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- PDB-5vrc: Crystal structure for Methylobacterium extorquens PqqC (truncatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vrc
タイトルCrystal structure for Methylobacterium extorquens PqqC (truncation of natural CD fusion)
要素Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D
キーワードOXIDOREDUCTASE / PQQ / oxidase / alpha-helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroloquinoline-quinone synthase / pyrroloquinoline-quinone synthase activity / pyrroloquinoline quinone biosynthetic process / : / sulfur compound metabolic process / quinone binding
類似検索 - 分子機能
Coenzyme PQQ synthesis D, bacteria / Coenzyme PQQ synthesis protein D / Coenzyme PQQ synthesis protein D superfamily / Coenzyme PQQ synthesis protein D (PqqD) / Coenzyme PQQ biosynthesis protein C / Pyrroloquinoline-quinone synthase-like / Thiaminase-2/PQQC / TENA/THI-4/PQQC family / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A ...Coenzyme PQQ synthesis D, bacteria / Coenzyme PQQ synthesis protein D / Coenzyme PQQ synthesis protein D superfamily / Coenzyme PQQ synthesis protein D (PqqD) / Coenzyme PQQ biosynthesis protein C / Pyrroloquinoline-quinone synthase-like / Thiaminase-2/PQQC / TENA/THI-4/PQQC family / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacterium extorquens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Evans III, R.L. / Wilmot, C.M. / Esler, M.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM66569 (C.M.W.) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-118117 (J.P.K.) 米国
引用ジャーナル: Not published
タイトル: Crystal structures for Methylobacterium extorquens PqqC from the CD natural fusion and the C truncation
著者: Evans III, R.L. / Esler, M.A. / Latham, J.A. / Klinman, J.P. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D
B: Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D
C: Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D
D: Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,3724
ポリマ－127,3724
非ポリマー00
水1,51384
1
A: Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D
C: Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, PqqC is a physiological monomer in most species (few are naturally fused as Methylobacterium extorquens PqqCD is). This truncation from the CD natural fusion is monomeric like most ...根拠: homology, PqqC is a physiological monomer in most species (few are naturally fused as Methylobacterium extorquens PqqCD is). This truncation from the CD natural fusion is monomeric like most independent PqqCs., native gel electrophoresis, When expressed separately as independent proteins, both PqqD (truncation) and PqqC (truncation) run separately.
  • 63.7 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6862
ポリマ－63,6862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
2
B: Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D
D: Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6862
ポリマ－63,6862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.501, 114.185, 145.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D / Pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein C/D


分子量: 31843.119 Da / 分子数: 4 / 断片: C domain residues 1-260 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: pqqCD, MexAM1_META1p1749 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49150, pyrroloquinoline-quinone synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 500 microL well volumes. Drops suspended on siliconized glass. Protein solution: 8.0 mg/mL protein in buffer (50 mM Tris, pH 8.0, 200mM sodium chloride). Well solution: 100 mM HEPES, pH 8.07, ...詳細: 500 microL well volumes. Drops suspended on siliconized glass. Protein solution: 8.0 mg/mL protein in buffer (50 mM Tris, pH 8.0, 200mM sodium chloride). Well solution: 100 mM HEPES, pH 8.07, 200 mM sodium chloride, and 23.75% w/v PEG-3350. All water used in well solution buffers was 0.55 mM sodium azide for fungal growth suppression. Protein:well solution was 1:1 (1 microL to 1 microL)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.51 Å / Num. obs: 69169 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 14.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1otv

1otv


解像度: 2→29.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.516 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23634 3492 5.1 %RANDOM
Rwork0.19719 ---
obs0.19918 65610 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→29.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6964 0 0 84 7048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0197151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4571.9389722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.448314677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8115893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.45722.194319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.105151045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6781556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2410.21069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.028079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9782.4573608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9782.4573607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8293.6694489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8293.6694490
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4092.7153543
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4092.7153544
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6063.9725234
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.84429.2148284
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.83829.28278
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.004→2.056 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 196 -
Rwork0.261 3553 -
obs--73.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79070.22560.12921.20180.5492.06420.05050.03030.1071-0.0702-0.00930.0459-0.1908-0.0961-0.04120.03180.0226-0.00030.0370.03150.1425-21.93279.4469-31.7764
20.59650.0550.02220.64660.00531.69240.02870.01520.06290.01670.00670.0284-0.2237-0.1456-0.03540.03260.01810.02240.0861-0.01830.1929-37.229413.40380.6663
31.11310.1376-0.25620.9162-0.43022.384-0.00230.0011-0.0271-0.0944-0.02450.03610.450400.02670.11160.0077-0.00960.003-0.00820.1254-20.535-16.8398-26.8734
41.11860.1583-0.58330.80710.17431.5549-0.0225-0.0761-0.06590.03620.0051-0.00910.22230.07060.01750.0397-0.00820.00380.08050.02850.1389-23.0999-8.83478.5129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 257
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3C15 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4D16 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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