
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 708 10 %
Rwork0.218 6373 -
all0.2212 7081 -
obs--98.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47130.0591-0.70470.5453-0.19761.03880.0419-0.02960.1666-0.0007-0.0185-0.082-0.04440.0705-0.0234-0.11970.00120.0177-0.05190.00120.021236.346913.4011-0.0399
20.6633-0.15130.14020.74720.03341.08550.00780.0009-0.04440.02210.0039-0.0663-0.01490.0505-0.0117-0.0819-0.01260.0462-0.0594-0.00870.0024-8.2018-0.382943.3897
31.1495-0.25010.32261.6789-0.40410.9671-0.06360.14940.1546-0.0834-0.0423-0.09180.0208-0.00930.1059-0.1172-0.01090.0182-0.0860.0132-0.001327.790537.337631.4492
40.70350.11610.25141.9025-0.70831.4556-0.05950.08790.0274-0.2958-0.0444-0.10150.08710.02250.1039-0.099200.0671-0.0877-0.0031-0.0223-10.705724.18831.6441
51.55920.2073-0.33591.3989-0.16740.948-0.056-0.0848-0.34920.1183-0.0336-0.1568-0.0285-0.00240.0896-0.15620.01250.0347-0.10260.00120.052131.2223-10.649712.0244
60.4764-0.00760.21570.7005-0.20151.14270.00990.0182-0.07530.0594-0.0086-0.0605-0.02140.0619-0.0014-0.0938-0.00390.0297-0.0439-0.00450.009730.202312.982443.6747
70.73670.0642-0.17270.5305-0.05560.66420.02170.0210.0624-0.01860.0053-0.0652-0.06140.0087-0.027-0.08210.00030.0338-0.04270.00090.0109-2.25270.2117-0.3054
80.63350.0563-0.02781.38130.1610.816-0.04290.0234-0.0337-0.15850.0245-0.0168-0.00170.02750.0183-0.09330.00080.0391-0.06090.0122-0.00916.870229.969-11.9973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 195
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C3 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D3 - 195
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E3 - 195
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F2 - 196
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G3 - 196
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H3 - 195

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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