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- PDB-5vws: Ligand free structure of Cytochrome P450 TbtJ1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vws
タイトルLigand free structure of Cytochrome P450 TbtJ1
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Thiomuracin GZ
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobispora bispora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.411 Å
データ登録者Gober, J.G. / Ghodge, S.V. / Brustad, E.M. / Bowers, A.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1552718 米国
Beckman Institute 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA016086 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: P450-Mediated Non-natural Cyclopropanation of Dehydroalanine-Containing Thiopeptides.
著者: Gober, J.G. / Ghodge, S.V. / Bogart, J.W. / Wever, W.J. / Watkins, R.R. / Brustad, E.M. / Bowers, A.A.
履歴
登録2017年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2742
ポリマ－44,6581
非ポリマー6161
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.316, 95.316, 126.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 44657.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobispora bispora (strain ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51) (バクテリア)
株: ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51
遺伝子: Tbis_0546 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6Y4Z8
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1 M (NH4)2SO4 1 % PEG 3350 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→27.221 Å / Num. obs: 21196 / % possible obs: 91.43 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
KYLINデータ削減
KYLINデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WIO

2wio


解像度: 2.411→27.221 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 24.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2808 1064 5.02 %
Rwork0.2084 --
obs0.212 21196 91.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.37 Å2 / Biso mean: 22.9674 Å2 / Biso min: 4.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.411→27.221 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3003 0 73 96 3172
Biso mean--14.38 20.25 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.024260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7451851
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4107-2.52030.3751940.34122163225780
2.5203-2.65310.37951470.29622550269795
2.6531-2.81910.32671410.25962541268294
2.8191-3.03660.31121460.24152535268194
3.0366-3.34160.33011280.21182569269794
3.3416-3.8240.26521250.17782609273494
3.824-4.81360.20541370.14692589272693
4.8136-27.22280.22761460.16482576272288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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