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- PDB-5wam: Structure of BamE from Neisseria gonorrhoeae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wam
タイトルStructure of BamE from Neisseria gonorrhoeae
要素Outer membrane protein assembly factor BamE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta-barrel assembly machinery / BAM complex / lipoprotein
機能・相同性Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / SmpA / OmlA family / BamE-like / protein insertion into membrane / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / Outer membrane protein assembly factor BamE
機能・相同性情報
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Buchanan, S.K. / Noinaj, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K22AI113078 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional insights into the role of BamD and BamE within the beta-barrel assembly machinery in Neisseria gonorrhoeae.
著者: Sikora, A.E. / Wierzbicki, I.H. / Zielke, R.A. / Ryner, R.F. / Korotkov, K.V. / Buchanan, S.K. / Noinaj, N.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamE
B: Outer membrane protein assembly factor BamE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3333
ポリマ－24,2672
非ポリマー651
水1,60389
1
A: Outer membrane protein assembly factor BamE
B: Outer membrane protein assembly factor BamE
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein assembly factor BamE
B: Outer membrane protein assembly factor BamE
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, This crystal form contains a tetramer, which is not physiological and likely induced by Zn ions. BamE is monomeric in solution and present as a single subunit in the context of BamABCDE complex.
  • 48.7 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6666
ポリマ－48,5354
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area22230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.804, 86.075, 49.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-244-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamE


分子量: 12133.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌)
株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: bamE, NGO_1780 / プラスミド: pET20bHT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5F5Y8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.01M ZINC SULFATE, 0.1M MES PH 6.5, 25% PEG550MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月1日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 10309 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 31.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.184 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 43328
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.544.30.79510290.4910.4390.9151.02399.5
2.54-2.644.20.6720.5360.3830.7811.0798.9
2.64-2.764.10.5210.6610.2980.6051.02798.9
2.76-2.94.10.4310.7680.2430.4981.0397.7
2.9-3.094.40.3370.8470.1830.3861.0698.9
3.09-3.324.30.1950.9460.1050.2231.09398.3
3.32-3.664.20.1250.9770.0680.1441.09797.9
3.66-4.194.30.0910.9890.0480.1041.02197.5
4.19-5.284.10.0840.9880.0440.0961.01197.8
5.28-503.90.0960.990.0530.110.9895.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIXdev_2722精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→43.182 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.22 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 522 5.11 %RANDOM SELECTION
Rwork0.1985 ---
obs0.2006 10278 95.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.85 Å2 / Biso mean: 45.9567 Å2 / Biso min: 11.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→43.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1589 0 1 89 1679
Biso mean--31.96 37.83 -
残基数----200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021615
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.452184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.596987
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.57550.32521240.2882555267997
2.5755-2.73680.32091440.26442506265096
2.7368-2.94810.32951460.24432466261295
2.9481-3.24470.32151390.2332520265997
3.2447-3.7140.24081210.18182485260695
3.714-4.67840.15891250.14622502262795
4.6784-43.18920.18821420.17782445258793

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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