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万見
- PDB-5w2m: APOBEC3F Catalytic Domain Complex with a Single-Stranded DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w2m
タイトルAPOBEC3F Catalytic Domain Complex with a Single-Stranded DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
キーワードDNA BINDING PROTEIN / APOBEC
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity / transposable element silencing ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of defense response to virus by host / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like N-terminal domain / Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Fang, Y. / Xiao, X. / Li, S.-X. / Wolfe, A. / Chen, X.S.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Molecular Interactions of a DNA Modifying Enzyme APOBEC3F Catalytic Domain with a Single-Stranded DNA.
著者: Fang, Y. / Xiao, X. / Li, S.X. / Wolfe, A. / Chen, X.S.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
C: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
D: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
J: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
K: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
L: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
M: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
N: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,39914
ポリマ－183,13710
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15700 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area74500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.194, 108.489, 108.549
Angle α, β, γ (deg.)79.600, 71.800, 71.750
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F / Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide-like 3F / A3F


分子量: 22142.910 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IUX4, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2996.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M HEPES, pH 7.0, 0.1 M Potassium chloride, 0.005 M Magnesium Sulfate, 15%(v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 29144 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 4.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2666 2866 9.6 %
Rwork0.2498 25887 -
obs-28753 96.4 %
溶媒の処理Bsol: 32.0874 Å2
原子変位パラメータBiso max: 225.46 Å2 / Biso mean: 107.8855 Å2 / Biso min: 71.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.273 Å2-4.636 Å21.885 Å2
2---5.957 Å23.075 Å2
3----13.316 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12520 402 4 0 12926
Biso mean--223.62 --
残基数----1492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.102
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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