PDB-5vxt: Crystal structure of catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vxt

タイトル

Crystal structure of catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia ambifaria

要素

Catechol 1,2-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Burkholderia ambifaria / catechol 1 / 2-dioxygenase / catechol / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

catechol-containing compound catabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia ambifaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia ambifaria
著者: Phan, J.N. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vxt.cif.gz	272.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vxt.ent.gz	216.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vxt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dmhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2yk5-1 4c6j-1 4c6m-1 4c6p-1 3a17-3 4c6f-1 4c6o-1 2yk4-1 2yk6-1 6a0n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuamA.00117.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Catechol 1,2-dioxygenase

B: Catechol 1,2-dioxygenase

ヘテロ分子

72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.080, 52.200, 105.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.620, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Catechol 1,2-dioxygenase / BuamA.00117.b 分子量: 34960.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (strain MC40-6) (バクテリア) 株: MC40-6 / 遺伝子: BamMC406_6300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1Z4S0

-
非ポリマー , 6種, 627分子

#2: 化合物	ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE 分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₈₀NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-CAQ / CATECHOL / 1,2-DIHYDROXYBENZENE 分子量: 110.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: MCSG1 C8 (274672c8): 200mM Ammonium sulfate, 100mM Sodium citrate: HCl, pH5.6, 25% (w/v) PEG4000, protein conc. 20.3mg/mL, cryo 20% ethylene glycol: ksj9-7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月3日

放射

モノクロメーター: diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 69508 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.216 % / B_iso Wilson estimate: 21.25 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.985 / Net I/σ(I): 18.24

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	5.602	0.546	2.73	5101	0.914	0.602	99.4
1.8-1.84	6.263	0.432	3.65	4964	0.952	0.471	99.8
1.84-1.9	6.301	0.327	4.82	4825	0.969	0.356	99.8
1.9-1.96	6.31	0.255	6.28	4723	0.979	0.278	99.9
1.96-2.02	6.306	0.197	8.12	4587	0.986	0.215	99.9
2.02-2.09	6.325	0.155	10.16	4415	0.991	0.169	99.8
2.09-2.17	6.297	0.126	12.61	4249	0.993	0.138	99.9
2.17-2.26	6.297	0.109	14.38	4107	0.994	0.119	99.9
2.26-2.36	6.307	0.091	17.21	3967	0.995	0.1	99.8
2.36-2.47	6.307	0.08	19.22	3748	0.997	0.087	99.6
2.47-2.61	6.29	0.068	22.5	3595	0.997	0.074	99.9
2.61-2.77	6.278	0.058	26.16	3402	0.998	0.063	99.8
2.77-2.96	6.271	0.05	30.02	3179	0.998	0.054	99.7
2.96-3.2	6.248	0.045	33.85	2982	0.998	0.049	99.8
3.2-3.5	6.231	0.041	38.4	2785	0.998	0.044	99.8
3.5-3.91	6.196	0.038	41.24	2486	0.998	0.041	99.8
3.91-4.52	6.129	0.037	42.46	2207	0.998	0.04	99.7
4.52-5.53	6.151	0.035	42.88	1895	0.999	0.038	99.8
5.53-7.83	6.086	0.034	42.42	1469	0.999	0.038	99.9
7.83-50	5.647	0.033	42.63	822	0.999	0.036	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	dev_2744	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1dmh

1dmh

解像度: 1.75→47.812 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.73

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2243	1838	2.65 %
R_work	0.1856	-	-
obs	0.1866	69477	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.27 Å² / B_iso mean: 32.8144 Å² / B_iso min: 12.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→47.812 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4709	0	139	625	5473
B_iso mean	-	-	57	37.44	-
残基数	-	-	-	-	623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5032
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.778	6823
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	736
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	907
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.427	2992

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7499-1.7972	0.3309	144	0.2771	5128	5272	99
1.7972-1.8501	0.3374	141	0.2659	5141	5282	100
1.8501-1.9098	0.2927	158	0.2394	5163	5321	100
1.9098-1.9781	0.2974	132	0.2265	5161	5293	100
1.9781-2.0573	0.2707	156	0.2219	5205	5361	100
2.0573-2.1509	0.224	111	0.2086	5206	5317	100
2.1509-2.2643	0.2306	125	0.2069	5195	5320	100
2.2643-2.4062	0.2444	148	0.1929	5184	5332	100
2.4062-2.592	0.2173	156	0.1938	5178	5334	100
2.592-2.8528	0.242	138	0.189	5218	5356	100
2.8528-3.2655	0.226	140	0.1765	5242	5382	100
3.2655-4.1138	0.1929	147	0.1533	5259	5406	100
4.1138-47.8294	0.1746	142	0.158	5359	5501	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.49	1.8737	1.3804	2.4727	-0.4545	1.223	0.1024	0.1114	-0.1103	0.0693	-0.0118	-0.1327	0.2204	0.316	-0.1047	0.509	0.0327	-0.0545	0.1923	0.006	0.152	15.0411	-18.2216	34.3359
2	1.6079	-0.1159	1.0181	1.0942	-0.2091	2.42	-0.022	-0.0078	0.0078	0.3185	0.0778	-0.0223	0.2227	0.0836	-0.0587	0.3411	0.0168	-0.0195	0.1052	0.0191	0.1309	5.017	-13.2216	31.4048
3	2.0314	-0.3959	0.008	1.6386	0.4426	3.9899	0.0686	0.1548	-0.0695	0.0561	0.0709	-0.0711	0.1973	0.0615	-0.12	0.1299	0.0079	-0.031	0.1414	0.0075	0.1919	-1.1653	-6.6172	12.5914
4	1.4161	0.1846	0.9324	1.1904	-0.2877	0.9483	0.0605	0.0756	-0.0574	0.1001	0.051	0.21	0.0814	-0.4371	-0.073	0.0992	-0.0162	0.0106	0.3085	0.025	0.2134	-19.5886	-2.6144	6.7814
5	1.3842	-0.1666	0.5539	0.9676	-0.2272	0.98	-0.014	-0.0913	0.0575	0.1048	0.0319	0.23	0.0145	-0.5087	-0.0397	0.1177	0.0112	0.0434	0.2808	0.0321	0.2317	-17.8988	0.2127	10.9974
6	1.3177	-0.3693	0.5752	0.7211	-0.2545	1.3054	-0.023	0.1195	0.1523	0.0573	0.0257	0.1246	-0.1264	-0.2262	0.0467	0.1056	0.0198	0.0175	0.2368	0.0373	0.2221	-14.4314	5.4867	3.6641
7	4.0879	-1.7569	-1.3907	3.3539	0.2585	4.4508	0.1768	0.1999	-0.2992	-0.058	-0.0772	-0.049	0.6031	-0.0275	0.1146	0.2301	-0.0181	-0.0625	0.1777	-0.0053	0.2564	-9.6954	-15.7461	4.6765
8	2.3362	-1.7468	-2.1549	3.151	0.7739	4.9408	-0.0179	0.2324	0.0369	-0.0058	0.076	-0.2931	-0.0437	0.2935	-0.1424	0.1081	-0.0197	-0.0558	0.2375	0.0247	0.2176	7.3627	-5.3911	14.3946
9	0.9715	-0.1061	0.9019	0.9452	-0.6433	2.0732	0.042	-0.0148	-0.0361	0.2349	0.0482	0.0287	0.1688	0.0326	-0.0916	0.2771	0.0209	-0.0267	0.1097	-0.0112	0.1623	4.6455	-13.2417	30.0479
10	1.1558	-0.2599	0.4984	0.8707	-0.485	1.7516	-0.0196	-0.3343	-0.1649	0.3325	0.2156	0.1841	0.0218	-0.2415	-0.1574	0.6359	0.0369	-0.0088	0.264	0.0827	0.2463	0.2627	-24.418	54.2224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 33 )	A	-3 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 73 )	A	34 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 101 )	A	74 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 138 )	A	102 - 138
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 139 through 236 )	A	139 - 236
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 237 through 296 )	A	237 - 296
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 297 through 315 )	A	297 - 315
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -3 through 33 )	B	-3 - 33
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 34 through 101 )	B	34 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 102 through 316 )	B	102 - 316

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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-万見 (Yorodumi)

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