PDB-5w8r: Toxoplasma Gondii CDPK1 in complex with inhibitor 3CIB-PPI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w8r

タイトル

Toxoplasma Gondii CDPK1 in complex with inhibitor 3CIB-PPI

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

transferase/transferase inhibitor / CDPK / PARASITOLOGY / ATP-BINDING / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

El Bakkouri, M. / Lovato, D. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Rutaganaria, F. / Lopez, M.S. / Shokat, L. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Toxoplasma Gondii CDPK1 in complex with inhibitor 3CIB-PPI
著者: El Bakkouri, M. / Lovato, D. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Rutaganaria, F. / Lopez, M.S. / Shokat, L. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Sibley, D. / Hui, R. / Walker, J.R. / ...

履歴

登録	2017年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w8r.cif.gz	200.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w8r.ent.gz	157.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w8r_validation.pdf.gz	718.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w8r_full_validation.pdf.gz	718.5 KB	表示
XML形式データ	5w8r_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	5w8r_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ifgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5w9r-d 4ihp-d 5w91-d 5jn2-d 4ona-d 4yjn-d 5jms-d 5t6a-d 5w9e-d 4ifg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

55.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.024, 72.944, 65.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: CDPK1 / プラスミド: PET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9BJF5
#2: 化合物	ChemComp-9XV / 1-tert-butyl-3-[(3-chlorophenyl)methyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / 1-tert-ブチル-3-(3-クロロベンジル)-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-4-アミン分子量: 315.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈ClN₅
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.06 % / Mosaicity: 0.598 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG8K, 0.2M NaCl, 0.1M Hepes pH7.5, 10 % Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97929 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→48.4 Å / Num. obs: 22522 / B_iso Wilson estimate: 42.21 Å²

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	3.3	0.435	1028	0.794	0.274	0.517	0.819	90.7
2.24-2.28	3.4	0.442	1080	0.845	0.269	0.52	1.075	93.8
2.28-2.32	3.6	0.394	1077	0.907	0.236	0.46	0.679	97.2
2.32-2.37	3.7	0.365	1123	0.91	0.216	0.426	0.708	99.4
2.37-2.42	3.9	0.331	1132	0.936	0.191	0.383	0.721	99.7
2.42-2.48	4.1	0.328	1112	0.943	0.184	0.376	0.683	100
2.48-2.54	4.1	0.299	1149	0.949	0.166	0.343	0.721	100
2.54-2.61	4.2	0.256	1123	0.963	0.14	0.292	0.733	100
2.61-2.69	4.2	0.227	1140	0.862	0.128	0.262	0.906	100
2.69-2.77	4.2	0.177	1128	0.981	0.097	0.202	0.785	100
2.77-2.87	4.2	0.139	1136	0.987	0.076	0.159	0.815	100
2.87-2.99	4.2	0.109	1142	0.993	0.06	0.125	0.836	100
2.99-3.12	4.2	0.092	1124	0.993	0.051	0.105	0.923	100
3.12-3.29	4.2	0.07	1127	0.994	0.039	0.08	0.954	100
3.29-3.49	4.2	0.062	1162	0.996	0.034	0.071	1.135	100
3.49-3.76	4.2	0.055	1130	0.996	0.031	0.064	1.32	100
3.76-4.14	4.2	0.056	1143	0.994	0.032	0.065	1.898	100
4.14-4.74	4.1	0.047	1144	0.996	0.027	0.054	1.841	100
4.74-5.97	4	0.04	1156	0.995	0.023	0.046	2.862	100
5.97-50	4	0.043	1183	0.992	0.025	0.05	12.056	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IFG

4ifg

解像度: 2.2→48.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / R_factor R_free error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.306 / SU R_free Blow DPI: 0.22

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	1096	4.87 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.203	22522	98.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.7687 Å²	0 Å²	5.8846 Å²
2-	-	3.3283 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.0971 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→48.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3542	0	23	140	3705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	7122	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.73	12832	HARMONIC	2.9
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1592	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		98	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1092	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		7122	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.91
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.02
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		484	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		7694	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.31 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	124	4.49 %
R_work	0.198	2635	-
all	0.2	2759	-
obs	-	-	91.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2972	-0.6287	0.5998	2.7309	-0.8032	2.7297	-0.0622	-0.1599	-0.0085	0.3353	-0.038	-0.1333	-0.1259	0.0313	0.1002	-0.1108	-0.0087	-0.0211	-0.134	-0.0099	-0.024	-14.8568	-17.4787	102.0444
2	1.4573	0.2986	0.6516	1.535	-0.562	2.392	0.0635	0.3219	-0.0948	-0.1232	-0.1095	-0.1223	0.3276	0.3251	0.0459	-0.1387	0.0424	0.0119	-0.0551	-0.0043	0.0134	-13.2388	-16.1248	84.6245
3	1.1858	0.0842	0.7431	1.6632	0.3895	1.2528	0.0106	0.3057	-0.0125	-0.0332	-0.0389	-0.0508	0.1714	0.1914	0.0283	-0.2041	0.0413	0.028	-0.1021	0.0053	-0.1477	-10.7984	-6.8732	82.8555
4	3.5568	0.9875	-0.804	3.92	-1.3402	2.7876	0.0762	0.0017	-0.0971	0.0734	-0.0299	-0.1225	0.1277	0.0728	-0.0463	0.0628	0.0253	-0.1987	-0.1149	0.0076	0.011	3.3539	-5.4195	113.1665
5	6.6399	-0.7957	-2.3089	1.3289	1.69	4.4514	0.1599	0.134	0.5168	0.0302	0.1283	-0.1531	-0.209	-0.1346	-0.2882	-0.176	0.0331	-0.012	-0.1228	0.0638	0.0352	5.9479	5.5971	85.7957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|44 - 136 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|137 - 214 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|215 - 383 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|384 - 438 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|439 - 507 }

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関連情報:EMDBヘッダ

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