PDB-5vmk: Crystal structure of a bifunctional GlmU UDP-N-acetylglucosamine ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vmk

タイトル

Crystal structure of a bifunctional GlmU UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1- phosphate N-acetyltransferase from Acinetobacter baumannii

要素

Bifunctional protein GlmU

キーワード

TRANSFERASE / NIAID / cSMRT / citrate / structural genomics / mutli-domain protein / bifunctional protein / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell morphogenesis / cell wall organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a bifunctional GlmU UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1- phosphate N-acetyltransferase from Acinetobacter baumannii
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2017年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vmk.cif.gz	488.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vmk.ent.gz	399.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vmk_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vmk_full_validation.pdf.gz	507.6 KB	表示
XML形式データ	5vmk_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	5vmk_validation.cif.gz	68.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/5vmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/5vmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oi6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2oi7-2 2oi6-2 4knx-1 4knr-1 4fce-1 4e1k-1 1hv9-2 2vd4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AcbaC.00150.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (4) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (4)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (4)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (5)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional protein GlmU

B: Bifunctional protein GlmU

C: Bifunctional protein GlmU

ヘテロ分子

151 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.620, 96.620, 262.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Bifunctional protein GlmU 分子量: 49950.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: glmU, ABUW_0090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D5YCC7, UniProt: B0VPT6*PLUS, glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: AcbaC.00150.a.B1.PW37634 at 19.3 mg/mL against JCSG+ screen condition C6 40% PEG 300, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, crystal tracking ID 261513c6, unique puck ID epp4-5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→47.512 Å / Num. obs: 47221 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.535 % / B_iso Wilson estimate: 44.69 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.979 / Net I/σ(I): 17.89

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.55-2.62	5.64	0.52	3.62	3446	0.91	0.574	99.9
2.62-2.69	5.652	0.453	4.13	3327	0.916	0.499	99.9
2.69-2.77	5.641	0.415	4.39	3274	0.932	0.457	100
2.77-2.85	5.637	0.322	5.61	3182	0.956	0.355	99.9
2.85-2.94	5.629	0.222	7.72	3064	0.978	0.245	100
2.94-3.05	5.617	0.2	8.57	2987	0.984	0.221	100
3.05-3.16	5.613	0.148	11.28	2870	0.99	0.163	99.9
3.16-3.29	5.603	0.11	14.3	2781	0.995	0.121	99.9
3.29-3.44	5.603	0.089	16.8	2678	0.997	0.099	100
3.44-3.61	5.562	0.07	20.62	2551	0.998	0.077	99.9
3.61-3.8	5.535	0.055	24.7	2457	0.999	0.061	99.8
3.8-4.03	5.546	0.05	27.06	2315	0.999	0.055	99.9
4.03-4.31	5.468	0.041	31.46	2173	0.999	0.046	99.8
4.31-4.66	5.427	0.034	33.18	2046	0.999	0.038	99.4
4.66-5.1	5.466	0.034	34.49	1873	0.999	0.038	99.2
5.1-5.7	5.386	0.037	33.82	1730	0.999	0.041	99.9
5.7-6.58	5.334	0.034	34.95	1518	0.999	0.038	99.8
6.58-8.06	5.255	0.028	39.97	1318	1	0.031	99.8
8.06-11.4	4.972	0.022	49.02	1041	1	0.025	99.7
11.4-47.512	4.466	0.021	47.02	590	1	0.024	91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2744: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2oi6

2oi6

解像度: 2.55→47.512 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	1943	4.13 %
R_work	0.1846	-	-
obs	0.1872	47068	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→47.512 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9271	0	83	308	9662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9483
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.884	12892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.374	5608
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1548
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1693

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.6138	0.3048	146	0.2162	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6138-2.6845	0.2789	137	0.2101	3167	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6845-2.7634	0.2728	124	0.2117	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7634-2.8526	0.2809	140	0.2104	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8526-2.9546	0.3207	114	0.1997	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9546-3.0728	0.2877	120	0.2019	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0728-3.2127	0.2515	150	0.2033	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2127-3.382	0.2549	142	0.1998	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
3.382-3.5938	0.2723	124	0.184	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5938-3.8712	0.2383	160	0.164	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8712-4.2605	0.2058	120	0.1481	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2605-4.8765	0.2049	143	0.1442	3208	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8765-6.1418	0.2366	165	0.1929	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1418-47.5198	0.2516	158	0.2034	3409	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3021	-0.4289	1.8883	1.6817	-0.5449	4.0519	0.1	-0.0745	-0.2636	-0.04	-0.2001	-0.2837	0.2825	0.7169	0.0858	0.3738	0.0774	-0.0307	0.6301	0.0803	0.3524	13.5693	-43.5058	-17.4492
2	1.2794	-0.4388	0.5416	1.1599	0.022	2.8119	0.0479	0.1787	0.2067	-0.4269	-0.0365	-0.2137	-0.1568	0.1552	0.0182	0.3579	-0.0389	0.0546	0.2706	0.0146	0.3027	-4.4317	-24.1781	-54.5488
3	1.1031	0.2822	-1.0228	4.2929	2.1544	2.5759	0.0233	-0.1408	1.694	-0.9018	0.1888	-0.5991	-0.9771	-0.0131	-0.1046	0.7844	0.0336	-0.056	0.3811	-0.1686	0.9743	-15.0802	0.8967	-31.4125
4	0.4527	-0.4263	-0.5772	1.2438	1.3101	1.7486	-0.2067	-1.3196	1.0505	0.2055	0.0732	0.2256	-0.2767	-0.2631	0.1833	0.6521	0.2524	-0.0633	0.9674	-0.5748	0.918	-20.7905	-2.5327	-15.0825
5	1.1058	-0.6946	-0.0057	1.9265	0.7243	2.8274	0.1273	0.3082	0.0055	-0.4849	-0.1628	0.1735	-0.2341	-0.2312	0.0592	0.3558	0.0605	-0.0493	0.3357	-0.021	0.301	-25.6706	-25.8234	-58.6556
6	2.672	0.0755	-0.1778	2.6401	-1.8385	2.3402	0.0117	-0.6211	-0.7068	0.5214	0.6358	0.9479	-0.0694	-0.9606	-0.3483	0.543	-0.0507	0.1315	0.8389	0.2771	0.8409	-39.6614	-47.124	-19.4706
7	1.0223	-0.3644	-0.2572	1.3378	0.4653	1.7752	0.1225	0.2223	-0.1861	-0.2708	-0.0901	0.0461	0.0479	0.067	-0.0148	0.3091	0.015	-0.0492	0.2381	-0.0424	0.2976	-14.1593	-42.4896	-54.1257

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 225 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 226 through 450 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 3 through 78 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 79 through 247 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 248 through 449 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 2 through 225 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 226 through 450 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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