PDB-5vxl: 2.80 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vxl

タイトル

2.80 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in complex with single-domain antibody JPS-G3

要素

Invasin IpaD
single-domain antibody JPS-G3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / tip protein / VHH / T3SS

機能・相同性

機能・相同性情報

effector-mediated activation of programmed cell death in host / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D. / Picking, W.L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.80 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in complex with single-domain antibody JPS-G3
著者: Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D. / Picking, W.L.

履歴

登録	2017年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vxl.cif.gz	226.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vxl.ent.gz	184 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vxl_validation.pdf.gz	427 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vxl_full_validation.pdf.gz	427 KB	表示
XML形式データ	5vxl_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	5vxl_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j0oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wbx-d 5dbm-d 3fnr-d 4j9y-d 4j9z-d 3u28-d 4g27-d 5w0u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Invasin IpaD

B: single-domain antibody JPS-G3

47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.779, 81.572, 92.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Invasin IpaD / 36 kDa membrane antigen 分子量: 31904.623 Da / 分子数: 1 / 変異: C322S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipaD, CP0126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18013
#2: 抗体	single-domain antibody JPS-G3 分子量: 15677.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 30% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月14日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→47.82 Å / Num. obs: 10958 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 42.76 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.204 / R_pim(I) all: 0.086 / R_rim(I) all: 0.222 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 71018 / Scaling rejects: 0

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.8-2.95	6.4	1.094	0.699	0.462	1.19	100
8.85-47.82	5.5	0.048	0.998	0.021	0.052	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHENIX	dev_2775	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J0O

2j0o

解像度: 2.8→47.82 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 28.42

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2731	980	4.88 %
R_work	0.2017	-	-
obs	0.2053	20098	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 160.16 Å² / B_iso mean: 51.0579 Å² / B_iso min: 4.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→47.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2985	0	0	7	2992
B_iso mean	-	-	-	21.94	-
残基数	-	-	-	-	391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3030
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.419	4109
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	529
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.824	1831

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8002-2.9478	0.3203	143	0.2872	2728	2871	99
2.9478-3.1324	0.3547	149	0.2663	2717	2866	100
3.1324-3.3742	0.3269	113	0.2388	2752	2865	100
3.3742-3.7137	0.2629	162	0.2	2729	2891	100
3.7137-4.2508	0.2525	127	0.1592	2758	2885	100
4.2508-5.3544	0.2339	138	0.1604	2716	2854	100
5.3544-47.829	0.2572	148	0.2073	2718	2866	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0257	-0.0702	-0.0041	0.1514	-0.1201	0.0442	-0.0197	0.0443	-0.083	-0.0249	0.0039	-0.0644	-0.0469	-0.0851	-0.0025	0.285	0.0339	-0.0433	0.28	0.0578	0.2112	15.1276	85.7439	55.33
2	0.1437	0.0563	0.0241	0.0722	-0.2054	0.074	-0.1192	0.0199	-0.046	0.0541	0.0563	0.0765	0.0125	-0.0832	-0.03	0.1421	0.0356	0.0142	0.1782	0.0386	0.1837	6.1046	100.8761	25.0073
3	-0.0502	0.02	-0.0431	-0.0398	-0.1013	0.0722	-0.0214	0.0485	-0.0084	0.0327	-0.0812	-0.1052	0.0223	-0.0022	-0.0192	0.251	-0.0202	-0.0663	0.1536	0.0196	0.219	16.4285	101.79	38.0521
4	0.0044	-0.0038	-0.0023	0.0012	0.002	0.0049	-0.0682	0.0382	0.0287	-0.1214	0.0796	-0.0047	0.0973	0.0513	0	0.1324	-0.0551	0.0124	0.2299	-0.0543	0.2081	12.154	84.9356	2.2243
5	0.0068	-0.0024	0.004	0.0013	-0.001	0.0034	-0.0345	-0.0008	0.106	0.0628	0.063	0.008	0.0331	0.0306	-0	0.212	0.0641	-0.077	0.195	0.011	0.1907	28.435	68.3062	7.4089
6	0.0211	0.0653	-0.0691	0.1067	-0.1095	0.1603	0.0251	0.1105	-0.0972	-0.1185	0.102	-0.0136	0.1481	-0.0125	0.0358	0.1615	0.0471	-0.0395	0.1637	-0.0672	0.1925	14.2028	83.0216	9.7211
7	1.0775	-0.0196	-0.21	0.1035	-0.1514	0.2595	-0.1716	-0.0264	-0.2061	0.0729	-0.0722	-0.0754	-0.0943	-0.146	-0.4037	0.2449	0.1043	-0.1756	0.1952	-0.0195	0.1696	11.4911	77.1827	15.3348
8	0.0502	0.0039	-0.0071	0.0784	0.0472	0.0352	0.0849	0.02	-0.0722	0.2854	-0.0948	-0.1277	0.1099	0.1429	0.0382	0.2172	0.087	-0.0244	0.2116	-0.0284	0.1543	19.5059	80.521	15.749
9	0.0225	0.0135	-0.0638	0.0647	-0.0527	0.1953	0.1038	-0.11	-0.061	-0.0609	0.0292	-0.0245	0.0356	-0.1	0.2117	0.131	0.0324	-0.0688	0.1301	-0.0413	0.1686	14.3083	74.6916	8.7596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 40 through 149 )	A	40 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 150 through 272 )	A	150 - 272
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 273 through 322 )	A	273 - 322
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 7 )	B	1 - 7
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 17 )	B	8 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 18 through 39 )	B	18 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 40 through 58 )	B	40 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 59 through 84 )	B	59 - 84
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 85 through 116 )	B	85 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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