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万見
- PDB-5w82: Crystal structure of Orsay virus delta protein N-terminal fragmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w82
タイトルCrystal structure of Orsay virus delta protein N-terminal fragment (aa 1-101)
要素Protein delta
キーワードVIRAL PROTEIN / pentameric alpha and beta barrel
機能・相同性Protein delta
機能・相同性情報
生物種Orsay virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Guo, Y.R. / Tao, Y.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI122356 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: To be published
著者: Guo, Y.R. / Tao, Y.J.
履歴
登録2017年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Protein delta
B: Protein delta
D: Protein delta
E: Protein delta
A: Protein delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3265
ポリマ－58,3265
非ポリマー00
水9,944552
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34660 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.746, 58.220, 163.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Protein delta


分子量: 11665.256 Da / 分子数: 5 / 断片: N-terminal 1 to 101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Orsay virus (ウイルス) / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: E9KNV6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 % / Mosaicity: 0.426 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 25% (w/w) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月11日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 49567 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 0.842 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 196759
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Num. unique all: 2333 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.798 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2152精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JIE

5jie


解像度: 1.8→46.03 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 2402 4.85 %
Rwork0.186 47111 -
obs0.188 49513 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.77 Å2 / Biso mean: 27.13 Å2 / Biso min: 10.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→46.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3987 0 0 552 4539
Biso mean---38.69 -
残基数----504
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7979-1.83460.32911380.28242533267193
1.8346-1.87450.27631200.25612745286597
1.8745-1.91810.28271500.23032726287699
1.9181-1.96610.24681520.20962728288099
1.9661-2.01930.25751330.20122788292199
2.0193-2.07870.23111170.189328032920100
2.0787-2.14580.25621540.184727632917100
2.1458-2.22250.22131470.177627622909100
2.2225-2.31140.23031310.173728062937100
2.3114-2.41660.23641440.172528002944100
2.4166-2.5440.23881800.185327592939100
2.544-2.70340.21961410.182227782919100
2.7034-2.91210.22161470.1782825297299
2.9121-3.20510.19161350.16192804293999
3.2051-3.66870.19281110.16812847295898
3.6687-4.62150.18591540.15952797295197
4.6215-46.04830.25811480.21842847299594
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.1196 Å / Origin y: 19.6859 Å / Origin z: 107.5558 Å
111213212223313233
T0.1365 Å2-0.0016 Å20.0025 Å2-0.1041 Å20.0003 Å2--0.1627 Å2
L0.1749 °20.0373 °20.0654 °2-0.1014 °2-0.0259 °2--1.6961 °2
S0.0029 Å °0.0348 Å °0.0057 Å °-0.0147 Å °0.0178 Å °-0.0016 Å °0.0044 Å °0.026 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLC1 - 101
2X-RAY DIFFRACTION1ALLC201 - 297
3X-RAY DIFFRACTION1ALLB1 - 101
4X-RAY DIFFRACTION1ALLB201 - 318
5X-RAY DIFFRACTION1ALLD1 - 101
6X-RAY DIFFRACTION1ALLD201 - 311
7X-RAY DIFFRACTION1ALLE1 - 101
8X-RAY DIFFRACTION1ALLE201 - 323
9X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 100
10X-RAY DIFFRACTION1ALLA201 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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