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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w56 | ||||||
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タイトル | Structure of Apo AztC | ||||||
要素 | Periplasmic solute binding protein | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Solute binding protein / Zinc / ABC Transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Paracoccus denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Avalos, D. / Yukl, E.T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: Mechanisms of zinc binding to the solute-binding protein AztC and transfer from the metallochaperone AztD. 著者: Neupane, D.P. / Avalos, D. / Fullam, S. / Roychowdhury, H. / Yukl, E.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w56.cif.gz | 216.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w56.ent.gz | 171.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w56.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5w56_validation.pdf.gz | 452.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5w56_full_validation.pdf.gz | 461.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5w56_validation.xml.gz | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5w56_validation.cif.gz | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w56 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29841.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) (バクテリア) 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_1597 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1B2F3 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.96 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: Sodium formate 4.0-4.5 M, Bis-tris propane 0.1 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00001 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月20日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→45.83 Å / Num. obs: 47607 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3532 / CC1/2: 0.805 / Rpim(I) all: 0.34 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4XRV 4xrv 解像度: 2.03→45.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 7.255 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.757 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.03→45.83 Å
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拘束条件 |
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