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- PDB-5vtb: Crystal structure of RBBP4 bound to BCL11a peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vtb
タイトルCrystal structure of RBBP4 bound to BCL11a peptide
要素
  • B-cell lymphoma/leukemia 11A
  • Histone-binding protein RBBP4
キーワードPROTEIN BINDING / RBBP4 / Histone Binding protein / WD40 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron remodeling / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / CAF-1 complex / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / NURF complex ...negative regulation of neuron remodeling / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / CAF-1 complex / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / NURF complex / negative regulation of axon extension / cellular response to L-glutamate / regulation of cell fate specification / positive regulation of collateral sprouting / negative regulation of stem cell population maintenance / paraspeckles / DNA replication-dependent chromatin assembly / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / regulation of stem cell differentiation / NuRD complex / ESC/E(Z) complex / ALK mutants bind TKIs / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Polo-like kinase mediated events / SWI/SNF complex / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / G1/S-Specific Transcription / ATPase complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / protein sumoylation / G0 and Early G1 / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / nucleosome binding / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / negative regulation of cell migration / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / transcription coregulator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brain development / PKMTs methylate histone lysines / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / positive regulation of neuron projection development / histone deacetylase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / nucleosome assembly / negative regulation of neuron projection development / histone binding / postsynapse / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA-binding transcription factor binding / DNA replication / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / cell cycle / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / Zinc finger, C2H2 type / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / Zinc finger, C2H2 type / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-binding protein RBBP4 / B-cell lymphoma/leukemia 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Probing the interaction between the histone methyltransferase/deacetylase subunit RBBP4/7 and the transcription factor BCL11A in epigenetic complexes.
著者: Moody, R.R. / Lo, M.C. / Meagher, J.L. / Lin, C.C. / Stevers, N.O. / Tinsley, S.L. / Jung, I. / Matvekas, A. / Stuckey, J.A. / Sun, D.
履歴
登録2017年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-binding protein RBBP4
B: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3923
ポリマ－50,2992
非ポリマー921
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.301, 85.264, 87.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone-binding protein RBBP4 / Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / ...Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / CAF-I p48 / Nucleosome-remodeling factor subunit RBAP48 / Retinoblastoma-binding protein 4 / RBBP-4 / Retinoblastoma-binding protein p48


分子量: 48457.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP4, RBAP48 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q09028
#2: タンパク質・ペプチド B-cell lymphoma/leukemia 11A / BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration ...BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration site 9 protein homolog / EVI-9 / Zinc finger protein 856


分子量: 1842.134 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 2-16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H165
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月7日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 15853 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.4480.5660.9250.2090.6040.83198.7
2.44-2.498.20.5910.9080.2170.6310.84399.3
2.49-2.538.30.4970.9170.1810.530.86999.3
2.53-2.598.20.4310.9470.1590.460.88599.9
2.59-2.648.40.4030.9430.1480.430.84899.5
2.64-2.78.20.3450.9680.1270.3680.91899.7
2.7-2.778.30.3140.9630.1150.3350.92599.7
2.77-2.858.20.2550.9710.0940.2730.87499.9
2.85-2.938.20.2350.9770.0870.2510.89399.7
2.93-3.028.30.2090.9830.0760.2220.93399.9
3.02-3.138.30.1710.9870.0630.1820.95399.9
3.13-3.268.20.1390.9910.0520.1480.979100
3.26-3.418.30.1110.9940.0420.1191.008100
3.41-3.588.20.0970.9930.0360.1041.104100
3.58-3.818.30.0820.9940.0310.0881.208100
3.81-4.18.30.0690.9970.0250.0741.117100
4.1-4.528.40.0570.9970.0210.0611.11699.9
4.52-5.178.40.050.9970.0190.0541.112100
5.17-6.518.40.0540.9970.020.0580.89599.8
6.51-507.60.0470.9970.0180.0510.91199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4R7A

4r7a


解像度: 2.4→44.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.462 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.532 / SU Rfree Blow DPI: 0.266 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.263
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 702 4.71 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.203 14917 94 %-
原子変位パラメータBiso max: 116.42 Å2 / Biso mean: 36.06 Å2 / Biso min: 12.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5918 Å20 Å20 Å2
2---2.6279 Å20 Å2
3---0.0361 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2766 0 6 140 2912
Biso mean--46.89 42.41 -
残基数----363
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1243SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes66HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes417HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2848HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion384SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3194SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2848HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3896HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.41
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 92 4.25 %
Rwork0.196 2071 -
all0.199 2163 -
obs--75.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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