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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vo7
タイトルNMR Assignment and Structure of Thioredoxin (Rv1471 ortholog) from Mycobacterium smegmatis ATCC 700084 / mc(2)155
要素Thioredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / PROTEIN NMR Thioredoxin Mycobacterium smegmatis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol ether metabolic process / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin / Thioredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Barnwal, R.P. / Varani, G. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Assignment and Structure of Thioredoxin (Rv1471 ortholog) type protein from Mycobacterium smegmatis ATCC 700084 / mc(2)155
著者: Barnwal, R.P. / Varani, G.
履歴
登録2017年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6341
ポリマ－11,6341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 11634.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: trxA_2, ERS451418_06713 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6J3B8, UniProt: O30974*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic23D CBCA(CO)NH
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D HNCO
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY
181isotropic23D HBHA(CO)NH
171isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Thioredoxin (Rv1471 ortholog) from Mycobacterium smegmatis ATCC 700084 / mc(2)15513C, 93% H2O/7% D2O
Label: 13C 15N / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料濃度: 1.1 mM
構成要素: Thioredoxin (Rv1471 ortholog) from Mycobacterium smegmatis ATCC 700084 / mc(2)15513C
Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: Conditions_1 / pH: 6 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AnalysisCCPNchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNMRCCPNpeak picking
CcpNMRCCPNデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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