PDB-5w7e: Murine acyloxyacyl hydrolase (AOAH), S262A mutant, with dimyristo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w7e

タイトル

Murine acyloxyacyl hydrolase (AOAH), S262A mutant, with dimyristoyl phosphatidylcholine

要素

Acyloxyacyl hydrolase

キーワード

HYDROLASE / lipopolysaccharide / LPS / GDSL esterase / saposin

機能・相同性

機能・相同性情報

lipopolysaccharide catabolic process / acyloxyacyl hydrolase / acyloxyacyl hydrolase activity / lipopolysaccharide metabolic process / fatty acid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / cytoplasmic vesicle / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the mammalian lipopolysaccharide detoxifier.
著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.

履歴

登録	2017年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w7e.cif.gz	633 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w7e.ent.gz	533.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w7e_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w7e_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	5w7e_validation.xml.gz	48.7 KB	表示
CIF形式データ	5w7e_validation.cif.gz	73 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/5w7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/5w7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w78C 5w7aC 5w7bC 5w7cC 5w7dC 5w7fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cng-d 5w7f-1 1n4s-2 5w7c-1 5w7c-2 5w7b-2 5w7b-1 6p5m-3 6p4x-4 4gf8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyloxyacyl hydrolase

B: Acyloxyacyl hydrolase

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyloxyacyl hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acyloxyacyl hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.425, 85.373, 93.398
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Acyloxyacyl hydrolase

分子量: 64034.176 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-574 / 変異: S262A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aoah
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O35298, acyloxyacyl hydrolase

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-FAW / (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl ditetradecanoate / 1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-ル

分子量: 512.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₆₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1 mM Triton X-100, 2 mM dimyristoyl phosphatidylcholine; 100 mM sodium MES pH 6, 15% PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 106148 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 19.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.83→40.073 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	2616	2.06 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.1578	126969	58.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→40.073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8370	0	134	929	9433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893	12193
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.959	5458
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1323
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1577

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.8633	0.2411	33	0.2389	1570	X-RAY DIFFRACTION	14
1.8633-1.8991	0.2517	45	0.2326	2108	X-RAY DIFFRACTION	19
1.8991-1.9379	0.2667	60	0.2313	2892	X-RAY DIFFRACTION	26
1.9379-1.98	0.2474	75	0.2249	3557	X-RAY DIFFRACTION	32
1.98-2.0261	0.2271	91	0.2168	4331	X-RAY DIFFRACTION	39
2.0261-2.0768	0.2706	106	0.2054	5086	X-RAY DIFFRACTION	46
2.0768-2.1329	0.2668	116	0.2	5527	X-RAY DIFFRACTION	50
2.1329-2.1957	0.2072	118	0.1859	5625	X-RAY DIFFRACTION	51
2.1957-2.2665	0.2029	119	0.1785	5672	X-RAY DIFFRACTION	51
2.2665-2.3475	0.197	118	0.173	5707	X-RAY DIFFRACTION	52
2.3475-2.4415	0.1683	131	0.1618	6224	X-RAY DIFFRACTION	56
2.4415-2.5526	0.1864	154	0.1528	7051	X-RAY DIFFRACTION	64
2.5526-2.6872	0.2075	168	0.1542	8154	X-RAY DIFFRACTION	73
2.6872-2.8555	0.2032	197	0.1545	9263	X-RAY DIFFRACTION	83
2.8555-3.0759	0.1761	215	0.1543	10154	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0759-3.3853	0.2008	216	0.1469	10316	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3853-3.8748	0.1661	211	0.1382	10222	X-RAY DIFFRACTION	92
3.8748-4.8805	0.1861	215	0.1267	10202	X-RAY DIFFRACTION	92
4.8805-40.0823	0.2126	228	0.1621	10692	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1442	0.0555	0.0016	0.0921	0.0196	0.0801	-0.0356	0.2694	0.1517	-0.1614	0.0473	0.1084	-0.0479	-0.0635	0.0135	0.1837	0.0238	-0.067	0.2033	0.0114	0.1709	-7.503	5.9763	-54.8256
2	-0.0022	-0.0018	-0.0011	0.0477	-0.013	0.0233	-0.1279	0.1393	0.1382	-0.0084	0.0349	-0.1229	-0.0639	0.0132	0	0.3831	-0.0197	-0.0404	0.3719	0.0614	0.347	-12.401	15.6381	-47.4477
3	0.3165	-0.3064	0.3021	0.8351	0.0846	0.714	-0.1588	-0.2465	-0.2332	0.2165	0.0005	0.7438	-0.0243	-0.48	-0.5548	-0.1168	0.0918	0.0913	0.143	0.0141	0.1915	-22.5287	-4.1383	-20.6588
4	0.0301	0.0712	0.0862	0.2062	0.2362	0.2853	-0.0793	-0.0495	-0.1302	0.0405	-0.0447	0.1799	0.0174	-0.1087	-0.1708	0.0606	0.021	0.0303	0.0932	0.0259	0.1375	-12.9939	-8.1171	-20.6435
5	0.5293	-0.0635	-0.1692	0.4007	-0.0948	0.3452	-0.0406	-0.1575	-0.1922	0.1512	-0.1157	-0.0896	-0.0907	0.068	-0.5669	0.1231	0.0133	-0.0239	0.0623	0.0241	0.0078	-1.0534	2.3919	-20.8268
6	0.089	-0.1172	-0.0456	0.179	0.0439	0.2005	0.0083	-0.1459	0.0397	0.189	0.0335	-0.1762	0.0735	0.2124	0.099	0.1281	-0.0445	-0.1284	0.1913	0.0477	0.0656	-45.55	9.0196	-40.8035
7	0.0933	0.0521	0.0345	0.3401	-0.1365	0.1012	-0.052	-0.0319	0.062	0.1759	-0.0509	-0.0767	-0.1552	0.0917	-0.2655	0.1244	-0.0717	-0.0618	0.1611	0.0324	0.2036	-43.6047	15.2436	-53.5727
8	0.6198	0.5497	0.1885	1.0188	-0.386	0.8515	-0.1984	0.2141	-0.4547	-0.255	-0.0096	-0.7699	0.2507	0.4682	-0.8848	-0.2014	0.1183	0.1224	0.0325	0.1172	0.2156	-32.5966	-9.6891	-70.0031
9	0.6327	0.1439	-0.2606	0.4446	-0.0032	0.609	-0.1383	0.154	-0.2802	-0.22	-0.1136	-0.0058	0.0358	-0.0368	-1.2162	0.1154	-0.027	0.0229	0.0321	0.0234	0.023	-49.4709	-1.6753	-74.7528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 35 through 128 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 129 through 177 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 178 through 292 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 293 through 337 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 338 through 574 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 35 through 99 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 100 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 325 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 326 through 574 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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