PDB-5vr2: mouse myocilin leucine zipper C-terminal 7 heptad repeat

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vr2

タイトル

mouse myocilin leucine zipper C-terminal 7 heptad repeat

要素

Myocilin

キーワード

SIGNALING PROTEIN / coiled coil / disulfide bond / extracellular matrix / trabecular meshwork / leucine zipper

機能・相同性

機能・相同性情報

skeletal muscle hypertrophy / clustering of voltage-gated sodium channels / myosin light chain binding / non-canonical Wnt signaling pathway / myelination in peripheral nervous system / frizzled binding / node of Ranvier / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / ERBB2-ERBB3 signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.922 Å

データ登録者

Lieberman, R.L. / Hill, S.E.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structure and Misfolding of the Flexible Tripartite Coiled-Coil Domain of Glaucoma-Associated Myocilin.
著者: Hill, S.E. / Nguyen, E. / Donegan, R.K. / Patterson-Orazem, A.C. / Hazel, A. / Gumbart, J.C. / Lieberman, R.L.

履歴

登録	2017年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vr2.cif.gz	98.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vr2.ent.gz	77.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vr2_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vr2_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	5vr2_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	5vr2_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/5vr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/5vr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4n6j-d 2z5i-3 2z5i-4 2z5i-2 2z5i-1 4c7n-d 391d-d 1h03-1 3nmd-3 5d5y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Myocilin

B: Myocilin

C: Myocilin

D: Myocilin

23.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Myocilin

B: Myocilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, A,B C,D
11.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Myocilin

D: Myocilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.129, 48.746, 55.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-247- HOH
2	1	B-256- HOH
3	1	B-259- HOH
4	1	C-233- HOH
5	1	C-238- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Myocilin / Trabecular meshwork-induced glucocorticoid response protein 分子量: 5958.507 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 122-171 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myoc, Tigr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O70624
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M BisTris pH 5.5, and 17% PEG 10,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→41.881 Å / Num. obs: 23662 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.129 / Χ²: 1.322 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 142081

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	2.9	0.652	0.367	0.382	0.761	0.547	80.7
1.73-1.76	3.5	0.74	0.724	0.396	0.844	0.635	85.8
1.76-1.79	4	0.736	0.799	0.367	0.826	0.484	91.1
1.79-1.83	4.5	0.71	0.808	0.336	0.788	0.536	96
1.83-1.87	4.9	0.548	0.915	0.252	0.606	0.564	98.3
1.87-1.91	5.3	0.543	0.932	0.243	0.596	0.571	100
1.91-1.96	5.8	0.486	0.94	0.21	0.53	0.593	100
1.96-2.02	6.1	0.388	0.963	0.166	0.423	0.653	100
2.02-2.07	6.3	0.335	0.973	0.142	0.365	0.74	100
2.07-2.14	6.4	0.256	0.984	0.107	0.277	0.826	100
2.14-2.22	6.5	0.222	0.984	0.093	0.241	0.918	100
2.22-2.31	6.6	0.195	0.988	0.081	0.212	1.037	100
2.31-2.41	6.9	0.18	0.991	0.074	0.195	1.158	100
2.41-2.54	7	0.173	0.992	0.071	0.187	1.222	100
2.54-2.7	7.2	0.15	0.994	0.061	0.162	1.402	100
2.7-2.91	7.2	0.128	0.994	0.052	0.138	1.674	100
2.91-3.2	7.1	0.109	0.994	0.045	0.118	2.03	100
3.2-3.66	7	0.085	0.996	0.035	0.092	2.43	100
3.66-4.61	6.9	0.069	0.995	0.029	0.075	2.744	100
4.61-50	6.6	0.074	0.995	0.033	0.081	2.922	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
SERGUI		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-3000		データ削減
AMPLE		位相決定
HKL		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.922→41.881 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2395	1616	9.94 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.192	16261	96.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.922→41.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1640	0	0	178	1818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1649
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.745	2203
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.047	1188
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	237
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	310

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9219-1.9784	0.3041	110	0.2386	991	X-RAY DIFFRACTION	78
1.9784-2.0423	0.3226	122	0.2182	1146	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0423-2.1153	0.2698	129	0.2131	1201	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1153-2.2	0.2734	134	0.1955	1194	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2-2.3001	0.2499	137	0.1914	1243	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3001-2.4213	0.2879	137	0.2016	1241	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4213-2.573	0.2304	139	0.2089	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.573-2.7716	0.2657	137	0.1957	1240	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7716-3.0505	0.263	142	0.1949	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0505-3.4917	0.2372	142	0.1851	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4917-4.3984	0.1836	142	0.1534	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3984-41.8906	0.2281	145	0.1867	1288	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4735	-4.468	2.5654	8.3663	-4.8489	2.7468	-0.3797	-0.2221	0.0198	0.9963	-0.326	-0.5978	-0.9748	0.8612	0.8755	0.4047	-0.0799	-0.0491	0.6409	-0.0824	0.3489	-6.0984	19.0086	89.6723
2	6.8633	2.0501	5.4034	2.0995	2.7815	5.5467	-0.2262	-0.0073	0.2414	-0.0608	-0.1149	0.0751	-0.2797	-0.2197	0.3301	0.2145	-0.001	0.0009	0.1782	-0.019	0.2432	-23.3959	14.1421	58.067
3	6.151	2.6596	2.4979	8.9324	6.0022	6.9156	0.1197	-0.1494	0.1288	0.4965	0.2315	0.0375	-0.1017	0.2493	-0.266	0.298	-0.0517	-0.0078	0.5651	0.0517	0.2394	-15.2818	14.402	90.5066
4	3.5224	0.0572	1.0614	0.905	0.955	2.383	-0.145	0.2281	-0.3264	0.037	0.0274	0.0625	0.1967	0.1268	0.1717	0.1733	-0.0155	0.0167	0.1527	-0.0203	0.2498	-20.9765	6.2914	55.5472
5	9.2184	4.2884	-6.0469	7.514	-2.5382	4.0421	0.0625	-1.4397	-0.7743	0.4791	-0.5189	-0.1254	-0.3125	0.2532	0.2684	0.2932	0.0353	-0.0515	0.8598	-0.01	0.2977	-32.3621	-14.8275	83.7515
6	9.1017	2.8823	-4.3444	3.9162	-1.9612	4.5592	0.1266	0.0387	0.4179	-0.0035	0.0479	-0.065	-0.5867	0.4628	-0.4286	0.2437	-0.0033	-0.0686	0.3249	0.003	0.305	-10.141	-5.7789	56.9289
7	5.8719	-3.9822	-6.0488	2.8089	4.1522	6.2896	-0.7547	-0.0144	-0.3386	0.5926	0.0308	0.4845	0.2945	-0.3845	0.7366	0.3224	-0.0006	-0.0045	0.5873	0.1175	0.3881	-41.8474	-20.2941	81.0796
8	6.2325	2.0211	-2.9596	1.406	-1.1515	5.6918	-0.2727	-0.2739	-0.706	-0.0816	0.0477	-0.2489	0.2327	0.4482	-0.2047	0.2483	0.0921	-0.0315	0.1952	0.026	0.3182	-11.512	-14.3557	62.3105

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 122:132)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 133:171)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 122:137)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 138:171)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 122:141)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 142:171)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 122:132)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 133:171)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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