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- PDB-5w2e: HCV NS5B RNA-dependent RNA polymerase in complex with non-nucleos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w2e
タイトルHCV NS5B RNA-dependent RNA polymerase in complex with non-nucleoside inhibitor MK-8876
要素Genome polyprotein
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / antiviral inhibitor / HCV / polymerase / VIRAL PROTEIN / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9VY / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus genotype 1b
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lesburg, C.A. / Ummat, A.
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2017
タイトル: Development of a New Structural Class of Broadly Acting HCV Non-Nucleoside Inhibitors Leading to the Discovery of MK-8876.
著者: McComas, C.C. / Palani, A. / Chang, W. / Holloway, M.K. / Lesburg, C.A. / Li, P. / Liverton, N. / Meinke, P.T. / Olsen, D.B. / Peng, X. / Soll, R.M. / Ummat, A. / Wu, J. / Wu, J. / Zorn, N. / Ludmerer, S.W.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,3684
ポリマ－128,1392
非ポリマー1,2292
水4,666259
1
A: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6842
ポリマ－64,0691
非ポリマー6151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6842
ポリマ－64,0691
非ポリマー6151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.092, 106.418, 126.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 64069.387 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-570 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus genotype 1b (isolate BK) (C型肝炎ウイルス)
株: isolate BK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P26663, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA ...参照: UniProt: P26663, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-9VY / 2-(4-fluorophenyl)-5-(11-fluoro-6H-pyrido[2',3':5,6][1,3]oxazino[3,4-a]indol-2-yl)-N-methyl-6-[methyl(methylsulfonyl)amino]-1-benzofuran-3-carboxamide


分子量: 614.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H24F2N4O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 14.0 w/v polyethylene glycol 4000 0.1 M MES pH 5.8 5mM DTT 10.0 w/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→34.15 Å / Num. obs: 29250 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 58.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Num. unique obs: 4208 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1c2p

1c2p


解像度: 2.8→34.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.37
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1480 5.07 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.184 29173 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9025 Å20 Å20 Å2
2---10.0828 Å20 Å2
3---7.1802 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→34.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8698 0 88 259 9045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019047HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1412333HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3089SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes174HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1442HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9047HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.48
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1177SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10630SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3045 148 5.25 %
Rwork0.1961 2672 -
all0.2016 2820 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00710.45390.21160.54550.06040.71410.0167-0.10670.0237-0.0791-0.03390.11590.0644-0.05030.0172-0.0999-0.0810.01360.0153-0.0381-0.0282-29.7776-13.89916.0383
20.88230.06290.14431.04770.49781.47760.05310.0150.095-0.0111-0.03930.0167-0.0029-0.0809-0.0137-0.10620.0197-0.02240.0393-0.0147-0.1682-10.8215-1.818927.4511
300.4131-1.07430.51960.59020.89970.03690.0441-0.04570.0207-0.0252-0.06120.1480.0329-0.01170.04860.1062-0.0871-0.0058-0.0241-0.06871.4581-21.237723.2705
42.9103-0.94040.29161.31630.06453.95650.00680.0763-0.010.10040.04010.0170.15890.2065-0.0469-0.11220.0799-0.05050.0286-0.0211-0.1761-13.239-9.3765-0.1833
52.1707-0.246-1.01891.65990.44161.4950.02390.2538-0.0283-0.177-0.0314-0.0241-0.04990.09480.0075-0.10730.055-0.02810.16810.076-0.1639-10.4931-2.0155-5.7017
61.3635-0.17971.65470.0595-0.50710.56040.00870.0401-0.03270.0066-0.01810.0869-0.0305-0.03560.0093-0.06530.0225-0.00780.0023-0.0338-0.027513.31313.96157.6168
71.3078-0.0362-0.11561.28860.48981.48060.07010.0597-0.07090.0073-0.00140.086-0.02750.011-0.0688-0.09950.00160.0138-0.00780.0022-0.182132.06821.9164-3.93
80-0.93390.75271.59692.31262.68920.0337-0.08840.0761-0.03670.0062-0.0767-0.1550.0433-0.03990.0767-0.12080.1052-0.032-0.0369-0.087744.091821.48470.0393
93.74730.39110.75231.1838-0.37623.9458-0.0258-0.10260.0032-0.15520.08870.0679-0.1380.264-0.0629-0.1142-0.06270.08780.0565-0.0966-0.197329.96949.507523.727
101.48890.46830.89921.2634-0.15171.89810.0229-0.26810.03130.13860.014-0.02640.01870.09-0.0369-0.1075-0.04480.04810.24550.0049-0.182132.91011.734728.9835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - 47 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|48 - 292 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|293 - 368 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|369 - 497 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|498 - 564 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|1 - 47 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|48 - 292 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|293 - 368 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|369 - 497 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|498 - 564 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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