PDB-5vn6: Crystal structure of Taurine dioxygenase from Burkholderia ambifaria

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vn6

タイトル

Crystal structure of Taurine dioxygenase from Burkholderia ambifaria

要素

Taurine dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

taurine dioxygenase / taurine dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia ambifaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Taurine dioxygenase from Burkholderia ambifaria
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vn6.cif.gz	233.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vn6.ent.gz	185.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vn6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vn6_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vn6_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	5vn6_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	5vn6_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/5vn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/5vn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pvjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4b8a-d 3a24-1 6de1-d 3a24-2 3c4z-d 5ta0-1 4izd-d 5e1q-2 5xfm-2 6a1e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuamA.00024.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Taurine dioxygenase

B: Taurine dioxygenase

ヘテロ分子

65.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.180, 84.890, 95.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.530, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 1 or (resid 2 and (name...
2	1	(chain B and (resid 1 through 84 or (resid 92...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	MET	MET	(chain A and (resid 1 or (resid 2 and (name...	A	A	1	9
1	2	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain A and (resid 1 or (resid 2 and (name...	A	A	2	10
1	3	MET	MET	PHE	PHE	(chain A and (resid 1 or (resid 2 and (name...	A	A	1 - 282	9 - 290
1	4	MET	MET	PHE	PHE	(chain A and (resid 1 or (resid 2 and (name...	A	A	1 - 282	9 - 290
1	5	MET	MET	PHE	PHE	(chain A and (resid 1 or (resid 2 and (name...	A	A	1 - 282	9 - 290
1	6	MET	MET	PHE	PHE	(chain A and (resid 1 or (resid 2 and (name...	A	A	1 - 282	9 - 290
2	1	MET	MET	LYS	LYS	(chain B and (resid 1 through 84 or (resid 92...	B	B	1 - 84	9 - 92
2	2	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain B and (resid 1 through 84 or (resid 92...	B	B	92	100
2	3	MET	MET	PHE	PHE	(chain B and (resid 1 through 84 or (resid 92...	B	B	1 - 282	9 - 290
2	4	MET	MET	PHE	PHE	(chain B and (resid 1 through 84 or (resid 92...	B	B	1 - 282	9 - 290
2	5	MET	MET	PHE	PHE	(chain B and (resid 1 through 84 or (resid 92...	B	B	1 - 282	9 - 290
2	6	MET	MET	PHE	PHE	(chain B and (resid 1 through 84 or (resid 92...	B	B	1 - 282	9 - 290

#1: タンパク質	Taurine dioxygenase 分子量: 32882.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (strain MC40-6) (バクテリア) 株: MC40-6 / 遺伝子: BamMC406_1605 / プラスミド: BuamA.00024.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1YQF4, taurine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.65 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, D6: 18% PEG 8000, 100mM Tris base/HCl pH 7.65, 200mM MgCl2: BuamA.00024.a.B1.PS02503 at 20.9mg/ml : cryo: 20% EG: tray 267365D6, puck PRV7-6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月3日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→40.465 Å / Num. obs: 35488 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.21 % / B_iso Wilson estimate: 36.43 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 0.985 / Net I/σ(I): 19.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	4.252	0.569	2.82	2598	0.836	0.652	99.9
2.15-2.21	4.245	0.47	3.32	2545	0.912	0.538	99.8
2.21-2.28	4.234	0.339	4.58	2462	0.937	0.388	99.6
2.28-2.35	4.248	0.296	5.14	2444	0.943	0.339	99.7
2.35-2.42	4.265	0.237	6.33	2330	0.961	0.271	100
2.42-2.51	4.271	0.167	8.65	2247	0.982	0.191	100
2.51-2.6	4.273	0.157	9.11	2182	0.983	0.18	99.8
2.6-2.71	4.272	0.12	11.72	2084	0.989	0.138	99.4
2.71-2.83	4.255	0.092	14.96	2033	0.992	0.105	99.9
2.83-2.97	4.24	0.069	19.23	1913	0.995	0.079	99.6
2.97-3.13	4.242	0.055	23.52	1845	0.997	0.063	99.7
3.13-3.32	4.217	0.043	29.92	1740	0.998	0.049	100
3.32-3.55	4.184	0.034	35.16	1646	0.999	0.039	99.8
3.55-3.83	4.12	0.031	40.25	1512	0.998	0.036	99.9
3.83-4.2	4.066	0.027	45.16	1406	0.998	0.031	99.4
4.2-4.7	4.098	0.024	49.2	1265	0.999	0.028	99.8
4.7-5.42	4.115	0.023	50.2	1129	0.999	0.027	99.4
5.42-6.64	4.109	0.023	48.67	959	0.999	0.026	100
6.64-9.39	4.066	0.021	52.14	741	0.999	0.025	99.5
9.39-40.465	3.6	0.019	52.51	407	0.999	0.022	95.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX		モデル構築
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	(dev_2747)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
COMO		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3pvj

3pvj

解像度: 2.1→40.465 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2047	1978	5.58 %
R_work	0.1647	-	-
obs	0.167	35477	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.92 Å² / B_iso mean: 51.1444 Å² / B_iso min: 21.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→40.465 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4188	0	2	290	4480
B_iso mean	-	-	47.88	46.44	-
残基数	-	-	-	-	541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888	5885
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	638
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	781
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.411	2537

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2423	X-RAY DIFFRACTION	5.925	TORSIONAL
1	2	B	2423	X-RAY DIFFRACTION	5.925	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1526	0.2768	123	0.2212	2373	2496	100
2.1526-2.2107	0.2706	126	0.2115	2401	2527	100
2.2107-2.2758	0.2254	146	0.1837	2369	2515	100
2.2758-2.3492	0.2424	130	0.1881	2422	2552	100
2.3492-2.4332	0.2593	139	0.1731	2390	2529	100
2.4332-2.5306	0.2364	135	0.178	2368	2503	100
2.5306-2.6458	0.2398	147	0.1904	2381	2528	100
2.6458-2.7852	0.2526	153	0.1886	2380	2533	100
2.7852-2.9597	0.2428	140	0.1796	2386	2526	100
2.9597-3.1881	0.2223	152	0.1793	2382	2534	100
3.1881-3.5088	0.2129	144	0.1694	2392	2536	100
3.5088-4.0161	0.1936	149	0.1464	2402	2551	100
4.0161-5.0583	0.149	162	0.1291	2398	2560	100
5.0583-40.473	0.179	132	0.1618	2455	2587	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6831	-0.4184	1.4979	1.5176	-0.9399	3.4839	-0.0895	0.6707	-0.1684	-0.4145	-0.1157	0.3567	0.1304	-0.1896	0.1695	0.4419	-0.1144	-0.0574	0.4609	-0.1264	0.3184	12.7568	-2.6191	6.6203
2	1.3848	-0.072	0.0502	0.3961	0.4453	3.7102	-0.1983	0.1984	0.048	-0.1498	-0.0287	0.1416	-0.1494	-0.5235	0.2023	0.2808	-0.0698	-0.0474	0.2756	-0.0306	0.3612	13.0705	1.6587	27.4321
3	1.3428	0.2977	-0.7624	0.247	0.2566	1.4442	-0.1958	0.4721	-0.0531	-0.3224	0.1811	-0.4214	-0.2643	1.2153	0.1615	0.56	-0.408	0.031	1.102	0.0881	0.4926	48.0404	10.1846	14.8067
4	1.4565	0.4288	0.1245	0.566	0.018	2.8308	-0.2898	0.2231	-0.0504	-0.1163	0.1019	-0.1479	-0.2375	0.9205	0.1361	0.3245	-0.1302	-0.0103	0.468	0.0554	0.397	39.9829	8.0211	33.2681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 78 )	A	1 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 282 )	A	79 - 282
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 95 )	B	1 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 96 through 282 )	B	96 - 282

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