PDB-5vwi: Crystal structure of human Scribble PDZ1:Beta-PIX complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vwi

タイトル

Crystal structure of human Scribble PDZ1:Beta-PIX complex

要素

Protein scribble homolog
beta-PIX

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / polarity

機能・相同性

機能・相同性情報

neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation / synaptic vesicle targeting ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Lim, K.Y.B. / Kvansakul, M.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the differential interaction of Scribble PDZ domains with the guanine nucleotide exchange factor beta-PIX.
著者: Lim, K.Y.B. / Godde, N.J. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.

履歴

登録	2017年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vwi.cif.gz	123.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vwi.ent.gz	98.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vwi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/5vwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/5vwi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vwcC 5vwkC 4wytS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ojh-d 2osg-d 4g50-1 5izh-2 4wtz-3 4y0g-d 4fn2-1 6fx4-1 6v7s-d 4wjp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (6) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (6) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (6)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (6)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (4)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein scribble homolog

B: Protein scribble homolog

C: beta-PIX

D: beta-PIX

22.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Protein scribble homolog

C: beta-PIX

ソフトウェアが定義した集合体
11 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Protein scribble homolog

D: beta-PIX

ソフトウェアが定義した集合体
11 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.869, 44.163, 60.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein scribble homolog / hScrib / Protein LAP4 分子量: 10082.529 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1002-1092 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド	beta-PIX 分子量: 944.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: 16.6% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 0.1M citrate-bis-tris propane pH8.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→44.16 Å / Num. obs: 20310 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 1.759 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC_1/2: 0.307 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WYT

4wyt

解像度: 1.75→31.16 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2356	2029	10 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1983	20292	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→31.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1450	0	0	167	1617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.195	1984
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.105	895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	230
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7938	0.3819	146	0.3398	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7938-1.8423	0.3209	126	0.3074	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8423-1.8965	0.3329	143	0.2786	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8965-1.9577	0.2961	144	0.2547	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9577-2.0277	0.3131	161	0.227	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0277-2.1088	0.2791	132	0.212	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1088-2.2048	0.2835	144	0.215	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.321	0.2537	149	0.1933	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.321-2.4664	0.2572	145	0.1848	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4664-2.6567	0.248	152	0.1925	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6567-2.9239	0.2417	140	0.1884	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9239-3.3465	0.2458	146	0.1856	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3465-4.2146	0.1896	147	0.1651	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2146-31.1647	0.1802	154	0.1715	1360	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4318	0.7505	-1.0433	3.4335	-0.456	3.0561	0.1098	-0.1663	0.0679	0.3386	-0.1119	0.1355	0.059	-0.0673	0.0101	0.2568	0.0025	-0.0061	0.2409	-0.0057	0.261	12.7238	8.1913	28.2315
2	5.9015	-4.9764	-3.2403	4.3244	2.7113	2.2797	0.2066	0.0772	-0.0517	-0.1811	-0.0919	-0.3124	-0.4017	-0.1389	-0.011	0.381	-0.0657	-0.0898	0.1705	0.0293	0.2278	13.7039	3.0888	28.1768
3	6.1153	4.7828	3.3382	4.6963	2.1544	2.4138	0.2467	0.6239	-0.7431	-0.4431	0.1841	0.1331	0.8428	0.1504	-0.2493	0.3504	-0.0117	-0.045	0.2052	-0.0464	0.2875	13.6579	0.408	15.1044
4	2.8192	0.7938	-0.0167	3.6694	0.6378	4.3801	0.1142	-0.142	0.1427	0.4387	-0.0645	0.2322	-0.117	-0.2607	0.0057	0.2627	-0.013	0.0088	0.1732	-0.006	0.2199	10.1919	12.0767	26.4349
5	3.5472	0.89	4.0534	9.2094	-3.5786	7.5082	-0.0406	-0.2027	0.4389	0.2049	0.0549	-0.2641	-0.4443	0.0896	-0.2668	0.2071	0.0353	0.0716	0.2736	-0.0062	0.1749	20.1276	19.2793	10.0207
6	2.5988	0.8077	2.9063	5.2202	1.8414	9.2551	-0.0161	0.1709	-0.1177	0.1896	0.2971	-0.5309	0.2196	0.7094	-0.1871	0.1944	-0.0087	0.0057	0.3056	-0.0485	0.3539	29.8038	7.6168	8.5707
7	2.9719	-3.2796	1.7203	6.0538	0.8445	4.086	0.3278	0.6685	-0.1273	-1.0356	0.1763	0.5728	-0.7693	0.6974	0.0962	0.4078	-0.136	-0.0737	0.4176	0.1004	0.4349	23.1035	12.6396	-8.3754
8	5.0309	0.3215	-1.9962	4.0202	2.3605	2.3399	0.0004	0.0298	-0.3817	0.2083	0.1315	-0.1563	0.5	0.1624	-0.1521	0.2209	0.0154	-0.0121	0.151	-0.0177	0.2672	22.2671	6.0368	10.4795
9	3.8741	3.9285	-4.103	4.1544	-4.193	4.4732	-0.2714	0.1018	0.0529	-0.4837	0.3524	-0.2317	0.267	-0.0724	-0.1099	0.2258	-0.0075	-0.0281	0.2013	0.0069	0.2673	20.6378	14.0915	4.3781
10	1.8563	1.5069	0.2097	5.9754	4.0885	3.9604	-0.0072	1.0436	0.3775	-0.5746	0.2383	-0.3807	-1.268	0.9317	-0.0065	0.4536	-0.0856	0.0545	0.5024	0.093	0.3514	29.1622	19.9894	-2.0274
11	4.9374	-0.7437	0.6467	2.4858	-0.714	2.0287	-0.0814	0.3454	0.1265	-0.056	-0.0677	-0.2838	-0.1111	0.333	0.1439	0.2067	-0.0311	0.0332	0.2418	0.0176	0.2384	28.8779	14.8593	3.6817
12	1.5499	-0.6373	1.9168	5.3834	-7.4564	2.0001	-0.1075	-0.3411	-0.0763	-0.1798	0.8207	0.2389	0.5334	-0.6545	-0.1933	0.3624	0.0953	0.0208	0.2801	-0.0406	0.2405	8.4078	-1.197	33.0626
13	7.5937	3.5801	1.5929	5.6259	4.3129	3.5557	-0.8342	0.8392	-0.1666	-0.529	1.1056	0.2253	-0.0468	0.7159	-0.4034	0.3494	-0.0716	0.0126	0.3927	0.0148	0.3075	25.4645	3.1934	-4.1538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 59 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 102 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 9 through 17 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 18 through 29 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 30 through 46 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 47 through 60 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 61 through 71 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 72 through 80 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 81 through 102 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 10 through 17 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 10 through 17 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)