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万見
- PDB-5vyd: Crystal structure of phosphodiesterase domain of RhoPDE fusion pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vyd
タイトルCrystal structure of phosphodiesterase domain of RhoPDE fusion protein from the Choanoflagellate Salpingoeca rosetta
要素Phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / PDE / cGMP specific / enzyme / alpha helical / metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / regulation of signal transduction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. ...Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salpingoeca rosetta (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Prem Kumar, R. / Lamarche, L.B. / Oprian, D.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY007965 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Purification and Characterization of RhoPDE, a Retinylidene/Phosphodiesterase Fusion Protein and Potential Optogenetic Tool from the Choanoflagellate Salpingoeca rosetta.
著者: Lamarche, L.B. / Kumar, R.P. / Trieu, M.M. / Devine, E.L. / Cohen-Abeles, L.E. / Theobald, D.L. / Oprian, D.D.
履歴
登録2017年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase
B: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8416
ポリマ－73,6622
非ポリマー1794
水5,188288
1
A: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9213
ポリマ－36,8311
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9213
ポリマ－36,8311
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.649, 96.400, 108.639
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphodiesterase


分子量: 36830.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (strain ATCC 50818 / BSB-021) (真核生物)
株: ATCC 50818 / BSB-021 / 遺伝子: PTSG_02023 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7
参照: UniProt: F2TZN0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% PEG3350, 100 mM succinic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月11日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 34788 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 4804 / % possible all: 94.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALAデータスケーリング
PHENIXdev_2719精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TAZ

1taz


解像度: 2.3→19.986 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.18
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 1675 4.87 %Random
Rwork0.2162 ---
obs0.2177 34393 97.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.4 Å2 / Biso mean: 39.315 Å2 / Biso min: 18.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→19.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5128 0 4 288 5420
Biso mean--31.02 41 -
残基数----631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5237143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037807
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0253161
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.36760.30841530.26412538269193
2.3676-2.44390.27641060.23732659276595
2.4439-2.53110.27441360.23872656279296
2.5311-2.63220.27461400.24232666280696
2.6322-2.75170.3411600.23882700286097
2.7517-2.89640.27821370.25062727286498
2.8964-3.07720.28911390.24612769290899
3.0772-3.31380.27791310.24832788291999
3.3138-3.64550.28691190.24632694281395
3.6455-4.16880.24561380.22852718285695
4.1688-5.23660.19371730.162228112984100
5.2366-19.98640.16751430.162129923135100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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