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- PDB-5w8k: Crystal Structure of Lactate Dehydrogenase A in complex with inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w8k
タイトルCrystal Structure of Lactate Dehydrogenase A in complex with inhibitor compound 29 and NADH
要素L-lactate dehydrogenase A chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidoreductase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase complex / Pyruvate metabolism / L-lactate dehydrogenase / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion ...oxidoreductase complex / Pyruvate metabolism / L-lactate dehydrogenase / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9Y7 / MALONIC ACID / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lukacs, C.M. / Dranow, D.M.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery and Optimization of Potent, Cell-Active Pyrazole-Based Inhibitors of Lactate Dehydrogenase (LDH).
著者: Rai, G. / Brimacombe, K.R. / Mott, B.T. / Urban, D.J. / Hu, X. / Yang, S.M. / Lee, T.D. / Cheff, D.M. / Kouznetsova, J. / Benavides, G.A. / Pohida, K. / Kuenstner, E.J. / Luci, D.K. / Lukacs, ...著者: Rai, G. / Brimacombe, K.R. / Mott, B.T. / Urban, D.J. / Hu, X. / Yang, S.M. / Lee, T.D. / Cheff, D.M. / Kouznetsova, J. / Benavides, G.A. / Pohida, K. / Kuenstner, E.J. / Luci, D.K. / Lukacs, C.M. / Davies, D.R. / Dranow, D.M. / Zhu, H. / Sulikowski, G. / Moore, W.J. / Stott, G.M. / Flint, A.J. / Hall, M.D. / Darley-Usmar, V.M. / Neckers, L.M. / Dang, C.V. / Waterson, A.G. / Simeonov, A. / Jadhav, A. / Maloney, D.J.
履歴
登録2017年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase A chain
B: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
D: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,88830
ポリマ－146,9394
非ポリマー5,94926
水20,0331112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31400 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area39480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.760, 81.080, 120.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59


分子量: 36734.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 1138分子

#2: 化合物 ChemComp-9Y7 / 2-{3-(3,4-difluorophenyl)-5-hydroxy-4-[(4-sulfamoylphenyl)methyl]-1H-pyrazol-1-yl}-1,3-thiazole-4-carboxylic acid


分子量: 492.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14F2N4O5S2
#3: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8
詳細: 24% PEG 3350, 200 mM Sodium Malonate, pH 6.8, 10% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→107.18 Å / Num. obs: 188569 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 15.65
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: proprietary structure of the same target

解像度: 1.6→107.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.658 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.067
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.161 9476 5 %RANDOM
Rwork0.138 ---
obs0.139 188569 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.78 Å2 / Biso mean: 17.56 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å2-0 Å2-0.11 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→107.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9941 0 394 1112 11447
Biso mean--20.96 30.19 -
残基数----1313
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 695 -
Rwork0.238 13200 -
all-13895 -
obs--99.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0486-0.04240.02710.44690.27710.4771-0.00180.03730.0118-0.0366-0.0021-0.0373-0.05840.04850.00390.0391-0.01090.00120.04860.00470.048447.68591.994624.0501
20.4652-0.0042-0.00150.21690.02610.293-0.0201-0.03990.04580.02830.0148-0.0089-0.09310.00690.00530.07350.0015-0.00270.0247-0.00620.033534.783219.865538.4792
311.97531.2433-3.48192.17510.73422.50710.0704-0.26960.24320.1091-0.0415-0.0489-0.21860.0683-0.02880.13820.0005-0.02240.0123-0.0140.028139.034934.529344.8335
41.85190.4209-0.36353.93172.30523.2867-0.0357-0.1824-0.16420.4733-0.01250.18940.30230.06820.04820.08330.02550.02770.12840.01050.04267.91266.521252.005
50.3787-0.25130.17380.6799-0.15890.362-0.0013-0.0506-0.00580.04190.02250.0107-0.0114-0.0405-0.02120.0431-0.00220.00210.04610.00080.021137.5518-8.131947.7938
60.2203-0.014600.17210.08660.53050.005-0.0083-0.050.0050.004-0.02480.06120.0522-0.0090.04110.0021-0.00320.0383-0.00180.047346.502-20.372131.3348
71.5772-1.1676-1.97172.47651.6585.21-0.1047-0.0214-0.21150.253-0.02360.18640.3966-0.090.12830.0789-0.0363-0.01180.02560.01430.084531.8663-33.319726.3497
80.30210.05440.05040.22750.13680.3069-0.0036-0.04070.0007-0.00270.00440.0493-0.0151-0.0905-0.00070.01830.0140.00030.06350.01410.04455.07781.838829.2338
90.1748-0.1560.03590.2496-0.03940.25220.01750.0499-0.0184-0.0428-0.01330.02480.00210-0.00420.0389-0.0037-0.00210.05390.00120.042128.0004-5.65475.1336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2A72 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3A310 - 331
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 15
5X-RAY DIFFRACTION5B16 - 125
6X-RAY DIFFRACTION6B126 - 330
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 17
8X-RAY DIFFRACTION8C18 - 331
9X-RAY DIFFRACTION9D1 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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