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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vux | ||||||
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タイトル | Structure of human neuronal nitric oxide synthase heme domain in complex with 7-(((4-(Dimethylamino)benzyl)amino)methyl)quinolin-2-amine | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, brain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / nitric oxide synthase / inhibitor complex / heme enzyme / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of serotonin uptake / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / nitric-oxide synthase (NADPH) / multicellular organismal response to stress / sodium channel regulator activity / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / xenobiotic catabolic process / arginine catabolic process / striated muscle contraction / Ion homeostasis / regulation of sodium ion transport / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / photoreceptor inner segment / response to hormone / cell redox homeostasis / sarcoplasmic reticulum / cell periphery / cellular response to growth factor stimulus / sarcolemma / vasodilation / calcium-dependent protein binding / FMN binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to heat / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / postsynaptic density / cytoskeleton / response to hypoxia / calmodulin binding / membrane raft / heme binding / synapse / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Huiying, L. / Thomas, L.P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: Hydrophilic, Potent, and Selective 7-Substituted 2-Aminoquinolines as Improved Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors. 著者: Pensa, A.V. / Cinelli, M.A. / Li, H. / Chreifi, G. / Mukherjee, P. / Roman, L.J. / Martasek, P. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vux.cif.gz | 360.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vux.ent.gz | 294.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vux.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vux_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vux_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5vux_validation.xml.gz | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vux_validation.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/5vux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/5vux | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5vuiC 5vujC 5vukC 5vulC 5vumC 5vunC 5vuoC 5vupC 5vuqC 5vurC 5vusC 5vutC 5vuuC 5vuvC 5vuwC 5vuyC 5vuzC 5vv0C 5vv1C 5vv2C 5vv3C 5vv4C 5vv5C 5vv6C 5vv7C 5vv8C 5vv9C 5vvaC 5vvbC 5vvcC 5vvdC 5vvgC 5vvnC 4uh5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48784.496 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 302-722 / 変異: R354A, G357D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOS1 / 器官: brain / プラスミド: pCWori / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29475, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 5種, 267分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ZN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 % / 解説: plate |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 8% PEG3350 35mM citric acid 65mM Bis-Tris-Propane 10% glycerol 5mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月24日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→60 Å / Num. obs: 46510 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rpim(I) all: 0.123 / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.963 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4556 / CC1/2: 0.519 / Rpim(I) all: 1.368 / Rsym value: 1.963 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4UH5 解像度: 2.3→50.16 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 26.8
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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