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万見
- PDB-5w8z: Solution Structure of XPH2, a Hybrid Sequence of Xfaso 1 and Pfl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w8z
タイトルSolution Structure of XPH2, a Hybrid Sequence of Xfaso 1 and Pfl 6, Two Cro Proteins With Different Folds
要素XPH2
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix / structural evolution / conformational switch / metamorphic protein / disulfide bond / transcription factor
機能・相同性lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens PF5 (蛍光菌)
手法溶液NMR / CYANA
データ登録者Kumirov, V.K. / Dykstra, E.M. / Cordes, M.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM066806 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104040 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Multistep mutational transformation of a protein fold through structural intermediates.
著者: Kumirov, V.K. / Dykstra, E.M. / Hall, B.M. / Anderson, W.J. / Szyszka, T.N. / Cordes, M.H.J.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XPH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8881
ポリマ－7,8881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer confirmed by SEC (gel filtration)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy
詳細Monomer confirmed by SEC (gel filtration)

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要素

#1: タンパク質 XPH2


分子量: 7887.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Hybrid between two natural Cro sequences from prophages in Xylella fastidiosa and Pseudomonas fluorescens
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens PF5 (蛍光菌)
遺伝子: CRO / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic13D 15N-separated NOESY
122isotropic13D 13C-separated NOESY
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
174isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
183isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM [U-13C; U-15N] XPH2, 50 mM NA- potassium phosphate, 150 mM NA- potassium chloride, 0.01 % NA- sodium azide, 0.1 mM NA- DSS, 1 M [U-2H] trimethylamine oxide, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution41.6 mM [U-10% 13C] XPH2, 50 mM NA- potassium phosphate, 150 mM NA- potassium chloride, 0.01 % NA- sodium azide, 0.1 mM NA- DSS, 90% H2O/10% D2O10% 13C sample90% H2O/10% D2O
solution30.9 mM [U-15N] XPH2, 50 mM NA- potassium phosphate, 150 mM NA- potassium chloride, 0.01 % NA- sodium azide, 0.1 mM NA- DSS, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM [U-13C; U-15N] XPH2, 50 mM NA- potassium phosphate, 150 mM NA- potassium chloride, 0.01 % NA- sodium azide, 0.1 mM NA- DSS, 1 M [U-2H] trimethylamine oxide, 100% D2O13C_15N_sample_D20100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMXPH2[U-13C; U-15N]1
50 mMpotassium phosphateNA-1
150 mMpotassium chlorideNA-1
0.01 %sodium azideNA-1
0.1 mMDSSNA-1
1 Mtrimethylamine oxide[U-2H]1
1.6 mMXPH2[U-10% 13C]4
50 mMpotassium phosphateNA-4
150 mMpotassium chlorideNA-4
0.01 %sodium azideNA-4
0.1 mMDSSNA-4
0.9 mMXPH2[U-15N]3
50 mMpotassium phosphateNA-3
150 mMpotassium chlorideNA-3
0.01 %sodium azideNA-3
0.1 mMDSSNA-3
0.6 mMXPH2[U-13C; U-15N]2
50 mMpotassium phosphateNA-2
150 mMpotassium chlorideNA-2
0.01 %sodium azideNA-2
0.1 mMDSSNA-2
1 Mtrimethylamine oxide[U-2H]2
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 pH* / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: CYANA / ソフトェア番号: 1
詳細: Water refinement of the lowest energy 20 structures was performed using CNS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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