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- PDB-5vob: Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vob
タイトルCrystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 5
  • Fab 8I21 heavy chain
  • Fab 8I21 light chain
キーワードViral Protein/Immune System / HCMV / neutralizing epitope / immunogen / viral entry / Pentamer / vaccine / Viral Protein-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / host cell endosome membrane / HCMV Late Events / HCMV Early Events / host cell Golgi apparatus / adaptive immune response / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / immune response / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...immunoglobulin complex / host cell endosome membrane / HCMV Late Events / HCMV Early Events / host cell Golgi apparatus / adaptive immune response / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / immune response / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain ...Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein UL130 / Protein UL131A / Uncharacterized protein UL128 / Envelope glycoprotein L / Ig-like domain-containing protein / Envelope glycoprotein H / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Malito, E. / Chandramouli, S.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Structural basis for potent antibody-mediated neutralization of human cytomegalovirus.
著者: Chandramouli, S. / Malito, E. / Nguyen, T. / Luisi, K. / Donnarumma, D. / Xing, Y. / Norais, N. / Yu, D. / Carfi, A.
履歴
登録2017年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22017年8月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.32017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
C: Envelope glycoprotein UL128
D: Envelope glycoprotein UL130
E: Envelope glycoprotein UL131A
H: Fab 8I21 heavy chain
L: Fab 8I21 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,10218
ポリマ－233,3037
非ポリマー2,79911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31660 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area73750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.163, 145.422, 173.658
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Envelope glycoprotein ... , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein H / gH


分子量: 82415.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
株: Merlin / 遺伝子: gH, UL75 / Cell (発現宿主): embryonic kidney / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6SW67
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein L / gL


分子量: 30846.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain 5508) (ヘルペスウイルス)
株: 5508 / 遺伝子: gL, UL115 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q68674
#3: タンパク質 Envelope glycoprotein UL128


分子量: 19777.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 遺伝子: UL128 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16837
#4: タンパク質 Envelope glycoprotein UL130


分子量: 28664.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス)
株: Merlin / 遺伝子: UL130 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F5HCP3
#5: タンパク質 Envelope glycoprotein UL131A


分子量: 15011.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス)
株: Merlin / 遺伝子: UL131A / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F5HET4

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#6: 抗体 Fab 8I21 heavy chain


分子量: 30873.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291
#7: 抗体 Fab 8I21 light chain / Ig kappa chain V-III region CLL / Ig kappa chain V-III region POM


分子量: 25714.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKV3-15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX0

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糖 , 2種, 11分子

#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 10% (wt/vol) PEG400 10% isopropanol 2% (wt/vol) benzamidine 0.1M Tris pH 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.4 Å / Num. obs: 62201 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 103.93 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.277 / Net I/σ(I): 8.87
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 11.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 72320 / CC1/2: 0.362 / Rsym value: 3.28 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→49.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.781 / SU Rfree Blow DPI: 0.33 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 3166 5.09 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 62185 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 94.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6458 Å20 Å20 Å2
2---20.4127 Å20 Å2
3---12.7669 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.02→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13920 0 179 0 14099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114469HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1819719HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6618SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes318HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2113HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14469HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.7
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1929SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16371SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.1 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 193 4.36 %
Rwork0.254 4232 -
all0.256 4425 -
obs--96.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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