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- PDB-5wb0: Crystal structure of human metapneumovirus fusion glycoprotein st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wb0
タイトルCrystal structure of human metapneumovirus fusion glycoprotein stabilized in the prefusion state
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / CLASS I VIRAL FUSION PROTEIN / FUSION / METAPNEUMOVIRUS / PREFUSION
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Human metapneumovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Battles, M.B. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5T32AI007519-18 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM113132 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure and immunogenicity of pre-fusion-stabilized human metapneumovirus F glycoprotein.
著者: Battles, M.B. / Mas, V. / Olmedillas, E. / Cano, O. / Vazquez, M. / Rodriguez, L. / Melero, J.A. / McLellan, J.S.
履歴
登録2017年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1118
ポリマ－59,3321
非ポリマー1,7797
水2,432135
1
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,33324
ポリマ－177,9973
非ポリマー5,33621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area21340 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area52230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.700, 177.700, 177.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
詳細The trimeric viral fusion glycoprotein

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 F

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 59332.301 Da / 分子数: 1 / 断片: hMPV F ectodomain / 変異: Q100R, S101R, A185P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / プラスミド: pRB21 / 細胞株 (発現宿主): CV-1 / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q1A2Z0

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糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 139分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.79 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.82 M LiSO4, 0.41 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na3-citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.919774 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→51.3 Å / Num. obs: 28796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 51.36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 284021 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.7210.31.4223578734780.5460.4651.4961.9100
9.01-51.39.90.05173207420.9980.0170.05431.599.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L1X, 5C69

5l1x

5c69


解像度: 2.601→51.298 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2069 1455 5.06 %
Rwork0.17 27302 -
obs0.1719 28757 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.09 Å2 / Biso mean: 59.5671 Å2 / Biso min: 25.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.601→51.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3355 0 112 135 3602
Biso mean--120.99 52.41 -
残基数----442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5614797
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7252144
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6014-2.69440.30621290.270627362865
2.6944-2.80230.33621570.268126882845
2.8023-2.92980.27761410.254926932834
2.9298-3.08430.2511560.221326982854
3.0843-3.27750.25431540.202527102864
3.2775-3.53050.22191450.17827242869
3.5305-3.88570.16121280.148227292857
3.8857-4.44760.17571490.131327392888
4.4476-5.60250.1671420.128227502892
5.6025-51.30750.19021540.158128352989
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34930.0082-0.05970.49690.30571.07840.08460.0079-0.11970.17270.0252-0.18940.09040.2646-0.15910.4309-0.0038-0.06150.27940.0920.4095-9.0276-11.895-24.7076
21.7306-0.61292.01451.48690.94726.7964-0.00940.10090.2799-0.1113-0.0425-0.6777-0.42590.98140.05640.3773-0.14280.05150.64050.11510.73978.1314-1.2126-27.0928
30.925-0.35360.79831.11280.55332.87950.03-0.2120.04330.24850.051-0.3569-0.0230.0812-0.07780.4222-0.1021-0.03790.4820.06930.4728-2.7556-3.0321-18.9485
42.41940.49280.20721.3386-0.38711.03550.04220.26080.06080.06990.02870.14240.0012-0.1868-0.09930.34150.00580.00870.3144-0.00310.2215-31.7406-14.9733-32.0376
55.28772.99031.06694.22810.26060.60170.05490.2916-0.1794-0.1917-0.0680.0324-0.0229-0.05440.02710.37570.02960.0110.3629-0.00250.2607-34.3334-15.5182-37.574
64.2609-0.1977-0.40123.34970.39987.27110.1215-0.0756-0.07520.032-0.04360.0782-0.0637-0.2011-0.0660.28410.0110.02440.40090.04460.3712-48.9161-13.2468-18.7952
73.217-0.3362-0.44245.68712.52143.0677-0.02470.4268-0.5584-0.3054-0.26280.9590.1099-0.30860.31930.3636-0.0344-0.070.5080.06430.4433-47.8367-24.4156-37.4029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 19 through 128 )F19 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 129 through 176 )F129 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 177 through 265 )F177 - 265
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 266 through 304 )F266 - 304
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 305 through 371 )F305 - 371
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 372 through 426 )F372 - 426
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 427 through 472 )F427 - 472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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