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- PDB-5vwm: Crystal structure of UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vwm
タイトルCrystal structure of UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase (LpxC) from Pseudomonas aeruginosa in complex with CHIR-090 inhibitor
要素UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / inhibitor / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / LpxC / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / : / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C90 / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase (LpxC) from Pseudomonas aeruginosa in complex with CHIR-090 inhibitor
著者: Delker, S.L. / Mayclin, S.J. / Phan, J.N. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_SG_project
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4618
ポリマ－44,6971
非ポリマー7657
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.850, 47.590, 48.410
Angle α, β, γ (deg.)111.300, 109.000, 98.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase


分子量: 44696.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lpxC, envA, PA4406 / プラスミド: PsaeA.00166.a.DG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P47205, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

-
非ポリマー , 6種, 366分子

#2: 化合物 ChemComp-C90 / N-{(1S,2R)-2-hydroxy-1-[(hydroxyamino)carbonyl]propyl}-4-{[4-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]ethynyl}benzamide / CHIR-090


分子量: 437.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N3O5
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: tray289953 G9:HEPES, 100 mM HCl, pH 7.7, 50 mM CaCl, 4% (w/v) Propanol, 25% (w/v) PEG 3350 +1mM ZnCl2, 1mM Chir-090 : Cryo = 20%EG : PsaeA.00166.a.DG15.PD00471 at 5 mg/ml, puck SHD-3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年5月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.297 Å / Num. obs: 23497 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.035 % / Biso Wilson estimate: 10.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 18.56 / Num. measured all: 94804 / Scaling rejects: 203
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.852.7340.1825.0215290.950.22583.3
1.85-1.92.7490.156.1315130.9710.18583.7
1.9-1.952.7670.1247.6715280.9760.15388.3
1.95-2.012.7780.1068.9215520.9810.13190
2.01-2.082.8310.08910.8515280.9870.1192.7
2.08-2.153.1230.08312.4915170.9890.195.4
2.15-2.233.5860.07614.214920.9930.0995.6
2.23-2.323.7990.07515.5814310.9930.08897.5
2.32-2.433.9780.06817.1213890.9940.07996.3
2.43-2.554.2010.06717.8613380.9940.07797.6
2.55-2.684.5960.06419.6312550.9960.07397.7
2.68-2.855.3010.06122.6111880.9970.06898
2.85-3.045.6460.05525.9611260.9980.0697.3
3.04-3.295.6320.04830.610520.9980.05397.9
3.29-3.65.5870.04334.249730.9990.04798.2
3.6-4.035.6080.03838.538680.9990.04298.2
4.03-4.655.5850.03441.677780.9990.03799
4.65-5.695.5920.03238.246540.9990.03699.5
5.69-8.055.5190.04234.115130.9980.04697.9
8.05-42.2975.2890.03144.732730.9990.03596.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2733精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3uhm

3uhm


解像度: 1.8→42.297 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1785 2033 8.66 %
Rwork0.1382 --
obs0.1418 23488 94.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 53.45 Å2 / Biso mean: 13.4029 Å2 / Biso min: 3.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→42.297 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2335 0 47 369 2751
Biso mean--19.38 25.46 -
残基数----300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062528
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8483436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9631560
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.84190.25581210.1871244136583
1.8419-1.8880.264990.16851308140784
1.888-1.9390.19441320.151319145188
1.939-1.99610.18161320.14491357148989
1.9961-2.06050.20531420.13631402154494
2.0605-2.13410.18681620.13471396155894
2.1341-2.21960.20071210.14061505162697
2.2196-2.32060.19621220.13941477159997
2.3206-2.44290.19111360.14371475161197
2.4429-2.5960.20171260.1381499162598
2.596-2.79640.16261260.13741512163898
2.7964-3.07770.18051470.13911483163099
3.0777-3.52290.16521600.12931472163299
3.5229-4.43770.13561640.11641500166499
4.4377-42.30820.1671430.14261506164999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.605-0.1014-0.0481.21350.11250.92150.02040.03510.0305-0.0653-0.0424-0.0399-0.03870.01490.01720.03510.00540.00280.0520.01250.0388-4.31925.5336-5.6091
21.9185-0.33331.50740.89080.20422.76380.17130.0503-0.06490.01080.0008-0.0620.19380.1584-0.15820.0297-0.02090.02390.03860.00550.0445.8119-10.47220.7635
31.0872-1.7453-1.8972.87293.21234.2518-0.1111-0.1433-0.01470.22430.1010.0330.26310.04070.02160.0618-0.01160.00170.0828-0.00670.0581-1.6274-6.439618.1215
41.0664-0.0132-0.29731.17880.11991.5892-0.0022-0.0144-0.02330.1268-0.05320.08070.0057-0.07050.04950.0322-0.0028-0.01090.06280.01090.0367-7.87472.76213.1165
51.84610.1203-0.04582.06360.60141.69210.04460.00830.03260.0242-0.0252-0.1128-0.00220.03-0.01130.01740.0018-0.01240.03780.01810.04259.156-7.36783.1437
67.1049-0.991-1.17340.194-0.0071.28480.0946-0.19960.13390.02710.0624-0.00380.1046-0.0908-0.12530.0813-0.0143-0.00080.0697-0.00790.0835-7.3575-18.4445-7.847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 117 )A0 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 118 through 147 )A118 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 148 through 170 )A148 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 171 through 249 )A171 - 249
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 250 through 284 )A250 - 284
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 285 through 299 )A285 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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