PDB-5w1o: Crystal Structure of HPV16 L1 Pentamer Bound to Heparin Oligosacc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w1o

タイトル

Crystal Structure of HPV16 L1 Pentamer Bound to Heparin Oligosaccharides

要素

Major capsid protein L1

キーワード

VIRAL PROTEIN / human papillomavirus / jelly roll / capsid protein / receptor HSPG / virus capsid

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Dasgupta, J. / Chen, X.S.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of oligosaccharide receptor recognition by human papillomavirus.
著者: Dasgupta, J. / Bienkowska-Haba, M. / Ortega, M.E. / Patel, H.D. / Bodevin, S. / Spillmann, D. / Bishop, B. / Sapp, M. / Chen, X.S.

履歴

登録	2017年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2017年10月18日	ID: 3OAE
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w1o.cif.gz	839.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w1o.ent.gz	706.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5w1o_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w1o_full_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示
XML形式データ	5w1o_validation.xml.gz	79.4 KB	表示
CIF形式データ	5w1o_validation.cif.gz	106.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5w1xC 2r5hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j6r-1 2r5h-2 5w1x-2 2r5j-1 2r5k-d 6igf-1 2r5j-2 2r5i-2 2r5i-3 5w1x-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (7) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

ヘテロ分子

244 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.620, 101.252, 128.182
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Major capsid protein L1 / Late major capsid protein L1

分子量: 47549.547 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human papillomavirus (パピローマウイルス)
遺伝子: L1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81007

#2: 多糖

2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 500.408 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ad122h-1a_1-5_6OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2OSO/3=O/3=O]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1465.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,6,5/[ad122h-1a_1-5_6OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG400, 0.1 M MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月4日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.797→47.426 Å / Num. obs: 60092 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 14.28
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / R_merge(I) obs: 0.353

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R5H

2r5h

解像度: 2.8→47.43 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	3025	5.04 %
R_work	0.224	-	-
obs	0.226	60060	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16687	0	390	147	17224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	17573
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.469	23950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.616	6320
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	2634
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3069

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7971-2.8408	0.3857	116	0.314	2086	X-RAY DIFFRACTION	79
2.8408-2.8874	0.3875	120	0.3022	2419	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8874-2.9372	0.3684	137	0.29	2516	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9372-2.9906	0.3664	126	0.2857	2609	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9906-3.0481	0.3097	151	0.2735	2581	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0481-3.1103	0.333	137	0.2731	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1103-3.1779	0.3093	133	0.269	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1779-3.2518	0.3333	124	0.2658	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2518-3.3331	0.3662	162	0.2649	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3331-3.4232	0.3119	127	0.2321	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4232-3.5239	0.278	137	0.2299	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5239-3.6376	0.2943	144	0.2349	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6376-3.7676	0.2685	143	0.2139	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7676-3.9184	0.2592	139	0.2197	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9184-4.0966	0.2626	144	0.2107	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0966-4.3124	0.2181	144	0.1873	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3124-4.5824	0.2176	127	0.1803	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5824-4.9359	0.1992	121	0.1658	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9359-5.432	0.2151	143	0.1795	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
5.432-6.2165	0.286	143	0.2183	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2165-7.8264	0.2451	166	0.2306	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
7.8264-47.4327	0.2387	141	0.2256	2689	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3936	-1.4746	1.3532	1.2078	-0.6941	2.5312	-0.0479	-0.4882	-0.7228	0.0363	0.2844	0.4666	0.3435	-0.2431	-0.2172	0.3383	0.0119	0.102	0.2223	0.1601	0.3747	21.7623	-32.8335	50.7836
2	1.4195	-0.3676	0.1017	1.045	0.1505	0.9211	-0.1448	-0.2933	-0.1123	-0.0105	0.2445	0.3707	0.2334	-0.1598	-0.0692	0.2687	-0.0449	0.076	0.245	0.1555	0.3769	10.048	-19.2688	49.9894
3	1.3776	-0.9838	-0.0093	1.042	-0.4539	1.1014	-0.0851	-0.2928	-0.1937	0.0556	0.2095	0.4905	0.1631	-0.1518	-0.0856	0.1923	-0.0178	0.0526	0.2799	0.071	0.4422	8.8827	-14.8239	50.6544
4	2.3959	-0.2266	1.9248	1.1497	0.3333	2.8691	-0.0339	-0.4393	-0.6673	0.0992	0.3765	0.4494	0.47	-0.2625	-0.338	0.4035	0.0056	0.1278	0.2355	0.1615	0.4132	18.9284	-33.5216	50.7087
5	5.8998	2.1202	-2.2281	5.9042	-2.7497	4.4659	0.1664	-0.1499	0.0755	0.0604	-0.0846	0.203	0.3213	0.0822	0.0228	0.2578	0.0657	-0.0242	0.2328	-0.0345	0.1074	39.9396	-31.3847	46.0088
6	3.8982	-0.3555	0.6323	2.0881	-1.0757	1.5001	-0.3019	0.4525	-0.1482	-0.5417	0.2965	0.4368	0.1151	0.4268	-0.1254	0.422	0.1726	0.1728	0.1936	-0.2942	-0.1299	38.162	-22.2969	15.2585
7	1.9165	-0.9881	0.2787	1.458	-0.2573	0.6682	0.2261	0.0689	-0.2129	-0.4618	-0.0594	0.2741	0.1358	0.0886	-0.035	0.4613	-0.0273	-0.0803	0.244	-0.0404	0.167	26.7092	-20.4717	17.2817
8	4.2038	0.5788	0.112	1.8683	0.2572	2.0939	0.1298	0.02	-0.593	-0.4326	0.1438	0.6406	0.5951	-0.0674	-0.0576	0.4695	-0.0108	-0.0961	0.1795	0.007	0.3953	16.8025	-33.8294	24.7513
9	0.6354	-0.6105	-0.1554	0.9229	-0.1003	0.9198	-0.0721	0.1639	-0.2305	-0.0439	0.0628	0.4705	0.2406	-0.1429	0.0151	0.3257	-0.075	-0.0995	0.2386	0.0297	0.4073	11.6108	-22.8405	28.2923
10	1.8191	-3.5711	0.8292	8.3617	-2.0502	0.4931	-0.4478	-0.2775	0.092	0.5928	0.4409	-0.1316	0.0712	0.196	0.0318	0.3003	0.0369	-0.0154	0.4573	-0.0555	0.1335	41.0332	-16.4719	27.199
11	1.447	-0.2718	0.0124	1.0158	0.1733	0.2635	0.0772	0.2569	0.0735	-0.3918	-0.1032	0.2077	0.1602	0.1803	0.0518	0.4817	-0.0323	-0.0265	0.247	-0.0238	0.1812	26.3181	-13.5772	8.7706
12	7.9512	0.3356	1.202	5.1849	-0.1639	5.0933	0.1917	0.9165	-0.5458	-0.947	-0.2629	0.6938	0.1945	0.4035	0.1916	0.6919	0.1835	-0.1652	0.4483	-0.225	0.1254	50.2367	-41.0943	20.5361
13	4.8695	1.3705	-0.3674	4.9498	0.5655	2.1705	0.0936	0.4761	-0.0976	-0.0833	-0.024	-0.137	0.4617	0.5411	-0.0501	0.4713	0.1148	0.055	0.3775	-0.0047	0.1093	45.6033	-18.3323	14.8469
14	5.1013	0.2821	-0.0951	2.0121	0.7285	1.0546	-0.2544	-0.0044	0.4495	-0.2641	0.0511	-0.1646	-0.1594	0.2826	0.1784	0.3809	-0.1135	0.1244	0.2501	0.1164	0.0395	39.0365	16.9251	11.6044
15	5.6127	0.7845	-1.1154	2.7044	-0.5677	0.7939	0.177	0.4065	0.457	-0.187	-0.0418	-0.0144	-0.3794	0.2963	-0.0922	0.559	-0.1621	0.0037	0.3794	0.0154	0.1275	36.4553	20.0884	6.6764
16	1.0724	-0.1766	0.0187	1.7295	-0.0001	1.0115	0.2748	0.0289	-0.095	-0.2195	-0.1217	0.1185	-0.0458	0.1	-0.0908	0.363	-0.004	-0.0285	0.2048	0.0805	0.2035	25.3155	7.8822	13.5195
17	5.0526	1.2999	0.6485	2.5428	-0.3412	0.1519	-0.1372	0.5036	-0.4182	-0.7747	0.1382	0.3237	-0.0197	0.3428	-0.0913	0.5601	-0.0644	-0.1198	0.4141	0.0699	0.1757	26.2594	-2.6681	0.2535
18	0.7282	-0.1936	-0.2053	1.272	-0.0647	0.9723	-0.0484	0.0564	-0.1041	-0.4291	0.0974	0.3304	0.1671	-0.0402	-0.0273	0.4263	-0.0329	-0.1066	0.2403	0.0055	0.2704	19.1433	-4.9128	9.0268
19	1.5811	-0.1474	0.0495	0.6123	0.1236	0.7805	0.1636	0.0447	0.1203	-0.1997	-0.0631	0.0895	-0.1189	0.1418	-0.1035	0.3681	-0.0732	-0.0263	0.284	0.054	0.1811	27.4738	15.8166	16.6563
20	2.2765	0.5706	-1.268	2.7688	1.9786	2.7119	-0.0667	1.2762	0.4443	-1.1558	-0.3436	-0.5962	-0.5029	0.2998	0.3162	0.829	-0.0586	0.2927	0.9555	0.1888	0.5642	58.0408	10.8434	0.1964
21	2.1736	0.8787	0.6814	2.5853	1.7048	6.4059	0.0313	0.2667	0.2644	-0.1814	0.2644	-0.4701	-0.1751	0.5299	-0.1423	0.4778	-0.2013	0.1677	0.4679	0.0564	0.1929	44.2923	21.3477	16.5976
22	5.2785	1.1902	0.6527	1.1931	-0.3406	3.2103	-0.3634	-0.7207	0.3131	0.2188	0.3015	0.1715	-0.9376	0.136	0.0446	0.3325	-0.1133	-0.0332	0.042	-0.1609	0.254	24.987	32.9554	44.8472
23	1.9885	0.6114	0.367	1.6648	0.7857	2.1243	-0.0126	-0.3312	0.364	0.13	0.1733	-0.1555	-0.4939	0.4797	-0.0241	0.3673	-0.1168	0.0241	0.3018	-0.1262	0.299	23.8609	33.6906	44.8604
24	1.0287	0.1766	0.4974	1.1133	0.0977	2.0248	-0.0472	0.0631	0.0803	-0.2576	0.1003	0.2893	-0.2038	0.0288	-0.0724	0.2821	-0.0011	-0.0533	0.1799	0.011	0.2956	13.9878	21.784	22.708
25	7.3868	3.3869	-0.9191	2.6175	-0.627	2.2875	0.1884	0.0879	-0.0176	0.0074	-0.1401	-0.0534	-0.4533	0.4613	0.0374	0.3381	-0.0633	-0.0767	0.2242	-0.0465	0.2923	26.9701	27.7432	41.5658
26	2.8267	0.0563	-0.2985	0.6531	0.3966	1.6693	-0.2436	-0.399	0.5925	-0.1262	0.2797	0.1896	-0.7328	0.1972	-0.0441	0.5531	-0.0787	0.0034	0.187	-0.0239	0.4405	20.2397	34.9981	44.0632
27	3.1656	0.3477	1.3609	3.3836	0.1642	5.5203	-0.0078	-0.4485	0.2898	0.0769	-0.0583	0.0005	-0.6757	0.4765	0.1284	0.1828	-0.1065	0.0459	0.3871	-0.1058	0.3479	29.4287	32.0995	52.161
28	0.6404	0.5047	1.2156	1.8612	0.2855	2.1465	-0.32	-0.373	0.1406	0.0302	0.2992	0.8034	0.154	0.0524	-0.0246	0.1436	0.207	0.2733	0.5172	-0.0878	0.0005	12.969	3.1587	70.584
29	0.0568	0.3907	0.2268	0.9583	0.4724	1.7587	-0.1333	0.03	0.0823	0.0112	0.0955	0.2537	0.0804	0.0587	-0.0092	0.1656	0.0407	0.1017	0.2755	0.0648	0.2705	8.4658	6.2909	54.573
30	-0.0144	-0.0282	0.1698	0.2676	-0.073	1.3084	-0.0753	-0.1794	0.0623	0.0896	0.1964	0.174	-0.1906	-0.1632	-0.1034	0.2047	0.0605	0.0336	0.3479	0.0344	0.3554	7.5776	15.657	52.1168
31	0.6121	-0.3198	-0.3325	0.4966	0.0736	1.5519	-0.1684	-0.2052	-0.3321	0.4002	0.2881	0.5945	0.3559	-0.6239	0.0981	0.2502	-0.1928	0.1362	0.589	0.3462	0.8147	-8.1669	-13.8003	51.4954
32	2.31	1.7522	0.9428	1.8901	0.9289	1.0117	-0.1502	-0.4814	0.2769	0.2268	-0.0603	0.5173	0.0752	-0.1686	0.2371	0.2613	0.1224	0.1189	0.5316	-0.0394	0.3525	14.643	7.7085	73.7231
33	4.2535	-2.6502	-2.015	6.3456	1.5325	8.8644	-0.2859	-0.317	-0.1763	0.1603	-0.0684	-0.0708	0.2122	0.8663	0.3623	0.2756	0.1943	-0.0334	0.5259	-0.022	0.1704	29.1487	-6.8831	71.7811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 20 THROUGH 86 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 87 THROUGH 181 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 182 THROUGH 344 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 345 THROUGH 450 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 451 THROUGH 474 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 20 THROUGH 56 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 57 THROUGH 160 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 161 THROUGH 209 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 210 THROUGH 301 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 302 THROUGH 324 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 325 THROUGH 382 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 383 THROUGH 439 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 440 THROUGH 474 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID 20 THROUGH 56 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 57 THROUGH 86 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'C' AND (RESID 87 THROUGH 160 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID 161 THROUGH 209 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'C' AND (RESID 210 THROUGH 290 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'C' AND (RESID 291 THROUGH 382 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'C' AND (RESID 383 THROUGH 439 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'C' AND (RESID 440 THROUGH 474 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'D' AND (RESID 20 THROUGH 56 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'D' AND (RESID 57 THROUGH 125 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'D' AND (RESID 126 THROUGH 312 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'D' AND (RESID 313 THROUGH 344 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'D' AND (RESID 345 THROUGH 439 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 'D' AND (RESID 440 THROUGH 473 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 'E' AND (RESID 20 THROUGH 86 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'E' AND (RESID 87 THROUGH 160 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'E' AND (RESID 161 THROUGH 335 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN 'E' AND (RESID 336 THROUGH 356 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN 'E' AND (RESID 357 THROUGH 450 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN 'E' AND (RESID 451 THROUGH 473 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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