PDB-5vvh: Crystal Structure of the Effector Binding Domain of LysR-type Tra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vvh

タイトル

Crystal Structure of the Effector Binding Domain of LysR-type Transcriptional Regulator, OccR from Agrobacterium tumefaciens

要素

Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

キーワード

TRANSCRIPTION / alpha-beta structure / type 2 periplasmic binding fold / Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium radiobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kim, Y. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Winans, S.C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of the Ligand-Binding Domain of a LysR-type Transcriptional Regulator: Transcriptional Activation via a Rotary Switch.
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Tsai, C.S. / Winans, J.B. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Winans, S.C.

履歴

登録	2017年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vvh.cif.gz	642.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vvh.ent.gz	557.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vvh_validation.pdf.gz	507.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vvh_full_validation.pdf.gz	524.6 KB	表示
XML形式データ	5vvh_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	5vvh_validation.cif.gz	75.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vviC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i29-d 1lg9-d 5nws-d 6aeh-d 4yt3-1 4yt3-2 1aup-d 4a5p-2 2rkt-d 4i2a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

B: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

C: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

D: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

E: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

F: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

G: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

H: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

ヘテロ分子

187 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

B: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 4 dimers in the asymmetric unit
46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

D: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

F: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

H: Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.392, 106.330, 215.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Octopine catabolism/uptake operon regulatory protein OccR 分子量: 23295.623 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 92-298 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア) 遺伝子: occR / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: P0A4T3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.3 M Magnesium formate dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→45.7 Å / Num. obs: 57897 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. unique obs: 2844 / CC_1/2: 0.612 / R_sym value: 0.773 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→45.742 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2588	2764	5.04 %	random
R_work	0.2181	-	-	-
obs	0.2201	54787	94.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.742 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12779	0	33	81	12893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13131
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.99	17791
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.847	4924
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2055
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2345

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5432	0.3285	98	0.2948	1731	X-RAY DIFFRACTION	64
2.5432-2.5894	0.3603	102	0.2886	1896	X-RAY DIFFRACTION	71
2.5894-2.6392	0.3488	106	0.2921	2231	X-RAY DIFFRACTION	81
2.6392-2.6931	0.3156	146	0.2776	2380	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6931-2.7516	0.3137	144	0.2773	2625	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7516-2.8156	0.2845	132	0.2738	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8156-2.886	0.3688	156	0.2723	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
2.886-2.964	0.3507	143	0.2837	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.0512	0.3243	139	0.2716	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0512-3.1497	0.3142	144	0.2604	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.2622	0.2866	148	0.2519	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2622-3.3928	0.2385	130	0.2426	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3928-3.5472	0.2631	134	0.2223	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5472-3.7341	0.2492	154	0.2188	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7341-3.9679	0.2513	137	0.2002	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9679-4.2741	0.2448	142	0.1889	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2741-4.7038	0.2299	142	0.1664	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7038-5.3836	0.2225	135	0.1776	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3836-6.7792	0.1977	149	0.1943	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7792-45.7501	0.1842	183	0.1599	2883	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.604	0.9605	-2.4957	9.4706	-2.6197	2.5845	0.2051	0.1232	-0.1073	-0.2642	0.0004	-0.7217	0.146	0.0064	-0.187	0.2891	0.0106	-0.0005	0.2461	0.0053	0.2166	54.1076	19.491	63.4233
2	6.3066	-1.5481	4.8539	2.0647	-1.412	3.9847	0.2694	0.1839	-0.0458	-0.1906	-0.1028	0.1033	0.1957	0.0374	-0.1879	0.1903	0.026	0.0804	0.2668	0.0141	0.2033	33.4584	17.615	60.9953
3	6.189	-2.5489	-1.0175	6.301	0.1394	4.7229	0.1376	0.0862	0.0267	-0.1193	-0.1858	-0.3144	0.0126	0.4209	-0.0236	0.2526	-0.0134	-0.0225	0.4095	0.0806	0.2619	30.9222	23.3821	51.0651
4	5.1764	-1.0076	2.4275	3.2736	-1.3217	3.2081	-0.1256	-0.4876	0.3677	-0.0974	0.1427	-0.1925	-0.1744	-0.1908	-0.002	0.3004	0.0359	0.0143	0.2434	-0.0281	0.1469	45.1526	23.7323	70.6018
5	5.4172	-1.7532	-1.0052	6.8367	-1.4688	4.0302	-0.1531	0.4933	0.5443	0.6977	-0.0419	0.8218	-0.0095	-0.5835	0.2063	0.3805	-0.0342	0.0606	0.5043	-0.0337	0.4084	37.37	9.7725	41.22
6	4.739	2.6929	0.1678	3.5436	1.1261	1.8805	0.0447	0.1796	-0.6613	-0.0338	-0.1006	-0.0751	0.1368	-0.3329	0.0687	0.3202	0.003	0.023	0.3689	0.0307	0.205	41.4708	8.1089	39.0621
7	0.947	1.0776	0.1813	6.719	0.2973	2.6348	-0.1241	-0.0885	0.2081	-0.1245	0.1514	-0.5177	-0.0685	0.4582	-0.0838	0.2073	0.0332	0.0049	0.2862	0.026	0.4429	64.0305	17.8886	47.1662
8	4.7618	0.4982	-2.2698	3.645	0.4446	8.9747	0.0303	0.1975	-0.1893	-0.0345	-0.1176	-0.0324	-0.0665	0.3062	-0.0407	0.2616	0.0506	-0.0363	0.2349	-0.007	0.2621	58.3816	19.4885	48.2573
9	4.738	1.8521	0.1912	4.6657	-1.1279	3.3	-0.0524	0.5692	0.0484	-0.381	0.0418	0.2026	0.1134	-0.2254	0.0187	0.4563	0.0319	0.021	0.4313	-0.0282	0.1879	44.3182	11.1793	31.1704
10	5.9664	-0.6822	1.4999	2.6987	-2.5329	3.8457	0.2395	0.132	0.0752	0.0883	0.1553	-0.0921	-0.1454	-0.1669	-0.3132	0.4209	-0.0173	0.0626	0.2557	-0.0782	0.3099	86.6195	-8.4948	49.9979
11	4.2397	0.0997	-1.7789	1.8962	0.0578	1.5617	0.22	0.2666	0.3648	-0.161	-0.0934	0.1122	-0.1659	-0.168	-0.1489	0.318	0.027	-0.0923	0.2764	-0.0477	0.3142	72.2228	-4.8932	51.3634
12	3.7486	2.8333	2.1968	6.5144	0.4451	6.8125	0.3184	0.1608	0.1006	0.1753	-0.3937	-0.1145	-0.3685	0.1326	0.0067	0.2681	0.0644	0.032	0.2726	-0.042	0.3232	66.5654	-8.9389	62.1043
13	3.4432	-0.6008	1.2252	3.9472	-0.6349	2.1543	0.0397	0.2848	-0.0951	-0.1982	-0.0429	0.1014	-0.0657	-0.0175	0.0497	0.338	0.0034	0.0015	0.2568	-0.0739	0.1884	79.4916	-12.0094	42.694
14	2.2823	0.0619	0.465	7.4342	-0.3126	3.0144	0.5589	-0.217	-0.4246	-0.1942	-0.2233	-0.0173	0.1879	0.0276	-0.362	0.3376	0.019	-0.0505	0.4639	-0.1079	0.4	72.2782	1.5854	73.0081
15	7.6952	-1.371	-0.4232	2.7654	1.1934	2.1306	0.1922	0.4987	0.4878	-0.1838	-0.2042	0.196	-0.1909	-0.4531	0.1158	0.332	-0.0087	0.0061	0.552	-0.0908	0.3989	71.7206	7.9678	70.9443
16	4.1919	-1.6641	-1.0574	1.4727	1.3989	1.4505	-0.0863	-0.3892	1.5172	0.1789	0.0356	-0.8992	-0.1284	0.3605	-0.0575	0.3554	-0.0858	0.0518	0.3204	-0.0893	0.6416	85.5649	13.4713	76.7544
17	4.5392	-1.1436	0.6607	8.5205	0.4148	3.4429	0.2396	0.3227	-0.1874	-0.414	-0.2201	-0.6113	0.1875	0.3935	0.0745	0.212	-0.0328	0.03	0.2458	-0.0116	0.2946	99.4074	-4.1102	63.4441
18	4.7294	-1.1292	-0.1003	5.1584	0.0115	2.9459	-0.0578	-0.2347	-0.4916	0.3377	-0.1192	0.8788	0.3088	-0.5839	0.1577	0.355	-0.0985	0.0353	0.3453	-0.0322	0.4193	89.624	-8.884	66.0332
19	4.5361	-3.6128	-0.8821	3.646	1.759	1.5008	0.0292	-0.875	0.7364	0.2083	-0.0087	-0.3514	-0.0336	-0.0334	-0.0446	0.4406	-0.0856	0.089	0.3252	-0.0773	0.4304	85.4142	9.3693	76.4722
20	9.0126	-0.9004	-0.9508	6.003	0.2466	3.8067	-0.0062	-1.6152	-0.0901	0.0943	-0.1327	0.1383	0.3367	0.164	0.164	0.4579	-0.1314	0.0372	0.5467	-0.096	0.2321	80.0769	0.101	82.3173
21	7.8384	-0.6835	1.4623	3.7515	-0.5546	3.3688	-0.067	-0.7847	0.7942	0.2384	0.0583	0.0016	0.025	-0.4621	-0.0104	0.3712	0.0527	0.013	0.4982	-0.1074	0.3403	74.8293	24.5063	16.7492
22	5.6201	0.3211	0.2505	7.348	1.3023	4.0392	0.0281	-0.1143	-0.0119	0.1047	0.0635	-0.5814	0.1307	-0.0378	-0.0852	0.3076	-0.0186	-0.0555	0.218	0.0256	0.2919	96.2552	13.7426	7.5133
23	5.3021	0.3913	-1.6509	2.5524	0.643	4.8889	-0.2804	-1.9465	0.3288	0.576	0.3241	-0.0629	0.4804	-0.1431	-0.0333	0.5896	0.12	-0.1127	0.9476	-0.1167	0.3939	79.0877	20.3839	24.1817
24	5.5429	-0.8257	0.8609	5.5761	-0.5449	2.3723	0.0945	0.1038	-0.1516	0.5205	0.2135	-0.3878	-0.2157	-0.0959	0.0153	0.354	0.027	0.0503	0.2422	0.0483	0.2058	89.1368	14.5682	-8.3256
25	6.3846	1.1262	-1.8244	1.0438	-0.528	1.9585	-0.0123	0.2823	0.1199	-0.2292	0.0277	0.2133	0.2102	-0.1197	0.0268	0.2852	0.0436	-0.062	0.2356	0.0582	0.2844	70.9392	15.2123	-8.3469
26	5.2891	0.9313	1.5716	4.0317	-1.35	5.6679	0.2112	-0.6971	-0.0901	0.2909	-0.2568	-0.0539	-0.1581	0.2137	0.1763	0.2709	-0.0228	0.0464	0.3106	0.0405	0.3437	65.509	12.2208	3.4039
27	6.566	0.1531	-1.3229	0.6403	0.5081	0.7252	0.0341	0.5859	-0.3735	0.0376	0.0582	0.0415	0.2657	-0.1044	0.11	0.3552	-0.0235	-0.0301	0.2845	0.005	0.278	78.0962	10.8418	-15.0859
28	5.8714	0.9091	-1.7969	5.3404	-1.1819	3.9392	-0.0755	-0.3928	-0.8432	-0.5462	-0.1619	-0.3462	0.3306	0.1062	0.0319	0.3464	-0.0263	-0.0349	0.241	-0.1176	0.2626	72.789	22.0311	125.5787
29	3.7319	-2.7977	-0.7848	3.1073	0.8614	1.5558	-0.0627	-0.0105	0.1818	0.1098	0.0317	-0.2634	0.0631	-0.0633	-0.0463	0.282	-0.0312	-0.018	0.181	-0.009	0.2047	86.0464	24.2936	122.004
30	3.0102	0.0406	0.9856	7.172	1.5001	3.9814	0.1587	0.1255	-0.2891	0.0449	-0.2517	0.0698	0.2621	0.0122	0.0128	0.2589	-0.0058	0.0429	0.3151	-0.0571	0.2671	94.5606	16.4775	117.5894
31	3.648	-0.6027	0.0617	3.2794	-0.8535	4.1306	-0.0371	-0.2502	0.0656	-0.2447	0.1301	-0.0108	-0.0223	0.2138	-0.0412	0.2722	-0	0.0054	0.2121	-0.0632	0.1159	79.6123	25.9096	132.8184
32	7.6163	-1.6413	2.6691	8.9411	-2.9794	5.4741	0.0213	-0.0652	0.3989	0.2599	0.1453	0.0905	0.0175	0.1132	-0.1714	0.2656	-0.0335	0.0112	0.2566	-0.1068	0.1639	87.042	15.4991	100.5073
33	3.7997	1.9373	-1.4281	2.4964	-0.3263	3.031	-0.0373	0.466	0.0914	0.4676	0.0458	0.4928	-0.141	-0.1807	0.0394	0.1682	-0.0202	-0.1045	0.2933	-0.0242	0.35	65.2605	11.1377	107.8764
34	2.0975	0.8395	2.2046	5.0457	-0.8741	5.9663	-0.0581	-0.0594	0.0524	0.2228	-0.0606	-0.0844	-0.0354	-0.2688	0.1205	0.2064	0.0284	0.0345	0.2286	-0.1047	0.3092	65.8023	12.7286	113.5978
35	5.6957	1.4291	-0.0719	7.5099	-2.7507	4.8694	-0.1415	0.5112	0.0068	0.0962	0.2551	0.2984	0.1394	-0.2295	-0.1015	0.285	-0.0088	0.0175	0.3055	-0.074	0.2506	80.0758	7.171	96.2398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 90 through 128 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 129 through 206 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 207 through 258 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 259 through 297 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 90 through 104 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 105 through 169 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 170 through 206 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 207 through 258 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 259 through 298 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 91 through 115 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 116 through 206 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 207 through 258 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 259 through 298 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 89 through 113 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 114 through 147 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 148 through 163 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 164 through 220 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 221 through 253 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 254 through 273 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 274 through 298 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 90 through 163 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 164 through 258 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 259 through 297 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 90 through 128 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 129 through 185 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 186 through 253 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 254 through 297 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 91 through 115 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 116 through 197 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 198 through 258 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 259 through 298 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resid 90 through 147 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 148 through 197 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 198 through 258 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 259 through 298 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)