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- PDB-5vzx: Crystal structure of crenezumab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vzx
タイトルCrystal structure of crenezumab Fab
要素(Crenezumab Fab ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoblobulin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Ultsch, M. / Wang, W.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structure of Crenezumab Complex with Abeta Shows Loss of beta-Hairpin.
著者: Ultsch, M. / Li, B. / Maurer, T. / Mathieu, M. / Adolfsson, O. / Muhs, A. / Pfeifer, A. / Pihlgren, M. / Bainbridge, T.W. / Reichelt, M. / Ernst, J.A. / Eigenbrot, C. / Fuh, G. / Atwal, J.K. ...著者: Ultsch, M. / Li, B. / Maurer, T. / Mathieu, M. / Adolfsson, O. / Muhs, A. / Pfeifer, A. / Pihlgren, M. / Bainbridge, T.W. / Reichelt, M. / Ernst, J.A. / Eigenbrot, C. / Fuh, G. / Atwal, J.K. / Watts, R.J. / Wang, W.
履歴
登録2017年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年8月9日ID: 5KMV
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Crenezumab Fab heavy chain
L: Crenezumab Fab light chain
E: Crenezumab Fab heavy chain
I: Crenezumab Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,04819
ポリマ－94,1254
非ポリマー1,92415
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11530 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area37630 Å2
手法PISA
2
H: Crenezumab Fab heavy chain
L: Crenezumab Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,07210
ポリマ－47,0622
非ポリマー1,0108
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
3
E: Crenezumab Fab heavy chain
I: Crenezumab Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9769
ポリマ－47,0622
非ポリマー9147
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.703, 129.703, 80.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HELI

#1: 抗体 Crenezumab Fab heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 22997.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: 抗体 Crenezumab Fab light chain


分子量: 24064.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0KKI6

-
非ポリマー , 4種, 149分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→37.965 Å / Num. obs: 52355 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 19.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.501→37.965 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 2638 5.09 %
Rwork0.1848 --
obs0.1871 51791 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→37.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6512 0 109 134 6755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0039202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6722426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5007-2.54620.32041410.30392516X-RAY DIFFRACTION95
2.5462-2.59520.3021460.28682615X-RAY DIFFRACTION100
2.5952-2.64810.3561250.28662577X-RAY DIFFRACTION100
2.6481-2.70570.37541420.2892609X-RAY DIFFRACTION99
2.7057-2.76860.31161570.27932629X-RAY DIFFRACTION100
2.7686-2.83780.32091390.25562606X-RAY DIFFRACTION100
2.8378-2.91450.3181420.24462589X-RAY DIFFRACTION100
2.9145-3.00030.26651480.24582629X-RAY DIFFRACTION100
3.0003-3.09710.32391440.23052598X-RAY DIFFRACTION99
3.0971-3.20770.25991360.22862596X-RAY DIFFRACTION99
3.2077-3.33610.25841470.23062583X-RAY DIFFRACTION99
3.3361-3.48780.2361380.20052556X-RAY DIFFRACTION98
3.4878-3.67150.23041360.18912568X-RAY DIFFRACTION98
3.6715-3.90130.23391300.17732568X-RAY DIFFRACTION98
3.9013-4.20220.19461370.15982550X-RAY DIFFRACTION97
4.2022-4.62440.18131400.12912577X-RAY DIFFRACTION98
4.6244-5.29210.18661240.13032585X-RAY DIFFRACTION99
5.2921-6.66160.2141360.15882612X-RAY DIFFRACTION99
6.6616-37.96980.17691300.15922590X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9384-0.0273-0.33430.3909-1.06481.26460.2068-0.0426-0.0190.0878-0.19990.1821-0.0522-0.1588-0.00160.56370.1102-0.02320.34-0.01210.6237-10.711653.791653.0164
22.07541.0214-0.16781.6096-0.60860.9282-0.48450.6235-0.0512-0.51370.39230.05560.1134-0.05370.01040.6655-0.07860.04780.4114-0.03070.250415.550133.37123.3535
32.2406-0.9917-0.09672.01580.05970.33990.15060.11710.2455-0.4125-0.2242-0.2051-0.3685-0.0993-0.03470.70940.00520.03690.2510.11270.57118.821763.154845.0329
41.1629-0.45690.15180.8197-0.53030.7268-0.10190.1610.0907-0.0962-0.0174-0.02140.2280.3713-00.6968-0.0166-0.02220.34840.05010.398520.697140.357762.7911
51.89820.82570.02072.01840.17240.60520.0693-0.1669-0.28190.4551-0.2262-0.23830.4153-0.0233-0.05950.7843-0.0072-0.0350.31470.09730.62518.827311.715855.7413
61.64430.3238-0.42210.7655-0.52820.5466-0.0543-0.1485-0.13350.1613-0.0494-0.0054-0.23150.37380.00310.643-0.00310.02420.28210.0390.337720.671234.5737.9558
70.57230.1042-0.07110.01870.08570.1243-0.02180.0214-0.01480.0164-0.0284-0.00320.0239-0.102300.6189-0.0039-0.00830.42120.00280.47232.112239.477349.7717
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN L AND RESID 1:110 )L1 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN I AND RESID 111:214 )I111 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 1:114 )H1 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 115:215 )H115 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 1:114 )E1 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN E AND RESID 115:215 )E115 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN I AND RESID 301:305 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN E AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:306 )I301 - 305
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN I AND RESID 301:305 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN E AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:306 )H301 - 302
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN I AND RESID 301:305 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN E AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:306 )E301 - 302
10X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN I AND RESID 301:305 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN E AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:306 )L301 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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