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- PDB-5w0z: Crystal structure of MBP fused activation-induced cytidine deamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0z
タイトルCrystal structure of MBP fused activation-induced cytidine deaminase (AID)
要素MBP fused activation-induced cytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / Class switch recombination / Cytidine deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins / cytidine deamination / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / isotype switching ...somatic diversification of immunoglobulins / cytidine deamination / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / isotype switching / carbohydrate transmembrane transporter activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / B cell differentiation / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / P-body / mRNA processing / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / defense response to bacterium / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like, N-terminal / APOBEC-like N-terminal domain / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site ...APOBEC-like, N-terminal / APOBEC-like N-terminal domain / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Single-stranded DNA cytosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Qiao, Q. / Wang, L. / Wu, H.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: AID Recognizes Structured DNA for Class Switch Recombination.
著者: Qiao, Q. / Wang, L. / Meng, F.L. / Hwang, J.K. / Alt, F.W. / Wu, H.
履歴
登録2017年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: MBP fused activation-induced cytidine deaminase
A: MBP fused activation-induced cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5674
ポリマ－123,4362
非ポリマー1312
水00
1
A: MBP fused activation-induced cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7832
ポリマ－61,7181
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MBP fused activation-induced cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7832
ポリマ－61,7181
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.680, 167.650, 188.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 1181 / Label seq-ID: 3 - 549

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 MBP fused activation-induced cytidine deaminase


分子量: 61717.914 Da / 分子数: 2
断片: UNP P0AEY0 residues 27-392,UNP Q9GZX7 residues 13-181
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, AICDA, AID
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q9GZX7, single-stranded DNA cytosine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.26 M NaCl, 0.1 M MES pH 6.0, 12% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→188.3 Å / Num. obs: 12574 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.61→3.74 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 11572 / CC1/2: 0.688 / Rpim(I) all: 0.743 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W0R

5w0r


解像度: 3.61→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.855 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / SU B: 60.783 / SU ML: 0.85 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.967 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30693 672 5.1 %RANDOM
Rwork0.2743 ---
obs0.27601 12574 88.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.687 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.61→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8534 0 2 0 8536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.028752
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.94811876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.115318902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02851068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63424.126412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.722151428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2151548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2526.3734296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2526.3724295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1219.5465356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.129.5485357
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8686.5964456
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8686.5974456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4649.796520
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.96151.3619899
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.96151.3679900
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 65678 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 3.61→3.702 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 21 -
Rwork0.348 389 -
obs--39.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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