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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wa8 | ||||||
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タイトル | Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) H112N mutant nucleoside L-Ala phosphoramidate substrate complex | ||||||
要素 | Histidine triad nucleotide-binding protein 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / histidine triad | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling ...purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein kinase C binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cytoskeleton / hydrolase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Maize, K.M. / Finzel, B.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Pharm. / 年: 2017 タイトル: A Crystal Structure Based Guide to the Design of Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) Activated ProTides. 著者: Maize, K.M. / Shah, R. / Strom, A. / Kumarapperuma, S. / Zhou, A. / Wagner, C.R. / Finzel, B.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wa8.cif.gz | 66.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wa8.ent.gz | 46.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wa8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5wa8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5wa8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5klyC 5klzC 5km0C 5km1C 5km2C 5km3C 5km4C 5km5C 5km6C 5km8C 5km9C 5kmaC 5kmbC 5wa9C 6b42C 3tw2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14072.145 Da / 分子数: 2 / 変異: H112N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-9ZA / [( | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES, 38% PEG 8000 / PH範囲: 6.4-6.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月19日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→39.633 Å / Num. obs: 53652 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 9.32 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 179269 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3TW2 解像度: 1.3→34.349 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.68
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.83 Å2 / Biso mean: 13.1386 Å2 / Biso min: 4.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.3→34.349 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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