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Yorodumi- PDB-5wab: Crystal Structure of Bifidobacterium adolescentis GH3 beta-glucosidase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wab | ||||||
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Title | Crystal Structure of Bifidobacterium adolescentis GH3 beta-glucosidase | ||||||
Components | Putative beta-glucosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / GH3 / beta-glucosidase / Bifidobacterium / adolescentis | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bifidobacterium adolescentis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Florindo, R.N. / Nascimento, A.S. / Polikarpov, I. | ||||||
Citation | Journal: Biochimie / Year: 2018 Title: Structural and biochemical characterization of a GH3 beta-glucosidase from the probiotic bacteria Bifidobacterium adolescentis. Authors: Florindo, R.N. / Souza, V.P. / Manzine, L.R. / Camilo, C.M. / Marana, S.R. / Polikarpov, I. / Nascimento, A.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wab.cif.gz | 1007.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5wab.ent.gz | 841.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wab.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5wab_validation.pdf.gz | 478.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5wab_full_validation.pdf.gz | 504.3 KB | Display | |
Data in XML | 5wab_validation.xml.gz | 103.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5wab_validation.cif.gz | 148.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5wab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5wab | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2x40S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 81194.719 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bifidobacterium adolescentis (strain ATCC 15703 / DSM 20083 / NCTC 11814 / E194a) (bacteria) Strain: ATCC 15703 / DSM 20083 / NCTC 11814 / E194a / Gene: BAD_1194 / Plasmid: pETTRXA-1a/LIC Production host: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (bacteria) References: UniProt: A1A2P2 #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1 M HEPES pH 8.5, 0.2 M sodium chloride, 29% PEG 3350, 3% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU ULTRAX 18 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 5, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→48.4 Å / Num. obs: 103722 / % possible obs: 85.52 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 10.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.538 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 8470 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.594 / % possible all: 69.65 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2X40 Resolution: 2.45→44.511 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 23.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→44.511 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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