PDB-5vn5: Crystal structure of LigY from Sphingobium sp. strain SYK-6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vn5

タイトル

Crystal structure of LigY from Sphingobium sp. strain SYK-6

要素

2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

キーワード

HYDROLASE / amidohydrolase / lignin degradation / meta-cleavage product hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kuatsjah, E. / Chan, A.C.K. / Kobylarz, M.J. / Murphy, M.E.P. / Eltis, L.D.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The bacterialmeta-cleavage hydrolase LigY belongs to the amidohydrolase superfamily, not to the alpha / beta-hydrolase superfamily.
著者: Kuatsjah, E. / Chan, A.C.K. / Kobylarz, M.J. / Murphy, M.E.P. / Eltis, L.D.

履歴

登録	2017年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vn5.cif.gz	567.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vn5.ent.gz	479 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vn5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/5vn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/5vn5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6e6i-2 6e6i-1 6mvf-1 5c2i-d 6mvf-2 6hu2-d 6gxu-d 6hsg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

B: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

C: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

ヘテロ分子

115 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

B: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

C: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

ヘテロ分子

A: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

B: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

C: 2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS
229 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.020, 195.361, 178.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-561- HOH

#1: タンパク質	2,2',3-trihydroxy-3'-methoxy-5,5'-dicarboxybiphenyl meta-cleavage compound hydrolase 分子量: 38119.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NBRC 103272 由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア) 遺伝子: ligY, SLG_07750 / プラスミド: pET41b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G2IN02
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris-Cl, pH 7.5, 0.2 M lithium sulfate, ~24% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→59.42 Å / Num. obs: 82888 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.28 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 13.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.94	6.1	0.515	0.825	0.226	0.563	100
9.87-59.42	5.3	0.039	0.998	0.018	0.043	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.35 Å	48.23 Å
Translation	5.35 Å	48.23 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.14	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→54.614 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.189	4252	5.13 %	Random selection
R_work	0.1624	-	-	-
obs	0.1638	82836	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.58 Å² / B_iso mean: 34.4641 Å² / B_iso min: 12.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→54.614 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7838	0	4	535	8377
B_iso mean	-	-	24.92	34.35	-
残基数	-	-	-	-	998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8143
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853	11073
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1181
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1464
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.457	4849

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9-1.9216	0.2341	148	0.2164	2557	2705
1.9216-1.9442	0.2566	127	0.2073	2601	2728
1.9442-1.9679	0.237	163	0.2038	2562	2725
1.9679-1.9928	0.2208	131	0.1979	2623	2754
1.9928-2.019	0.2312	145	0.186	2559	2704
2.019-2.0467	0.2044	154	0.1935	2594	2748
2.0467-2.0759	0.2151	134	0.1843	2605	2739
2.0759-2.1069	0.2177	137	0.1753	2568	2705
2.1069-2.1399	0.2054	136	0.1777	2641	2777
2.1399-2.1749	0.2045	145	0.1671	2563	2708
2.1749-2.2124	0.2225	139	0.1641	2612	2751
2.2124-2.2527	0.2009	136	0.1625	2577	2713
2.2527-2.296	0.1494	122	0.1569	2650	2772
2.296-2.3429	0.1932	145	0.1544	2580	2725
2.3429-2.3938	0.1911	159	0.1576	2604	2763
2.3938-2.4495	0.1928	153	0.1603	2567	2720
2.4495-2.5108	0.1952	159	0.1645	2626	2785
2.5108-2.5786	0.1895	117	0.1546	2608	2725
2.5786-2.6545	0.1869	152	0.161	2599	2751
2.6545-2.7402	0.2113	136	0.1623	2641	2777
2.7402-2.8381	0.1923	150	0.1522	2612	2762
2.8381-2.9518	0.1844	141	0.1574	2602	2743
2.9518-3.0861	0.1752	148	0.1561	2632	2780
3.0861-3.2488	0.1787	133	0.159	2635	2768
3.2488-3.4523	0.209	148	0.1578	2619	2767
3.4523-3.7188	0.1701	150	0.1442	2650	2800
3.7188-4.0929	0.1664	149	0.1383	2668	2817
4.0929-4.6849	0.1381	139	0.1343	2674	2813
4.6849-5.9013	0.1667	127	0.1614	2717	2844
5.9013-54.6366	0.2257	129	0.2046	2838	2967

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2597	-0.5494	1.5038	2.6028	-0.3786	2.5464	-0.1734	-0.1431	0.2445	0.3223	0.0146	-0.0277	-0.5649	0.0805	0.1127	0.2348	-0.0427	-0.0132	0.2305	-0.0064	0.1893	-11.4979	-5.1928	-14.0433
2	1.1099	0.1547	0.243	1.8516	-0.0129	1.3851	-0.0134	0.0686	0.0114	0.0126	-0.0133	-0.1586	-0.1417	0.2963	-0.0021	0.0905	-0.0295	-0.0006	0.2415	0.0298	0.1682	-7.551	-16.7553	-25.4315
3	2.7896	0.1363	0.568	2.8373	0.6035	1.9846	0.1074	0.0525	-0.3837	-0.0121	0.0116	-0.2405	0.3593	0.2794	-0.1563	0.1328	0.05	-0.0389	0.2026	0.0615	0.2628	-10.2041	-36.1348	-18.0446
4	2.0605	-0.3801	0.4344	2.5305	0.3959	1.4061	-0.0492	-0.3473	-0.1505	0.503	0.06	-0.2225	0.1391	0.3358	-0.0371	0.2253	0.0086	-0.0725	0.3183	0.0516	0.2017	-6.0338	-24.6694	-4.7321
5	0.9235	0.2636	-0.7304	2.387	-1.2299	1.0439	0.3717	0.0574	-0.3791	-0.4424	0.159	0.2695	0.7641	-0.4822	-0.185	0.448	-0.1184	-0.1963	0.2892	0.1023	0.4202	-35.4105	-47.4694	-37.9681
6	0.1763	-0.07	-0.1016	1.7017	-1.0815	0.8337	0.3344	-0.0161	-0.5619	-0.1402	0.0001	0.1806	0.9762	-0.5299	-0.128	0.6345	-0.2092	-0.2657	0.1434	0.1357	0.4882	-33.2825	-50.6206	-31.8459
7	0.9009	0.3205	0.3676	0.6716	-0.2133	1.1018	0.1475	-0.2042	-0.133	-0.1088	0.1742	0.2136	0.3535	-0.7	0.0208	0.0338	-0.0967	-0.025	0.4207	0.1447	0.3323	-36.9313	-34.4647	-24.0454
8	2.1287	0.8347	-0.1423	3.8115	0.6483	3.232	0.1676	-0.4264	-0.0593	0.3369	-0.0485	0.1307	0.0547	-0.2635	-0.1169	0.1468	-0.0337	0.0141	0.2771	0.0697	0.161	-25.7649	-32.1871	-9.3762
9	0.8508	0.805	-0.1208	0.9637	0.4637	3.1882	0.3395	-0.3797	-0.4481	0.1193	0.2047	0.1535	0.8894	-0.0945	0.6636	0.4689	-0.1013	-0.1188	0.2996	0.2169	0.3905	-25.5204	-49.7312	-12.5454
10	1.0129	-0.4281	-0.1049	2.7908	1.2655	1.481	-0.1145	-0.149	0.0545	0.3935	-0.0045	-0.3422	-0.3069	0.2257	-0.0584	0.4508	-0.0261	-0.0965	0.1854	-0.0077	0.2173	-26.3882	10.726	-18.2047
11	0.967	-0.2072	-0.049	1.3031	-0.0954	1.6832	-0.0603	-0.0119	-0.0207	0.1269	-0.0449	0.183	-0.2034	-0.1553	0.1113	0.2442	0.0225	-0.0303	0.124	-0.0259	0.1748	-39.1397	8.7301	-28.916
12	1.2514	-0.5614	-0.8681	1.9424	-0.1914	1.2573	-0.0265	-0.0156	0.1458	0.2391	-0.1104	0.0095	-0.8078	-0.0969	0.0972	0.5759	0.0455	-0.114	0.1657	-0.016	0.2487	-35.5681	27.0634	-34.8235

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 82 )	A	1 - 82
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 225 )	A	83 - 225
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 226 through 272 )	A	226 - 272
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 273 through 332 )	A	273 - 332
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 37 )	B	1 - 37
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 38 through 103 )	B	38 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 104 through 225 )	B	104 - 225
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 226 through 272 )	B	226 - 272
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 273 through 332 )	B	273 - 332
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 82 )	C	1 - 82
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 83 through 225 )	C	83 - 225
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 226 through 334 )	C	226 - 334

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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