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万見
- PDB-5w7g: An envelope of a filamentous hyperthermophilic virus carries lipi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w7g
タイトルAn envelope of a filamentous hyperthermophilic virus carries lipids in a horseshoe conformation
要素
  • DNA (253-MER)
  • ORF132
  • ORF140
キーワードVIRUS / AFV1 / hyperthermophile / filamentous virus / A-form DNA
機能・相同性Filamentous archaeal viruses coat protein / helical viral capsid / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Major capsid protein 1 / Major capsid protein 2
機能・相同性情報
生物種Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Kasson, P. / DiMaio, F. / Yu, X. / Lucas-Staat, S. / Krupovic, M. / Schouten, S. / Prangishvili, D. / Egelman, E.
資金援助 米国, フランス, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM035269 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098304 米国
French National Research AgencyANR-13-BSV3-0017-01 フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Model for a novel membrane envelope in a filamentous hyperthermophilic virus.
著者: Peter Kasson / Frank DiMaio / Xiong Yu / Soizick Lucas-Staat / Mart Krupovic / Stefan Schouten / David Prangishvili / Edward H Egelman /
要旨: Biological membranes create compartments, and are usually formed by lipid bilayers. However, in hyperthermophilic archaea that live optimally at temperatures above 80°C the membranes are monolayers ...Biological membranes create compartments, and are usually formed by lipid bilayers. However, in hyperthermophilic archaea that live optimally at temperatures above 80°C the membranes are monolayers which resemble fused bilayers. Many double-stranded DNA viruses which parasitize such hosts, including the filamentous virus AFV1 of , are enveloped with a lipid-containing membrane. Using cryo-EM, we show that the membrane in AFV1 is a ~2 nm-thick monolayer, approximately half the expected membrane thickness, formed by host membrane-derived lipids which adopt a U-shaped 'horseshoe' conformation. We hypothesize that this unusual viral envelope structure results from the extreme curvature of the viral capsid, as 'horseshoe' lipid conformations favor such curvature and host membrane lipids that permit horseshoe conformations are selectively recruited into the viral envelope. The unusual envelope found in AFV1 also has many implications for biotechnology, since this membrane can survive the most aggressive conditions involving extremes of temperature and pH.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年10月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8780
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8780
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF140
B: ORF132
C: ORF140
D: ORF132
E: ORF140
F: ORF132
G: ORF140
H: ORF132
I: ORF140
J: ORF132
K: ORF140
L: ORF132
M: ORF140
N: ORF132
O: ORF140
P: ORF132
Q: ORF140
R: ORF132
S: ORF140
T: ORF132
U: ORF140
V: ORF132
W: ORF140
X: ORF132
Y: ORF140
Z: ORF132
a: ORF140
b: ORF132
c: ORF140
d: ORF132
e: ORF140
f: ORF132
g: ORF140
h: ORF132
i: ORF140
j: ORF132
k: ORF140
l: ORF132
m: ORF140
n: ORF132
o: ORF140
p: ORF132
q: DNA (253-MER)
r: DNA (253-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)803,34544
ポリマ－803,34544
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area247160 Å2
ΔGint-1451 kcal/mol
Surface area213380 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 30 / Rise per n subunits: 4.6 Å / Rotation per n subunits: 38.7 °)

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要素

#1: タンパク質 ...
ORF140


分子量: 15832.856 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q70LC6
#2: タンパク質 ...
ORF132


分子量: 15017.159 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q70LC7
#3: DNA鎖 DNA (253-MER)


分子量: 77747.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Acidianus filamentous virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Rosettaモデルフィッティング
9Rosettaモデル精密化
13SPIDER３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 38.7 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.6 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 119495 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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