PDB-5vm5: Engineered tryptophan synthase b-subunit from Pyrococcus furiosus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vm5

タイトル

Engineered tryptophan synthase b-subunit from Pyrococcus furiosus, PfTrpB2B9, with Ser bound

要素

Tryptophan synthase beta chain 1

キーワード

LYASE / PLP / non-canonical amino acid / directed evolution / allostery

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Buller, A.R. / van Roye, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Directed Evolution Mimics Allosteric Activation by Stepwise Tuning of the Conformational Ensemble.
著者: Buller, A.R. / van Roye, P. / Cahn, J.K.B. / Scheele, R.A. / Herger, M. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2017年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: entity / reflns / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_mutation / _reflns.number_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vm5.cif.gz	588.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vm5.ent.gz	487.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5vm5_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vm5_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	5vm5_validation.xml.gz	57.4 KB	表示
CIF形式データ	5vm5_validation.cif.gz	81.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/5vm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/5vm5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6am7C 6am8C 6am9C 6amcC 6amhC 6amiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dw0-1 6amh-2 5t6m-2 6cuv-2 6ami-1 6am7-1 6amc-2 5t6m-1 5dw0-2 6am8-2 6cuv-1 5dvz-1 6am8-1 6cut-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Tryptophan synthase beta chain 1

B: Tryptophan synthase beta chain 1

C: Tryptophan synthase beta chain 1

D: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan synthase beta chain 1

B: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Literature
87.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tryptophan synthase beta chain 1

D: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.123, 108.728, 160.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tryptophan synthase beta chain 1 分子量: 43390.602 Da / 分子数: 4 / 変異: I16V, E17G, I68V, F95L, F274S, T292S, T321A, V384A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: trpB1, PF1706 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U093, tryptophan synthase
#2: 化合物	ChemComp-PLS / [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE / PYRIDOXYL-SERINE-5-MONOPHOSPHATE 分子量: 336.235 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-0JO / 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid / 2-[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチレンアミノ]プロペン酸分子量: 316.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃N₂O₇P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.85 / 詳細: 15-25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→40 Å / Num. obs: 159409 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC_1/2: 0.638 / R_pim(I) all: 0.894 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.67→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 6.667 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22357	8361	5 %	RANDOM
R_work	0.19566	-	-	-
obs	0.19705	159409	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.832 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.67→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11488	0	94	584	12166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	11980
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.322	1.969	16250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	26281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.586	5	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.656	23.841	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.993	15	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.518	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.321	0.795	6191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.32	0.795	6190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.592	1.189	7741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.592	1.189	7742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.267	0.858	5789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.267	0.858	5790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.501	1.269	8493
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.311	7.177	13619
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.311	7.179	13620
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.399	578	-
R_work	0.397	11533	-
obs	-	-	98.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4683	-0.0453	-0.4146	0.5825	0.3136	1.0908	-0.0426	-0.0504	-0.0549	0.0589	0.015	0.0505	0.135	0.1098	0.0276	0.2949	0.0109	0.0046	0.2554	0.0077	0.092	6.192	-41.654	-14.781
2	2.2465	-0.1068	-2.3245	1.0915	0.9859	4.5044	-0.0505	0.1507	0.1681	0.0307	-0.3054	0.2823	-0.1502	-0.7307	0.3559	0.2829	-0.0063	-0.0214	0.3156	-0.1254	0.1575	-12.656	-45.233	-15.981
3	3.0554	0.8756	-0.4696	6.7062	2.4112	3.5908	0.0507	-0.2409	-0.1096	0.7782	-0.2392	0.0399	0.7058	-0.316	0.1886	0.3941	-0.0534	0.0619	0.2108	0.0559	0.078	-2.333	-53.878	-5.232
4	0.4358	-0.0488	-0.3665	0.6572	-0.0395	1.5612	0.0182	-0.1139	0.0694	0.1276	0.0476	0.0065	-0.1346	0.0384	-0.0658	0.3298	-0.0018	0.0099	0.2679	-0.0174	0.0847	5.439	-30.32	-7.706
5	3.815	0.6784	-9.9094	3.7089	-4.3804	31.2994	0.0678	0.0743	0.0647	-0.0028	0.2878	0.2749	0.8431	-0.8478	-0.3556	0.5043	-0.1156	0.0241	0.3574	0.0291	0.2247	-13.834	-34.548	3.887
6	0.6765	0.0622	-0.2878	0.5988	0.0477	2.0827	0.0757	-0.028	0.116	0.0508	0.014	0.0948	-0.2246	-0.2106	-0.0897	0.314	0.0361	0.0367	0.2318	-0.0123	0.0758	-2.552	-23.989	-13.065
7	3.3094	1.549	0.3619	3.0534	-0.1198	2.3572	0.1045	-0.078	0.2124	-0.0909	-0.1001	0.2251	-0.2485	-0.3025	-0.0044	0.3409	0.0595	0.036	0.2824	-0.0234	0.1259	-1.008	-23.692	-20.907
8	0.2386	0.3658	0.3081	2.002	0.886	1.7965	-0.0197	0.0953	0.0164	-0.3597	0.0865	0.1066	-0.2326	-0.0436	-0.0668	0.4296	0.0253	0.0143	0.2508	0.0409	0.0275	3.938	-25.874	-62.436
9	0.5997	0.2332	-0.0692	1.3322	0.2767	1.3855	-0.0252	0.0147	0.0196	-0.0864	0.0458	-0.0749	-0.0798	0.0587	-0.0206	0.3041	-0.0194	0.0046	0.2722	-0.001	0.092	10.102	-36.667	-37.415
10	2.282	0.1566	-0.6553	1.769	0.8938	3.0964	0.0221	-0.0499	-0.1023	0.0424	-0.1298	0.1285	0.1004	-0.2676	0.1077	0.3362	0.0219	0.0016	0.2404	0.0023	0.0915	-4.966	-25.15	-42.931
11	0.7597	-0.4888	-0.0003	0.9935	0.3593	1.1628	0.0478	0.0574	-0.0104	-0.1917	-0.0857	0.1363	-0.1793	-0.2891	0.0379	0.3509	-0.0003	-0.0099	0.2404	-0.0029	0.0411	-2.266	-28.395	-48.371
12	1.0965	-0.0504	0.1909	0.8605	0.0186	1.0836	-0.0285	0.092	-0.0582	-0.1798	0.0193	0.011	0.1182	-0.0866	0.0092	0.386	-0.034	-0.0032	0.2603	-0.0176	0.0707	3.882	-45.506	-52.451
13	0.7706	0.0632	-0.4769	0.9686	-0.012	2.4478	-0.0087	0.1254	-0.0476	-0.1536	-0.0114	0.1633	0.0592	-0.3111	0.0202	0.3334	-0.0396	-0.0356	0.2536	-0.0227	0.0859	-2.691	-47.608	-47.557
14	3.0188	-0.6883	-0.5761	2.1122	0.1828	2.0578	-0.0268	0.0081	-0.1758	0.0454	-0.0355	0.1116	0.2024	-0.2439	0.0624	0.3463	-0.0625	-0.0195	0.2678	-0.0076	0.1002	1.264	-51.271	-38.576
15	1.333	-0.7089	0.2771	11.1905	0.3327	1.482	-0.3127	-0.5924	0.1333	0.4751	0.3129	0.0845	-0.2235	-0.0285	-0.0002	0.3337	0.0467	-0.0224	0.3493	-0.0628	0.1001	33.017	-13.197	-15.151
16	3.7292	1.4813	3.7662	2.2595	2.3627	8.4355	-0.0233	-0.2028	0.0759	0.043	0.0713	0.0426	-0.1127	-0.4302	-0.0479	0.2883	0.053	0.0007	0.2512	-0.0063	0.1472	21.454	-8.678	-29.987
17	0.5739	-0.0083	0.2127	0.7742	-0.544	1.3	-0.034	0.0315	0.0707	0.0023	-0.0089	-0.1079	-0.0407	-0.0559	0.0429	0.3218	-0.0182	-0.0179	0.2447	0.0117	0.107	35.922	-15.967	-41.455
18	1.2424	-0.896	0.703	2.6638	-0.8547	2.8817	-0.2427	0.0033	0.1602	0.448	-0.2611	-0.3647	-0.3883	0.5653	0.5038	0.4229	-0.1057	-0.1259	0.2316	0.0916	0.1164	47.241	-4.512	-31.938
19	0.673	-0.0742	-0.1426	0.5555	0.1681	1.5685	-0.0563	-0.1262	0.0128	0.1003	0.028	-0.0725	0.0612	0.0453	0.0283	0.354	-0.0058	-0.0314	0.2464	0.0176	0.0833	36.862	-23.257	-28.624
20	1.0536	-0.0609	-0.4799	0.7205	-0.2191	2.4801	-0.0013	-0.0873	-0.0426	0.0195	0.0067	-0.1447	0.1455	0.2527	-0.0054	0.3333	0.0203	-0.0426	0.2173	0.0184	0.0914	46.149	-28.051	-33.468
21	1.5473	0.0317	-0.0012	1.8529	0.2711	2.6121	0.085	0.0394	-0.0215	0.0809	-0.1005	-0.1328	0.1202	0.2798	0.0155	0.3604	0.0428	-0.0337	0.2881	0.0104	0.1156	44.786	-29.898	-41.951
22	0.2991	0.4341	-0.2296	2.4395	-0.4949	3.1272	-0.0754	0.0374	-0.053	-0.285	-0.0128	-0.1636	0.4171	0.1034	0.0882	0.4363	0.0046	0.0207	0.2471	-0.0139	0.0163	42.833	-26.542	-83.796
23	2.7783	0.6493	0.5377	3.5822	3.5828	10.7879	-0.0621	0.3155	-0.3484	-0.1811	0.1181	-0.0724	0.6099	-0.3013	-0.056	0.348	-0.0665	0.009	0.2424	0.0176	0.1437	32.03	-34.081	-64.441
24	0.7619	-0.2567	0.0646	0.773	-0.2193	1.3638	-0.0156	0.0757	-0.0047	-0.0127	0.0249	-0.0549	0.163	0.0905	-0.0093	0.3459	-0.031	-0.0079	0.2485	0.0057	0.0733	40.009	-19.283	-60.352
25	1.9437	-0.3451	0.9511	2.6901	-0.4141	2.392	-0.0266	0.4068	0.1888	-0.1674	-0.2839	-0.2738	-0.0196	0.7845	0.3105	0.2547	-0.0108	0.0044	0.4052	0.0974	0.0633	56.898	-20.423	-66.105
26	0.4831	-0.1052	-0.1706	0.7882	0.0357	1.3638	-0.0154	0.0923	0.0372	-0.1207	0.046	-0.0112	0.0319	-0.0299	-0.0306	0.3428	-0.038	-0.0095	0.2758	0.0184	0.046	36.658	-13.119	-72.285
27	1.442	0.4584	0.5504	1.1744	0.6388	2.6124	-0.0131	0.2455	0.0261	-0.1817	0.1081	-0.1609	-0.1376	0.2909	-0.095	0.3354	-0.0461	0.0237	0.2471	0.0409	0.0463	44.057	-5.04	-73.185
28	1.3495	-0.0606	-0.2541	1.4709	-0.0917	2.2299	0.03	0.0438	0.2082	0.0749	0.0209	-0.0499	-0.2217	0.0474	-0.0508	0.3649	-0.0396	-0.008	0.2331	0.0239	0.1085	38.162	-2.481	-58.314

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	133 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	165 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	183 - 282
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	283 - 292
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	293 - 358
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	359 - 384
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 27
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	28 - 84
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	85 - 141
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	142 - 212
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	213 - 281
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	282 - 352
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	353 - 385
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	1 - 15
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	16 - 38
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	39 - 132
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	133 - 176
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	177 - 288
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	289 - 357
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	358 - 383
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	1 - 27
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	28 - 45
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	46 - 130
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	131 - 177
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	178 - 280
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	281 - 332
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	333 - 385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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