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- PDB-5vnt: Solution NMR Structure of the C-terminal Headpiece Domain of Vill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vnt
タイトルSolution NMR Structure of the C-terminal Headpiece Domain of Villin 4 from A.thaliana, the First Non-Vertebrate Headpiece Structure
要素Villin-4
キーワードPROTEIN BINDING / villin / headpiece
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic streaming / root hair elongation / response to abscisic acid / actin filament severing / actin filament capping / actin filament depolymerization / actin filament organization / actin filament binding / cytoskeleton / mRNA binding ...cytoplasmic streaming / root hair elongation / response to abscisic acid / actin filament severing / actin filament capping / actin filament depolymerization / actin filament organization / actin filament binding / cytoskeleton / mRNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Villin Headpiece Domain; Chain A / Villin headpiece domain / Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain ...Villin Headpiece Domain; Chain A / Villin headpiece domain / Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Miears, H.L. / Smirnov, S.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
WWURSP Pilot Project 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2018
タイトル: Plant Villin Headpiece Domain Demonstrates a Novel Surface Charge Pattern and High Affinity for F-Actin.
著者: Miears, H.L. / Gruber, D.R. / Horvath, N.M. / Antos, J.M. / Young, J. / Sigurjonsson, J.P. / Klem, M.L. / Rosenkranz, E.A. / Okon, M. / McKnight, C.J. / Vugmeyster, L. / Smirnov, S.L.
履歴
登録2017年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Villin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5011
ポリマ-7,5011
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Villin-4


分子量: 7500.623 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 921-983 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: VLN4, At4g30160, F6G3.190, F9N11.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O65570

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic115N-HSQC
123isotropic213C-HSQC
133isotropic33D HN(CA)CB
143isotropic33D CBCA(CO)NH
153isotropic33D HNCO
163isotropic33D HN(CA)CO
173isotropic33D 1H-15N NOESY
183isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
193isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
1103isotropic33D C(CO)NH
1113isotropic33D HCC(CO)NH
1123isotropic33D HBHA(CO)NH
1133isotropic22D (HB)CB(CGCD)HD

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution31.0 mM atVHP, 20.0 mM PIPES, 50 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O13C/15N-atVHP7690% H2O/10% D2O
solution51.0 mM atVHP, 20.0 mM PIPES, 50 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2OatVHP76 unlabled90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMatVHPnone3
20.0 mMPIPESnone3
50 mMsodium chloridenone3
0.01 %sodium azidenone3
1.0 mMatVHPnone5
20.0 mMPIPESnone5
50 mMsodium chloridenone5
0.01 %sodium azidenone5
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: Standard buffer / pH: 6.8 / : 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001TCI probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002TCI probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8503TCI probe

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe8.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
NMRView9Johnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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