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- PDB-5wa0: Crystal Structure of the sulfite dehydrogenase, SorT R78Q mutant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wa0
タイトルCrystal Structure of the sulfite dehydrogenase, SorT R78Q mutant from Sinorhizobium meliloti
要素Putative sulfite oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / sulfite dehydrogenase / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfite oxidase / sulfite oxidase activity / sulfur compound metabolic process / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #650 / Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2 / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Moybdenum cofactor oxidoreductase, dimerisation / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductase / Mo-co oxidoreductase dimerisation domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. ...Immunoglobulin-like - #650 / Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2 / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Moybdenum cofactor oxidoreductase, dimerisation / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductase / Mo-co oxidoreductase dimerisation domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Immunoglobulin E-set / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(MOLYBDOPTERIN-S,S)-OXO-MOLYBDENUM / Sulfite oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Maher, M.J.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: The central active site arginine in sulfite oxidizing enzymes alters kinetic properties by controlling electron transfer and redox interactions.
著者: Hsiao, J.C. / McGrath, A.P. / Kielmann, L. / Kalimuthu, P. / Darain, F. / Bernhardt, P.V. / Harmer, J. / Lee, M. / Meyers, K. / Maher, M.J. / Kappler, U.
履歴
登録2017年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sulfite oxidase
B: Putative sulfite oxidase
C: Putative sulfite oxidase
D: Putative sulfite oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,3308
ポリマ－156,3094
非ポリマー2,0214
水19,3481074
1
A: Putative sulfite oxidase
B: Putative sulfite oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1654
ポリマ－78,1542
非ポリマー1,0112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27470 Å2
手法PISA
2
C: Putative sulfite oxidase
D: Putative sulfite oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1654
ポリマ－78,1542
非ポリマー1,0112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area27500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.520, 91.780, 109.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Putative sulfite oxidase


分子量: 39077.152 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-399 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌)
株: 1021 / 遺伝子: SMc04049 / プラスミド: PPROEX HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TP1000 / 参照: UniProt: Q92M24, sulfite oxidase
#2: 化合物
ChemComp-MSS / (MOLYBDOPTERIN-S,S)-OXO-MOLYBDENUM


分子量: 505.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12MoN5O7PS2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1074 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.0, 0.2 M sodium malonate, 17.5% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.87
11-h,-k,l20.13
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 95573 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 6.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PW3

4pw3


解像度: 2.1→43.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 7.302 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.053
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2713 4298 5.1 %RANDOM
Rwork0.2173 ---
obs0.2201 79560 74.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.54 Å2 / Biso mean: 21.686 Å2 / Biso min: 5.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.74 Å20 Å2-2.57 Å2
2--12.31 Å20 Å2
3----4.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10928 0 104 1074 12106
Biso mean--16.81 26.34 -
残基数----1460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01911337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4351.96515489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.938324603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45251470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38224.81447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.551151770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0071556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022437
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.139 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 48 -
Rwork0.213 731 -
all-779 -
obs--9.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0583-0.1895-0.07410.2318-0.16581.21110.00790.1106-0.1257-0.0153-0.02590.00210.0985-0.03270.0180.086-0.00950.01710.0147-0.02240.0794-1.181513.5634.3901
20.9450.15230.02580.14520.12481.15030.0127-0.1108-0.09690.0156-0.0220.00230.11730.0350.00930.07980.01840.00740.0220.02610.07222.083513.526263.8541
31.110.0658-0.01150.2920.07731.2025-0.00590.09640.1011-0.02490.00180.0318-0.12430.04780.00410.0803-0.01040.01930.01210.01520.08148.7391-13.6201-8.9805
40.92010.0441-0.01980.181-0.03621.2526-0.0264-0.07670.08160.01380.0127-0.012-0.0989-0.04950.01370.08610.01670.01060.0122-0.01650.079524.8522-14.059620.4746
50.2373-0.12010.03570.2429-0.07721.4962-0.0127-0.07160.05180.00120.00720.0034-0.1043-0.16390.00550.05630.01550.00970.0447-0.01620.0641-9.834423.462254.3853
60.4683-0.147-0.00420.1930.0741.2588-0.04150.06320.0656-0.0110.0009-0.0252-0.13590.16070.04060.0517-0.02720.01870.04810.01240.0730.528523.966944.0272
70.2219-0.0075-0.12830.23070.07791.7577-0.0395-0.0871-0.06330.02040.0122-0.06140.07410.15690.02730.04830.02640.00560.05190.00250.079256.9361-23.885610.8773
80.3283-0.1335-0.06090.06930.06021.8072-0.01070.0556-0.0647-0.0058-0.02050.05750.127-0.09230.03130.0792-0.0338-0.00480.0234-0.0090.085616.7877-24.10650.4215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2B35 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3C35 - 268
4X-RAY DIFFRACTION4D35 - 268
5X-RAY DIFFRACTION5A269 - 399
6X-RAY DIFFRACTION6B269 - 399
7X-RAY DIFFRACTION7C269 - 399
8X-RAY DIFFRACTION8D269 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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