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- PDB-5w23: Crystal Structure of RSV F in complex with 5C4 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w23
タイトルCrystal Structure of RSV F in complex with 5C4 Fab
要素
  • 5C4 Fab heavy chain
  • 5C4 Fab light chain
  • Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / RSV / Complex / Fab / Antibody / Neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
Model detailsThe fusion inhibitor JNJ-2408068 has an occupancy of 0.33 in the asymmetric unit
データ登録者Battles, M.B. / McLellan, J.S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis of respiratory syncytial virus subtype-dependent neutralization by an antibody targeting the fusion glycoprotein.
著者: Tian, D. / Battles, M.B. / Moin, S.M. / Chen, M. / Modjarrad, K. / Kumar, A. / Kanekiyo, M. / Graepel, K.W. / Taher, N.M. / Hotard, A.L. / Moore, M.L. / Zhao, M. / Zheng, Z.Z. / Xia, N.S. / ...著者: Tian, D. / Battles, M.B. / Moin, S.M. / Chen, M. / Modjarrad, K. / Kumar, A. / Kanekiyo, M. / Graepel, K.W. / Taher, N.M. / Hotard, A.L. / Moore, M.L. / Zhao, M. / Zheng, Z.Z. / Xia, N.S. / McLellan, J.S. / Graham, B.S.
履歴
登録2017年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
H: 5C4 Fab heavy chain
L: 5C4 Fab light chain
I: 5C4 Fab heavy chain
M: 5C4 Fab light chain
J: 5C4 Fab heavy chain
N: 5C4 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,08617
ポリマ－349,5639
非ポリマー5238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.360, 183.360, 275.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and resid 27 through 510)
31(chain C and resid 27 through 510)
12chain H
22chain I
32chain J
13(chain L and resid 1 through 211)
23chain M
33chain N

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNASPASPchain AAA27 - 51027 - 510
21ASNASNASPASP(chain B and resid 27 through 510)BB27 - 51027 - 510
31ASNASNASPASP(chain C and resid 27 through 510)CC27 - 51027 - 510
12VALVALARGARGchain HHD2 - 21325 - 247
22VALVALARGARGchain IIF2 - 21325 - 247
32VALVALARGARGchain JJH2 - 21325 - 247
13ASPASPARGARG(chain L and resid 1 through 211)LE1 - 21124 - 238
23ASPASPARGARGchain MMG1 - 21124 - 238
33ASPASPARGARGchain NNI1 - 21124 - 238

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Protein F


分子量: 63112.094 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-513 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
株: A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
#2: 抗体 5C4 Fab heavy chain


分子量: 26678.139 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 5C4 Fab light chain


分子量: 26730.689 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Seed stock: 0.01 M zinc sulfate heptahydrate, 0.1 M MES hydrate pH 6.5, 22.5% v/v PEG MME 550 and 0.5% w/v polyvinylpyrrolidone K15 Reservoir solution: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS ...詳細: Seed stock: 0.01 M zinc sulfate heptahydrate, 0.1 M MES hydrate pH 6.5, 22.5% v/v PEG MME 550 and 0.5% w/v polyvinylpyrrolidone K15 Reservoir solution: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→34.06 Å / Num. obs: 64552 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 64.99 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.38 / Rpim(I) all: 0.14 / Rrim(I) all: 0.406 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 470679 / Scaling rejects: 168
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.4-3.487.21.5960.4620.5851.70799.2
15.58-34.065.80.0730.9920.0330.08187.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C69, 4MMS

5c69

4mms


解像度: 3.4→34.06 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 3270 5.08 %
Rwork0.1978 --
obs0.1999 64427 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 175.38 Å2 / Biso mean: 63.2723 Å2 / Biso min: 20.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→34.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20304 0 8 0 20312
Biso mean--106.06 --
残基数----2646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00720724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05328203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.71712594
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6341X-RAY DIFFRACTION9.885TORSIONAL
12B6341X-RAY DIFFRACTION9.885TORSIONAL
13C6341X-RAY DIFFRACTION9.885TORSIONAL
21H2994X-RAY DIFFRACTION9.885TORSIONAL
22I2994X-RAY DIFFRACTION9.885TORSIONAL
23J2994X-RAY DIFFRACTION9.885TORSIONAL
31L3073X-RAY DIFFRACTION9.885TORSIONAL
32M3073X-RAY DIFFRACTION9.885TORSIONAL
33N3073X-RAY DIFFRACTION9.885TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.45070.37911350.32552638277398
3.4507-3.50460.31191430.29132597274099
3.5046-3.5620.33671330.27092625275899
3.562-3.62340.31931310.26582637276899
3.6234-3.68920.28411730.24572606277999
3.6892-3.76010.28981410.24962636277799
3.7601-3.83670.30691370.244226432780100
3.8367-3.920.29291440.242926362780100
3.92-4.01110.25361250.2332654277999
4.0111-4.11120.28021290.205726682797100
4.1112-4.22220.23521290.19222660278999
4.2222-4.34620.17961450.17142651279699
4.3462-4.48620.18161280.16492674280299
4.4862-4.64610.20051500.15432626277699
4.6461-4.83160.19181480.15412667281599
4.8316-5.05090.21341660.15282638280499
5.0509-5.31620.2121590.16432640279999
5.3162-5.64790.2341410.18172670281199
5.6479-6.08170.23491450.19162672281799
6.0817-6.68960.24361560.19492673282998
6.6896-7.6480.23351330.192707284098
7.648-9.59980.21111420.15362713285598
9.5998-34.06540.18381370.17442826296396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8906-0.11580.6241.8066-0.68812.33180.2787-0.284-0.50250.0088-0.4195-0.30930.40990.27340.13490.3304-0.13040.03330.42690.16190.462105.47791.5002298.6748
21.88540.51740.25391.23980.06211.57230.1355-0.52470.08290.2409-0.3308-0.2495-0.18340.25480.16450.4068-0.16740.02990.58790.10280.3359111.109522.0861303.0372
31.23280.64450.15721.22480.12811.07540.3223-0.6481-0.07510.4227-0.3802-0.1592-0.08110.24840.05950.5551-0.38120.03160.82940.04130.406697.126611.8402316.0706
43.9835-0.99123.22043.32860.26043.2279-0.32550.97090.4155-0.62890.1975-0.4559-0.08490.47270.14841.049-0.4987-0.1180.80080.06110.631350.078-33.5473252.0998
51.41071.09080.77532.10140.91640.872-0.35030.3510.3189-0.51690.25020.4378-0.0673-0.0720.03031.1838-0.6031-0.53070.4261-0.0390.646934.0501-33.3745254.5793
66.74261.99130.17244.08730.77014.61310.19810.199-1.11470.18210.17140.52890.935-0.2527-0.37830.56270.0577-0.13080.27220.00290.670425.918947.3292321.7495
75.0917-1.2292-2.1212.26750.50885.17150.13220.2733-0.2563-0.0637-0.09820.3595-0.0595-0.461-0.10420.19980.003-0.07690.3726-0.02410.458819.552861.162316.1749
88.2101-3.12371.92237.8528-2.53194.9544-0.2817-0.40871.03930.2384-0.3236-0.51-1.40.3730.5071.0117-0.041-0.12970.46880.06650.562486.937265.7838234.2773
93.84020.76590.26054.1795-1.53565.3749-0.28390.40870.2948-0.2462-0.0271-0.5749-1.25730.23720.24930.7930.06830.00120.37970.08780.602681.707161.349219.6518
102.4694-0.45510.9432.4591-1.2492.91230.2376-0.17170.1307-0.1737-0.34240.0342-0.0195-0.02830.09080.2602-0.14450.06890.2799-0.12780.175396.763315.7605286.8987
113.04040.29170.67391.096-0.29941.68180.1406-0.70120.26250.0969-0.35240.3483-0.2594-0.18230.16470.4846-0.12720.10830.4131-0.05270.388291.614626.0835300.5285
121.9660.63830.87971.16360.27612.23940.2282-0.293-0.009-0.0039-0.19330.0754-0.0420.12380.06020.3333-0.25780.21960.5206-0.02910.288985.61979.7718300.2093
133.02610.3586-0.17147.759-1.6214.3953-0.12140.3418-0.1715-0.44110.0587-0.37760.14260.22750.06180.209-0.05910.08120.3583-0.10470.307963.9237-17.1078276.9149
144.42740.0251-1.47213.78021.89985.1507-0.0303-0.3799-0.47390.11990.2017-0.47610.34040.5385-0.13550.41440.2107-0.05860.3886-0.02040.453456.253843.906315.9399
156.90972.026-1.65776.6617-2.16676.8675-0.12020.09440.80110.2317-0.0082-0.4955-0.44160.74890.10750.2564-0.0003-0.10010.3859-0.01730.438597.946943.6802252.7748
164.57851.72182.44523.43811.0555.3743-0.1555-0.06110.6039-0.5506-0.00641.1495-0.2829-0.38620.22170.485-0.1028-0.11870.2793-0.01240.698147.9217-2.8896272.207
176.4596-0.73060.18493.36440.30954.04270.09970.64920.1711-0.5898-0.1909-0.1737-0.09060.03910.08440.53520.10690.08380.3331-0.07410.338450.006450.5536295.9693
184.635-1.04561.05654.2514-1.06485.43040.06760.2017-0.0842-0.04190.00460.14770.1831-0.1369-0.05340.2940.07780.01030.1961-0.04930.329479.237733.9754246.6878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 137 through 510)A137 - 510
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 137 through 512)B137 - 512
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 137 through 512)C137 - 512
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'H' and resid 113 through 213)H113 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'L' and resid 109 through 212)L109 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'I' and resid 113 through 213)I113 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'M' and resid 109 through 211)M109 - 211
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'J' and resid 113 through 213)J113 - 213
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'N' and resid 109 through 211)N109 - 211
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'A' and resid 27 through 98)A27 - 98
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'B' and resid 27 through 98)B27 - 98
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'C' and resid 26 through 98)C26 - 98
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'H' and resid 2 through 112)H2 - 112
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'I' and resid 2 through 112)I2 - 112
15X-RAY DIFFRACTION15(chain 'J' and resid 2 through 112)J2 - 112
16X-RAY DIFFRACTION16(chain 'L' and resid 1 through 108)L1 - 108
17X-RAY DIFFRACTION17(chain 'M' and resid 1 through 108)M1 - 108
18X-RAY DIFFRACTION18(chain 'N' and resid 1 through 108)N1 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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