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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wab | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Bifidobacterium adolescentis GH3 beta-glucosidase | ||||||
要素 | Putative beta-glucosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GH3 / beta-glucosidase / Bifidobacterium / adolescentis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bifidobacterium adolescentis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Florindo, R.N. / Nascimento, A.S. / Polikarpov, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochimie / 年: 2018 タイトル: Structural and biochemical characterization of a GH3 beta-glucosidase from the probiotic bacteria Bifidobacterium adolescentis. 著者: Florindo, R.N. / Souza, V.P. / Manzine, L.R. / Camilo, C.M. / Marana, S.R. / Polikarpov, I. / Nascimento, A.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wab.cif.gz | 1007.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wab.ent.gz | 841.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wab.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wab_validation.pdf.gz | 478.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wab_full_validation.pdf.gz | 504.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5wab_validation.xml.gz | 103.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wab_validation.cif.gz | 148.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5wab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5wab | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2x40S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81194.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bifidobacterium adolescentis (strain ATCC 15703 / DSM 20083 / NCTC 11814 / E194a) (バクテリア) 株: ATCC 15703 / DSM 20083 / NCTC 11814 / E194a / 遺伝子: BAD_1194 / プラスミド: pETTRXA-1a/LIC 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌) 参照: UniProt: A1A2P2 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M HEPES pH 8.5, 0.2 M sodium chloride, 29% PEG 3350, 3% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→48.4 Å / Num. obs: 103722 / % possible obs: 85.52 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.538 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 8470 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.594 / % possible all: 69.65 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2X40 解像度: 2.45→44.511 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→44.511 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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