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- PDB-5vt3: High resolution structure of thioredoxin-disulfide reductase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vt3
タイトルHigh resolution structure of thioredoxin-disulfide reductase from Vibrio vulnificus CMCP6 in complex with NADP and FAD
要素Thioredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center For Structural Genomics Of Infectious Diseases / CSGID / thioredoxin-disulfide reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus CMCP6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Chang, C. / Grimshaw, S. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution structure of thioredoxin-disulfide reductase from Vibrio vulnificus CMCP6 in complex with NADP and FAD
著者: Chang, C. / Grimshaw, S. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2017年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.32025年3月5日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,90412
ポリマ－69,3102
非ポリマー3,59410
水8,233457
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11970 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.931, 100.758, 126.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thioredoxin reductase


分子量: 34654.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus CMCP6 (バクテリア)
遺伝子: trxB, VFL11327_00718
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1L9L8C0, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)

-
非ポリマー , 6種, 467分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12 mM POTASSIUM CHLORIDE, 80 mM Potassium Chloride, 40 MM SODIUM CACODYLATE, 40% MPD, 12 MM SPERMIDINE TETRAHYDROCHLORIDE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→40.565 Å / Num. obs: 55371 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.55
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2444 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2650精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5USX

5usx


解像度: 1.98→40.565 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1975 2561 5.15 %
Rwork0.1518 --
obs0.1541 49759 88.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.99 Å2 / Biso mean: 30.4273 Å2 / Biso min: 8.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→40.565 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4751 0 226 457 5434
Biso mean--30.16 40.11 -
残基数----632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3637214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7063112
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9795-2.01760.2894630.2111196125941
2.0176-2.05880.2914810.19381571165254
2.0588-2.10360.23421120.19131927203966
2.1036-2.15250.2421110.18642172228374
2.1525-2.20630.24451300.18062360249081
2.2063-2.2660.20781460.16772545269187
2.266-2.33260.25921530.16812706285993
2.3326-2.40790.22121490.16642883303298
2.4079-2.4940.22291400.164329373077100
2.494-2.59380.21531690.158629383107100
2.5938-2.71180.20541650.153729463111100
2.7118-2.85480.23311510.155329413092100
2.8548-3.03360.20141400.157929653105100
3.0336-3.26770.20981720.14929693141100
3.2677-3.59640.17071620.138929643126100
3.5964-4.11630.1611610.121130083169100
4.1163-5.18440.1581840.126730023186100
5.1844-40.5740.19191720.166931683340100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.834 Å / Origin y: 86.6515 Å / Origin z: 26.3927 Å
111213212223313233
T0.0868 Å20.0024 Å20.0114 Å2-0.0871 Å2-0.0177 Å2--0.0884 Å2
L0.6088 °2-0.3268 °20.5521 °2-0.7923 °2-0.6933 °2--0.7969 °2
S0.0396 Å °0.0044 Å °-0.0026 Å °-0.0402 Å °0.0379 Å °0.0179 Å °0.0565 Å °-0.0336 Å °0.1169 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 576
2X-RAY DIFFRACTION1allA403 - 405
3X-RAY DIFFRACTION1allB-1 - 317
4X-RAY DIFFRACTION1allB401 - 539
5X-RAY DIFFRACTION1allB403 - 405
6X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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